Nhị cấp kết cấu dĩ vãng thị do sinh vật cự phân tử tạiNguyên tử lượngCấp kết cấu hạ đíchKhinh kiệnLai định nghĩa đích. TạiĐản bạch chất,Nhị cấp kết cấu tắc thị dĩ chủ liên trungAn cơChi gian đích khinh kiện mô thức lai định nghĩa, diệc tứcDSSPSở định nghĩa đích khinh kiện, tịnh bất bao quát chủ liên dữ bàng liên gian hoặc thị bàng liên chi gian đích khinh kiện. Nhi hạch toan đích nhị cấp kết cấu thị dĩDảm cơChi gian đích khinh kiện lai định nghĩa. Tại ngận đa RNA phân tử, nhị cấp kết cấu đối RNA chính thường công năng phi thường trọng yếu, hữu thời thậm chí vu giác tự liệt trọng yếu. Giá khả dĩ bang trợ dụng vu phân tíchPhi biên mã RNA.RNA nhị cấp kết cấu khả dĩ dụng điện não lai đề thăngDự trắc chuẩn xác tính.Nhi kỳ tha sinh vật tín tức học đích ứng dụng hội sử dụng nhất ta nhị cấp kết cấu đích khái niệm lai phân tíchRNA.
- Trung văn danh
- Nhị cấp kết cấu
- Ngoại văn danh
- secondary structure
- Học khoa
- Sinh hóa
- Hàm nghĩa
- Sinh vật cự phân tử
Nhị cấp kết cấu tạiSinh vật hóa họcCậpKết cấu sinh vật họcTrung, thị chỉ nhất cá sinh vật cự phân tử, như đản bạch chất cập hạch toan (DNAHoặcRNA), cục bộ khu đoạn đích tam duy thông thức. Tha tịnh bất miêu thuật nhậm hà đặc định đích nguyên tử vị trí, nhi giá hội tạiTam cấp kết cấuTrung xử lý.
Do vu khinh kiện dữ kỳ tha kết cấu đặc chinh hữu sở quan liên, sở dĩ tha thiêm tài sở định nghĩa đích nhị cấp kết cấu hội sảo vi bất chính thức. Tựu như đản bạch chất loa toàn, tại lạp mạn cường truyện tiêu hội đồ đích đặc định khu vực, thông thường hội thải phó dân dụng chủ liênNhị diện giác.Giá dạng, dĩ giá cá nhị diện giác đích khu đoạn đô hội bị xưng vi “Loa toàn”, nhi bất luận tha thị phủ chân chính đích khinh kiện. Kỳ tha sảo vi bất chính thức đích định nghĩa diệc hữu bị kiến nghị, thả thị đa thị ứng dụng khúc tuyếnVi phân kỉ hàĐích điếm cục khí tham quan niệm, nhưKhúc suấtCậpNữu lượng.Nhi tối bất chính thức đích, yếu toán thịKết cấu sinh vật họcĐịnh dĩ nhục nhãn lai quyết định nguy thẩm tổ cập khổn khí đạt kỷ lục nguyên tử lượng cấp đích nhị cấp kết cấu.
Đối sinh vật cự phân tử đích nhị cấp kết cấu khả dĩ sơ bộ dĩ quang phổ lai cổ kế. Đối vu đản bạch chất khả dĩ dụng nhất chủng phổ biến đích phương pháp xưng vi trườngTử ngoại tuyến( ba trường 170-250nm ) viên nhị sắc phổ thải phiệt bà. Tại song tối tiểu đích 208nm cập 222nm khả dĩ hiển kỳα loa toànKết cấu, nhi đan tối tiểu đích 204nm hoặc 207nm tắc phân biệt khả dĩ hiển kỳ nhậm ý hình hoặcβ chiết điệpKết cấu. Nhất cá giác thiếu dụng đích phương pháp thịHồng ngoại tuyếnQuang phổ, tha khả dĩ trinh trắc nhânKhinh kiệnSở tạo thành án cơ đích chấn đãng. Tối hậu, nhị cấp kết cấu khả dĩ chuẩn xác địa dĩHạch từ cộng chấnKhẳng thể tróc đíchHóa học vị diLai nhã lan thừa cổ kế.
DSSPThị “Define Secondary Structure of Proteins” đích súc tả, tha thị nhất biên văn chương chính thức liệt xuất dĩ triTam duy kết cấuĐíchĐản bạch chất nhị cấp kết cấu.DSSP biên hào nhất bàn thị dụng đan nhấtAnh văn tự mẫuLai miêu thuật đản bạch chất nhị cấp kết cấu. Nhị cấp kết cấu thị căn cưKhinh kiệnMô thức lai chỉ định đích.
* I: 5 chuyển giác loa toàn ( π loa toàn ). Tối đoản trường độ vi 5 cá tàn cơ.
* T: Khinh kiện chuyển giác ( 3, 4 hoặc 5 cá chuyển giác ).
* E: Bình hành đíchβ chiết điệp,Hoặc / cập phản bình hành đích chiết điệp hình thái ( diên thân liên ). Tối đoản trường độ vi 2 cá tàn cơ.
* S: Loan khúc ( duy nhất phi khinh kiện đích chỉ định )
Sở hữu bất thị dĩ thượng hình thái đích tàn cơ, tạiDSSPĐô thị dĩ không cách lai chỉ định đích, nhi hữu thời tắc dĩ C lai đại biểu quyển khúc hoặc L lai đại biểu hoàn. Loa toàn ( tức G, H cập I ) cập chiết điệp hình thái đô nhu yếu nhất định đích trường độ. Giá tức thị chỉ lưỡng cá tạiNhất cấp kết cấuLân tiếp đích tàn cơ tất tu hình thành tương đồng đích khinh kiện mô thức. Như quả loa toàn hoặc chiết điệp đích khinh kiện mô thức thái đoản, tựu hội phân biệt dĩ T hoặc B lai biên mã. Đương trung diệc hữu kỳ thaĐản bạch chất nhị cấp kết cấuBiên hào, đãn khước giác thiếu sử dụng.
Đản bạch chấtNhị cấp kết cấu dự trắc
Tảo kỳĐản bạch chấtNhị cấp kết cấu dự trắc đích phương pháp thị kiến cơ vuAn cơ toanHình thành loa toàn hoặc chiết điệp đích khuynh hướng, nhi hữu thời tu liên đồng cổ kế hình thành nhị cấp kết cấu đích năng lượng đích phương pháp lai sử dụng. Giá ta phương pháp tại dự trắc tàn cơ đích tam chủng trạng thái ( loa toàn, chiết điệp hoặc quyển khúc ) khả dĩ hữu ước 60% đíchChuẩn xác tính,Nhược sử dụngĐa tự liệt bỉ đốiKhả dĩ tương chuẩn xác tính đại phúc đề thăng chí 80%. Đa tự liệt bỉ đối khả dĩ tri đạo an cơ toan tại mỗ nhất vị trí đích hoàn chính phân bố ( bao quát tại kỳ phụ cận đích vị trí, nhất bàn tại mỗi nhất biên đích 7 cá tàn cơ ), nhi diễn hóa quá trình đề cung liễu kết cấu xu hướng canh minh xác đích đồ họa. Lệ như, tại đản bạch chất mỗ vị trí đích cam án toan, bổn thân dĩ biểu minh na thị nhất cá nhậm ý hình. Đãn thị đa tự liệt đối bỉ khả dĩ phát hiện, tại tiếp cận thập ức niên diễn hóa hậu 95% đích đản bạch chất trung, na thị nhất cá hữu lợi loa toàn đích an cơ toan. Tái giả, nhược tại na vị trí kiểm trắc bình quânSơ thủy tính,Diệc hội phát hiện kỳ tàn cơ khả dung tính thị dữα loa toànNhất trí. Tổng hợp lai thuyết, giá ta nhân tố hiển kỳ nguyên tiên đản bạch chất nội cam án toan thịα loa toàn kết cấu,Nhi phi nhậm ý hình. Đa chủng phương pháp đô hội kết hợp dĩ hữu đích sổ cư lai tổ thành tam chủng trạng thái đích dự trắc, giá ta phương pháp hữu thần kinh võng lạc,Ẩn mã nhĩ khả phu mô hìnhCậpChi trì hướng lượng cơ.Hiện đạiDự trắc phương phápDiệc khả tại mỗi nhất cá vị trí đích dự trắc kết quả đề cung tín lại phân sổ.
Nhị cấp kết cấu dự trắcPhương pháp nhất trực bất đoạn địa tại giáo chuẩn, lệ như EVA thật nghiệm. Cơ vu ước 270 cá tinh kỳ đích trắc thí, tối chuẩn xác đích phương pháp yếu toán thị PsiPRED, SAM, PORTER, PROF cập SABLE. Hữu thú đích thị, tại giá đa chủng phương pháp trung trảo xuất cộng thức hoặc nhất trí, tịnh bất năng đề thăng tha môn đích chuẩn xác tính. Tối đại cải thiện đích địa phương tự hồ thị tại β cổ đích dự trắc, nhân vi sở sử dụng đích phương pháp hội hốt thị nhất ta β cổ đoạn. Chỉnh thể thượng nhi ngôn, tối cao đíchDự trắc chuẩn xác tínhChỉ khả dĩ đạt 90%, nhân DSSP đíchTiêu chuẩn phương phápĐích tính chất, dữ giáo chuẩn đích dự trắc tương vi bối.
Chuẩn xác đíchNhị cấp kết cấu dự trắcThịTam cấp kết cấuDự trắc đích trọng yếu nguyên tố. Lệ như nhất cá xác định đích βαββαβ nhị cấpKết cấu mô thức,Tựu thị thiết dưỡng hóa hoàn nguyên đản bạch đích ký hào.
Đản bạch chất đích nhị cấp kết cấuBao hàm cục bộ tàn cơ chi gian doKhinh kiệnSở điều tiết đích tương hỗ tác dụng. Tối phổ biến đích nhị cấp kết cấu tựu thịα- loa toànCậpβ- chiết điệp,Thử ngoại hoàn hữuβ- chuyển giácHòa vô quy quyển khúc. Kinh kế toán hậu phát hiện kỳ tha loa toàn, lệ như 310 loa toàn cập π loa toàn, tại năng lượng thượng hữu trứ hữu lợi đích khinh kiện mô thức, đãn giá ta loa toàn khước thị tại tự nhiên đích đản bạch chất trung thị ngận hi hữu đích, yếuα loa toànTại trung ương tiến hành bất lợi đích cốt giá bao trang hậu, tài khả tại mạt đoan trung phát hiện. Khẩn đích chuyển giác, tùng khai cập linh hoạt đích hoàn hội liên kết canh đa “Quy tắc đích” nhị cấp kết cấu. Nhậm ý hình tịnh phi chân chính đích nhị cấp kết cấu, đãn khước thị nhất loại khuyết phạp quy tắc đích nhị cấp kết cấu đích hình thái.
An cơ toanTại hình thành bất đồng đích nhị cấp kết cấu thượng hữu trứ bất đồng đích năng lực.Bô an toanCậpCam an toanHội tại chuyển giác thượng xuất hiện, tịnh thả khả dĩ ngõa giải α loa toàn cốt giá đích quy tắc hình thái, đãn lưỡng giả khước hữu trứ bất chính thường đích hình thái năng lực. Tại đản bạch chất nội thải dụng loa toàn hình thái đích an cơ toan hữuĐản an toan,Bính an toan,Lượng an toan,Cốc an toanCậpLại an toan( an cơ toan đan tự mẫu biên hào vi “MALEK” ); tương phản, đại hình đíchPhương hương tínhTàn cơ (Sắc an toan,Lạc an toanCậpBổn bính an toan) cập Cβ phân chi đích an cơ toan (Dị lượng an toan,Hiệt an toanCậpTô an toan) tắc thải dụngβ chiết điệpHình thái. Đãn thị, nhược đan dĩ tự liệt lai khán, giá ta đô bất túc dĩ cấu thành nhất cá khả kháo đích phương pháp lai dự trắc nhị cấp kết cấu.
Hạch toan diệc hữu nhị cấp kết cấu, đại bộ phân đô thị đan cổHạch đường hạch toan( RNA ) phân tử. RNA nhị cấp kết cấu khả dĩ phân vi loa toàn ( khẩn tiếp đíchDảm cơ đối) cập bất đồng chủng loại đích hoàn ( bị loa toàn vi nhiễu đích bất thành đốiHạch đại toan).Hành hoàn kết cấuThị nhất cá dảm cơ đốiLoa toàn kết cấu,Mạt đoan vi đoản thiếu đích bất thành đối hoàn. Giá chủng hành hoàn kết cấu phi thường phổ biến, tịnh thả thị kiến cấu đại hìnhKết cấu cơ nguyên,NhưTam diệp thảo kết cấu( tức như tạiChuyển vận RNATrung đích tứ cá loa toàn kết điểm ) đíchCơ bổn đan vị.Nội hoàn kết cấu ( tại trường dảm cơ đối loa toàn trung đích đoản nhi bất thành đốiDảm cơ) cập bành xuất ( tại loa toàn cổ trung ngạch ngoại sáp nhập, đãn khước tại tương đối cổ trung một hữu phối đối đích dảm cơ ) diệc ngận kinh thường hội xuất hiện. Tối hậu, ngụy kết cập base triples diệc hội xuất hiện tại RNA.
Do vu RNA nhị cấp kết cấu soa bất đa toàn đô thị do dảm cơ đối tác vi trung giới, tha khả dĩ thuyết thị xác định tại nhất cá phân tử hoặc phục hợp vật trung na ta dảm cơ thành đối. Đãn thị, truyện thống đích hoa sinh — khắc lí khắcDảm cơ đốiTịnh phi duy nhất tại RNA đích phối đối phương pháp, hoắc thị phối đối phương pháp diệc ngận phổ biến.
Sinh vật tín tức học đích kỳ trung nhất chủng ứng dụng thị sử dụng dự trắc đích RNA nhị cấp kết cấu lai sưu tầm dụng tác RNA công năng hình thức nhi phi biên mã đíchCơ nhân tổ.Cử lệ lai thuyết,Tiểu phân tử RNAHữu trứ do tiểu nội hoàn trung đoạn đích trườngHành hoàn kết cấu.Kế toán khả năng đích RNA nhị cấp kết cấu khả dĩ dụngĐộng thái quy hoaPhương pháp, đãn thị tha bất năng trinh trắc xuất ngụy kết hoặc thị kỳ thaDảm cơ đốiMột hữu toàn diện võng la đích tình huống giác thông dụng đích phương pháp hữu tùy cơThượng hạ vănVô quan ngữ pháp. Mfold thị nhất cá sử dụng động thái quy hoa đích võng trạm.
Đản bạch chất cập RNA nhị cấp kết cấu đô khả dĩ dụng tại hiệp trợĐa tự liệt bỉ đối.Giá chủng bỉ đối tại gia nhập hữu quan đích nhị cấp kết cấu tư liêu hậu, khả dĩ biến đắc canh vi chuẩn xác. Đãn hữu thời đối RNA khước bất thái hữu dụng, giá thị do vu RNADảm cơĐối bỉ tự liệt canh thụ đáo cao độ bảo tồn. Nhất ta bất năng bỉ đối nhất cấp kết cấu đích đản bạch chất, nhị cấp kết cấu hữu thời diệc khả dĩ trảo xuất tha môn chi gian đích quan hệ lai.
