吴肇毅1997年也是常昊等小龙迅猛崛起的时候。常昊夺得他自己的第一个国内头衔大国手，正是先战胜了吴肇毅获得挑战权，继而挑战成功，从马晓春手中夺取了头衔。90年代中后期，老将们的日子如王小二过年——一年不如一年。吴肇毅真正无棋可下的时候一直延续到2003年。上一年围甲联赛的第六名中信大三元队于2003年3月20日左右正式整体转让于北京兴创公司，新组建的北京兴创队组队参加当年的围甲联赛。中信队原队员罗洗河、黄奕中、刘星页碑、彭荃、田舟一并打包转让给兴创队，而同样也是中信队原队员的吴肇毅九段、方天丰八段、王剑坤七段则被通知，领取一年工资后，自找出路。
“3月20日是围甲报名的最后一天，我是在18、19日左右被正脚和牛式通知中信队解散的，接到消息后，我马上跑到围棋协会，看还有没有可能泪盛转到其他队伍，但所有队伍人手都已到齐，就算还没报名的也早就有意向了。”吴九段还能清楚地记住当时的尴尬。
吴肇毅三九段道场办了一年多，由于经营模式的问题也停办了。那时候道场还剩下7 、8 个小孩，都挺有前途，吴肇毅不想就这样放弃，于是就开始一个人带他们。为解决经费问题，他先和广东队联系，商量着替他们训练一个少儿队，结果广东队挺支持，一年拨了五万元，解决了燃眉之急。后来吴肇毅又得到了罗曼集团老总驼她淋王永革的支持，创立了罗曼少年围棋队。
市场大潮云谲波诡，摸爬摔打多年以后，吴肇毅深切体会到，搞围棋培训也要自立自强，一味依靠企业支持是无法打持久战的。2001年在北京南二环边的高级住宅区清芷园内，吴肇毅创立了北京吴肇毅文化发展有限公司，其实体即是吴肇毅围棋道场。董事长兼任总教练，吴肇毅又开始了自己围棋事业的一个新起点。
也就是在这年，吴肇毅首次带领自己道场的孩子们去韩国权甲龙围棋道场交流学习。权甲龙围棋道场被誉为韩国围棋的“黄埔军校”，其严格的管理措施、近乎残酷的训练手段非亲见不能感受。用吴肇毅自己的话来说，首次造访权甲龙道场的感受是“触及灵魂的”。谁可承托中国围棋的未来？让国内更多天赋好的孩子接受正规专业训练时不我待。
江西省七岁围棋棋童李钦诚日前被著名棋手吴肇毅九段收为内弟子，正式拜师仪式于1998年6月10日在南昌滕王阁进行。 1998年10月20日出生的李钦诚小朋友是江西省近年来涌现的优秀学弈儿童之一，2002年进入省少儿围棋培训中心学棋，很快就展露头角，2003年元月获得南昌市新春三棋比赛浆旬纹围棋A组第一名，同年7月获全国青少年宫系统华南地区“希望杯”三项棋比赛围棋F组第二名，随后在江西省少儿三棋比赛中获男子D组第一名。2004年获南昌市儿童围棋比赛男子B组第一名，在这个年龄段省内已难寻对手。2004年9月在恩师、省少儿围棋培训中心总教练喻平（退役职业二段棋手）的推荐下进入北京吴肇毅围棋道场深造。进步显著，行家评价：李钦诚的已明显超过了世界冠军常昊九段同龄时的水平，当是一个学弈奇才。
从不轻易赞扬小棋童的著名国手、中国围棋协会副主席罗建文七段在与李钦诚下过一盘让四子指导棋后道：这样的年龄下出这样的棋，当然有极高的天分。李钦诚的恩师、江西围棋第一人喻平道：“他是我从事围棋教学十五年来发现的最具天分的小孩。”吴肇毅九段对天姿聪的李钦诚喜爱有加，他说：“李钦诚将来拿一个世界冠军是偶然，拿几个世界冠军是必然。”
吴肇毅11岁才从粗通围棋的父亲那里得到启蒙，按照棋界一般规律而言，吴肇毅是不会走上职业围棋之路的。但连续的“巧合”硬是将少年阿毅送上了黑白之路。1976年，正是阿毅懂得四个子能吃掉一个子的那年，广东省拟举办一次大规模的全省少年围棋赛，为省围棋队选苗子。不巧的是，因发生唐山大地震，这次比赛被取消。这次的“不巧”对阿毅来说实在是太巧，启蒙还没多久的他正需要再学习才能参加正式比赛呀。
1977年，比赛如期举行。阿毅发挥出色，勇夺全省第8名。可按第8名的成绩应该是进不了省队的。再次巧合的是，省围棋队对“苗子”的入选早有规定：为保持省内地区入选棋童人数的均衡，广州市以外地区进入前十名的少年优先录取。就因为这一“照顾”性的政策，中国棋坛多了一位骁勇善战的九段。
从省队到国家队，从初段到九段，拼搏于三尺纹枰的吴肇毅一路走来，顺风顺水。在圈内，阿毅很遭人“嫉妒”。被人嫉妒的不是他的战绩，而是他的快乐与年轻。整天有说有笑地，30岁了还像个大男孩，老天真的不给点忧愁困苦予他么？
获1987年“新秀菊花杯”冠军
获1989年“牟铜杯”邀请赛冠军获第4届棋王赛本赛亚军
进入第4届名人战循环圈
进入第2届“大国手”赛本战二强
获1994年中国个人赛第五名
获1995年中国个人赛第五名
获1995年中国国手邀请赛冠军
获第3届“永大杯”冠军
获第7届宝胜电缆杯冠军
第4届棋王赛本赛亚军
第2届“大国手”赛本赛决赛
第14届天元赛四强
第15届天元赛八强
2024年3月，第二届广东省围棋协会副会长。
