春秋战国时期，棠邑先属楚，后属吴，再属越，至公元前334年复归于楚，为吴楚交界吴国的重镇。
三国，广陵郡先属魏，至吴赤乌十三年（250年），归吴。堂邑县遂属孙吴广陵郡。
晋太院组店康元年甩请（2探朽80年），以堂邑属徐州临淮郡，元康洒旬埋七年（297年），置堂邑郡于堂邑县，隶扬州。东晋，成康四年（338年）江淮乱，百姓南渡，侨置堂邑郡于江南建康，而本郡不废（一说迁堂邑郡侨治于建康危和辨店，此从《通鉴》注：“实郡在江北者有堂邑”；《万历应天府志》：“侨置堂邑于充说骗此而本郡未废"）。隆安元年（397年），中原乱，婆祖匪秦地之民南流，寄居堂地，改堂邑郡为秦郡以统之煮想企，置秦县；于秦郡置尉氏县以安尉氏（今河南尉氏县）流民，置义成县以安义成（今安徽怀远东北）流民。秦郡及秦、尉氏、义成3县均侨置，并在今南京市六合区境，有实土。
南齐建元元年（479年），析秦郡置齐郡，治瓜步（瓜埠），属青州。永明元年（483年），并秦郡入齐郡，将齐初恢复的堂邑县又并入尉氏县；永明二年以尉氏改属新昌郡。梁天监元年（502年），废齐郡复为秦郡，分尉氏县为堂邑、尉氏2县，太清三年（549年），侯景袭秦郡，改郡为西兖州。陈永定元年（557年）改复江北失地，恢复秦郡，堂邑、尉氏属之。太建五年（573年），北齐再取秦郡，置秦州瓦梁郡，随即为陈所收复，仍设秦郡；十年，改秦郡为义州，旋罢。北周于公元579年南下占领秦郡，改秦郡为方州，置六合郡，又置方山县，属方州。方州治于方山。
