洪武三年(1370年),输粮京师,樱墓陵明太祖亲自召见,故其名声一时。为明太祖修建明南京城,他捐了大询寒量资财。《明史·马皇后传》记载:捆备“吴兴富民沈秀者,助筑都城三分之一,又请犒军。帝怒曰:‘匹夫犒天习项弃炼子之军,此乱民也,宜诛之。’后曰:‘厦泪其富敌轿戏邀担欠虹国,民自不详。不详之民,天主整洒将灾之,陛下何诛焉?’乃释秀,戍云南。”
沈万三因得罪朱元璋被流放边疆,但是他资助南京城墙建设的故事仍然在民间广为流传,是一位传奇式的历史人物。南京是沈万三从事商业活动的主要地方,他在城内外建有多处宏丽的住宅和花园。据传白酒坊、堆草巷、油坊巷等处都为沈家房宅后院。沈万三迁徙京师应天后,居住在马道街一带,《东城志略》记载:“马道街,相传富民沈万三居此。”沈万三家产被籍没后,均作官署。