马祖常先世为雍古部贵族，信奉聂思脱里派（基督教中国景教派）。高祖锡里吉思是金朝凤翔兵马判官，战死后追封恒州刺史，子孙按照以官为姓的惯例改姓马。曾祖月合乃随元世祖忽必烈攻宋，留夜抹居汴京，累官礼部尚书。父亲马润曾任漳州总管府同知，后任光州监军，于是全家在光州定居 [1]盛舟。
马祖常在七岁时，就知道求学，得到点钱就用来买书。十岁时，烛火引起失火，引燃房屋，但他不慌乱，频频取水灭火。大伙议论纷纷，都认为不一般。长大后，他笃实求学，由蜀中儒学家张摐传授学业，他常乎蒸提出不少质疑，很受老师器重。
元仁宗延祐初年，刚恢复科举，他在乡、会两次考试时，皆中第一。廷试为第二，授应奉翰林文字，拜监察御史，官职做到御史中丞官。与袁桷、王士熙等互相切磋文字，相交甚密。元仁宗在位已久，独居东宫常饮酒过度，不理朝政。马祖常上书奏请元仁宗：“以天地祖宗为重，御正衙、立朝仪，御史执简，太史执笔”提出十五件事，一一说明，屡屡建议。不久，成为皇太子慎简的师傅。又上奏，弹劾丞相铁木迭儿十大罪状，元仁宗震怒，一下撤掉他的宰相官位。后来，又上奏，说泰州地动山摇是由于“在野有当用不用之贤，在官有当言不言之佞”。疏闻，大臣皆家居待罪。又因奏疏而降罪。多次因弹劾、举荐获罪，可知马祖常“荐贤拔滞，知无不言”。
不久改任宣恋和趋政院经历，一月有余，辞职归乡。而后，又起用为社稷署令，改任开平县尹。由于奸臣当道，马祖常退隐潜居光州。奸臣死，马祖常又任翰林待制纸蜜备。泰定年间，立太子，马祖常担任典宝少监、太子左赞善，不久，任礼部尚书兼翰林直学士，因老人去世，在家中守丧数年，复出做官，再任礼部尚书、右赞善，不久又辞官归乡。
天历元年（1328年），马祖常入礼部任职，两次知贡举协汽阿，一次读卷官，当时人称马祖常选拔得当，为国家挑选出大量人才。后升为参议中书省事、南台中丞。元统初年，马祖常拜治书侍御史中丞、经历枢密副使。马祖常辞官归光州。后又派遣他出任江南、陕西行台中丞，马祖常以有病在身推辞，没有前往。
至元四年三月，马祖常去世，年六十。赠摅忠宣宪协正功臣、河南行省右丞樱促束、上护军、魏郡公，谥号文贞。祖常初娶常州录事判官之女索氏，又娶河南镇守千户和尚之女怯烈氏。子二人，任行省检校官及秘书监著作郎等奔誉删谅职。
马祖常诗文集《石田先生文集》祖常善写文章，“专以秦汉为法，而自成一家之言”，曾参与修撰《英宗实录》，译润《皇图大训》《承华事略》，编集《列后金鉴》《千秋纪略》。
马祖常虽然居宰辅之位，仍关心百姓生活，其作品常常表达出体恤民间疾苦的情感。其诗“圆密清丽，大篇短章无不可传者”，才力富健，尤其擅写七言古风、五言律诗。元文宗曾赞叹“中原硕儒唯祖常”。有诗文集《石田集》十五卷收于《四库全书》。
《元史·马祖常传》
马祖常，字伯庸，世为雍古部，居净州天山。有锡里吉思者，于祖常为高祖，金季为凤翔兵马判官，以节死赠恒州刺史，子孙因其官，以马为氏。曾祖月合乃，从世祖征宋，留汴，掌馈饷，累官礼部尚书。父润，同知漳州路总管府事，家于光州。祖常七岁知学，得钱即以市书。十岁时，见烛欹烧屋，解衣沃水以灭火，咸嗟异之。既长，益笃于学。蜀儒张摐道仪真，往受业其门，质以疑义数十，摐甚器之。延祐初，科举法行，乡贡、会试皆中第一，廷试为第二人。授应奉翰林文字。拜监察御史。是时仁宗在御已久，犹居东宫，饮酒常过度。祖常上书请“御正衙，立朝仪，御史执简，太史执笔，则虽有怀奸利己乞官求赏者，不敢出诸口。天子承天地祖宗之重，当极调摄，至于酒醴，近侍进御，当思一献百拜之义。”英宗为皇太子，又上书请慎简师傅。于是奸臣铁木迭儿为丞相，威权自恣。祖常知其盗观国史，率同列劾奏其十罪，仁宗震怒，黜罢之。秦州山移，祖常言：“山不动之物，今而动焉，由在野有当用不用之贤，在官有当言不言之佞，故致然尔。”疏闻，大臣皆家居待罪。祖常荐贤拔滞，知无不言。俄改宣政院经历，月余辞归，起为社稷署令。亡何，奸臣复相，左迁开平县尹，因欲中伤之，遂退居光州。久之，奸臣既死，乃除翰林待制。泰定建储，擢典宝少监、太子左赞善。寻兼翰林直学士，除礼部尚书。丁祖母忧，起为右赞善，复除礼部尚书，寻辞归。
天历元年，召为燕王内尉，仍入礼部，两知贡举，一为读卷官，时称得人。升参议中书省事，参定亲郊礼仪，充读册祝官，拜治书侍御史，历徽政副使，迁江南行台中丞。元统元年，召议新政，赐白金二百两、钞万贯。又历同知徽政院事，遂拜御史中丞。帝以其有疾，诏特免朝礼，光禄日给上尊。祖常持宪务存大体。西台御史劾其僚禁酤时面有酒容，以苛细黜之。山东廉访司言孔氏讼事，以事关名教不行，按者亦引去。除枢密副使，顷之，辞职归光州。复除江南行台中丞，又迁陕西行台中丞，皆以疾不赴。至元四年卒，年六十，赠摅忠宣宪协正功臣、河南行省右丞、上护军、魏郡公，谥文贞。
祖常立朝既久，多所建明。尝议：今国族及诸部既诵圣贤之书，当知尊诸母以厚彝伦。又议：将家子弟骄脆，有孤任使，而庶民有挽强蹶张老死草野者，当建武学、武举，储材以备非常。时虽弗用，识者韪之。祖常工于文章，宏赡而精核，务去陈言，专以先秦两汉为法，而自成一家之言。尤致力于诗，圆密清丽，大篇短章无不可传者。有文集行于世。尝预修《英宗实录》，又译润《皇图大训》《承华事略》，又编集《列后金鉴》《千秋记略》以进，受赐优渥。文宗尝驻跸龙虎台，祖常应制赋诗，尤被叹赏，谓中原硕儒唯祖常云。 [2]
【送华山隐之宗阳宫】
江阁鱼龙近，山房雾雨多。地清天不暑，池曲水无波。
笋箨迎书带，樱桃送锦窠。呦呦呼伴鹿，唼唼换经鹅。
养素行编屦，乘闲坐织蓑。几篇餐玉法，一帙醮星科。
香灺沉银叶，衣裾佩紫荷。丹光留海月，绛景出松萝。
醉忆泉浮乳，幽怜石烂柯。神君攀绿桂，天女踏青莎。
邀客登山顶，寻真入涧阿。洞箫吹道曲，云纸写鱼歌。
予发今如此，君心可奈何？高谈见明月，为我问娑罗。
【驾发上京】
苍龙对阙夹天闽，秋驾凌晨出国门。十万貔貅骑骧褒，一双固月绣旗幡。
讲搜猎较黄羊陶，锡宴恩沾白兽尊。赫奕汉家人物盛，码卿有赋在文园。
【湖北驿中偶成】
江田稻花露始零，浦中莲子青复青。楚船祠龙来买酒，十幅蒲帆上洞庭。
罗衣熏香钱满箧，身是扬州贩盐客。明年载米入长安，妻封县君身有官。
【追和许浑游溪夜回韵】
溪水连云过竹间，溪声云影半潺潺。鹤来近屋童看熟，鹭下长松客对闲。
每待月痕侵石坞，还期烟色认柴关。人生岂独官为贵，好向君王乞越山。
【龙虎台应制】
龙虎台高秋意多，翠华来日似鸾坡。天将山海为城堑，人倚云霞作绮罗。
周穆故惭黄竹赋，汉高空奏大风歌。西京巡省非行幸，要使苍生乐至和。
【杨花宛转曲】
空中游丝已无赖，宛转杨花犹百态。随风扑帐拂香奁，度水点衣萦锦带。
轻薄颠狂风上下，燕子莺儿各新嫁。钗头烬坠玉虫初，盆里丝缫银茧乍。
欲落不落春沼平，无根无蒂作浮萍。缬波绣苔总成媚，人间最好是清明。
清明艳阳三月天，帝里烟花匝酒船。石桥横直人家好，小海白鱼跳碧藻。
榆荚荷钱怨别离，不似杨花宛转飞。杨花飞尽绿阴合，更看明年春雨时。
