Gien bản thể
Ở sinh vật tin tức học trong lĩnh vực rộng khắp sử dụng bản thể
Gien bản thể ( Gene Ontology, GO ) là một cái ở sinh vật tin tức học trong lĩnh vực rộng khắp sử dụng bản thể, nó bao dungSinh vật họcBa cái phương diện:Tế bào chất hợp thành,Phần tử công năng, sinh vật quá trình.
- Tiếng Trung danh
- Gien bản thể
- Ngoại văn danh
- Gene Ontology
- Giản xưng
- GO
- Lãnh vực
- Sinh vật tin tức học
Mục lục
Gene On ô mê tội to đóa khái biện thấm logy
1998 năm từ nghiên cứu ba loại hình thức (Quả ruồi,Tiểu chuộtCùng con men ) gien tổ nghiên cứu giả cộng đồng khởi xướng tổ chức một cái xưng là gien bản thể liên minh chuyên nghiệp đoàn đội. Sáng tạo gien bản thể ước nguyện ban đầu là hy vọng cung cấp một cái nhưng cụĐại biểu tínhCửa hàng hiểu thịt khô quy phạm luyện nhuận du hóa gien cùngGien sản vậtĐặc tính thuật ngữ miêu tả hoặc từ nghĩa giải thíchCông tác ngôi cao,Sử sinh vậtTin tức họcNghiên cứu giả đối gien cùng gien sản vật số liệu có thể tiến hành thống nhất quy nạp, xử lý, giải thích cùng cùng chung. Gien bản thể thành lập thúc đẩy sinh vật tin tức học nghiên cứu tiến vào “Thư cùng văn”Thống nhất thời đại, đây là một tòa sinh mệnh tin tức học “Babylon tháp”.
Gien bản thể đề cập gien cùng gien sản vật từ ngữ chia làm tam đại loại, bao dung sinh vật học ba cái phương diện:
Tế bào chất hợp thành( cellular component ): Tế bào mỗi cái bộ phận cùng tế bàoNgoại hoàn cảnhMốc xu binh.
Phần tử công năng ( molecular function ): Có thể miêu tả vì phần tử trình độ hoạt tính ( activity ), như thôi hóa (catalytic) hoặc kết hợp ( bin rút đêm ding ) hoạt tính.
Sinh vật quá trình ( biological process ): Sinh vật học quá trình chỉ từ một cái hoặc nhiều phần tử công năng có tự tổ hợp mà sinh ra hệ liệt sự kiện. Này định nghĩa có nghĩa rộng cùng nghĩa hẹp chi phân, ở từ nghĩa thượng có thể phân chia vì nói về cùng đặc chỉ.Quy luật chungLà, một cái quá trình là từ nhiều bất đồng bước đi tạo thành. Yêu cầu chỉ ra bái nói chính là, sinh vật học quá trình cùng con đường hoặc thông lộ (pathway) không phải cùng hồng tuần lượng hồi sự.
Gien bản thể là một cáiCó hướng vô hoàn đồ( DAG ) hình bản thể. Trước mắt, GO trung sử dụngis_aCùng part_of cùng regulates ba loại quan hệ.
Ontology:Triết học trung xưng là bản thể luận / tồn tại luận, nơi này bản chất là chỉ một loạt riêng văn tự nhưng dùng để hình dung một ít riêng hình thức, thiết bị hoặc nhân vật, bởi vậy ở nước ngoài người Hoa sinh vật tin tức học giả trung thí dịch vì ngữ nghĩa ( học ).
GO ( gene ontology ) đối đại gia mà nói có lẽ sẽ là một cái tương đối xa lạ danh từ, nhưng là nó đã trở thành sinh vật tin tức trong lĩnh vực một cái cực kỳ quan trọng phương pháp cùng công cụ, cũng đang ở từng bước thay đổi chúng ta đối sinh vật học số liệu tổ chức cùng lý giải phương thức, nó tồn tại đã đại đại nhanh hơn chúng ta đối sở có được sinh vật số liệu chỉnh hợp cùng lợi dụng, chúng ta hẳn là từng bước học được lý giải cùng nắm giữ loại này tư tưởng cùng công cụ.
Mọi người đều biết, sequence based biology trung trung tâm nội dung tức là đối danh sách chú thích ( annotation ), trong đó chủ yếuBao hàm kết cấuChú thích ( structural annotation ) cùng công năng chú thích ( functional annotation ), người trước đề cập phân tích danh sách ởGien tổTrung cụ thể vị trí cùng vớiNgoại hiện tử,Ở trong chứa tử,Khởi động tửChờ vị trí, mà người sau còn lại là suy đoán danh sách mã hóa sản vật công năng, cũng chính là chúng ta ở tháng sáu luận đề trung sở cường điệu tham thảo. Phải nói, này hai người là lẫn nhau liên hệ.
Theo nhiều loại sinh vật gien tổ lần lượt giải mã, đồng thời đại lượngBiểu đạt danh sách nhãn(ESTs) cùng vớiGien biểu đạt phổTương quan số liệu tích lũy, khiến cho chú thích miêu tả lượng công việc cùng phức tạp độ đại đại gia tăng. Nhưng mà về phương diện khác, đại đa số gien ở bất đồngThật hạch sinh vậtTrung có được cộng đồng chủ yếu sinh vật công năng, thông qua ở nào đó giống loài trung đạt được gien hoặc làProtein( sharedprotein) sinh vật học tin tức, có thể dùng để giải thích mặt khác giống loài trung đối ứng gien hoặc lòng trắng trứng ( especially in comparative genomics ). Bởi vì này đó phức tạp công năng tin tức chủ yếu là bao hàm ở tích lũy văn hiến bên trong, như thế nào hữu hiệu lấy ra cùng tổng hợp này đó tin tức chính là chúng ta gặp phải trung tâm khó khăn, đây cũng là GO sở muốn gắng sức giải quyết vấn đề. Thông qua thành lập một bộ có động thái hình thức khống chếTự tập( controlled vocabulary ), tới giải thíchThật hạch gienCập lòng trắng trứng ở tế bào nội sở sắm vai nhân vật, cũng theoSinh mệnh khoa họcNghiên cứu tiến bộ, không ngừng tích lũy cùng đổi mới. Một cái ontology sẽ bị một cái khống chế tự tập tới miêu tả cũng cho nhất định tên, thông qua chế định “Bản thể” ontologies cũng vận dụng môn thống kê phương pháp cậpTự nhiên ngôn ngữ xử lýKỹ thuật, có thể thực hiệnTri thức quản lýChuyên gia hệ thốngKhống chế.
Cho tới bây giờ, Gene Ontology Consortium ( GO khởi xướng tổ chức ) cơ sở dữ liệu trung có 3 đại độc lập ontology bị thành lập lên: biological process sinh vật quá trình, molecular function phần tử công năng cập cellular component tế bào chất hợp thành. Mà này ba cái ontology phía dưới lại có thể độc lập ra bất đồng á trình tự, tầng tầng xuống phía dưới cấu thành một cái ontologies thụ hìnhChi nhánh kết cấu.Có thể nói, GO là sinh vật học thống nhất hóa chất cụ.
Liên hợp hội sở thành lập cơ sở dữ liệu, chỉ ở thành lập một cái áp dụng với các loại giống loài, đối gien cùng protein công năng tiến hành hạn định cùng miêu tả, cũng có thể theo nghiên cứu không ngừng thâm nhập mà đổi mới ngữ nghĩa từ ngữ tiêu chuẩn. Chọn dùng giai tầng hệ thống đối gien tiến hành phân loại, đem công năng nhất trí gien đặt ở cùng tầng
