Pfam
Pfamje baza podatakaporodica proteinakoja uključuje njihove napomene ivišestruka poravnanja sekvencigenerirana korištenjemskrivenih Markovljevih modela.[1][2][3]Najnovija verzija, Pfam 34.0, objavljena je u martu 2021. i sadrži 19.179 porodica.[4]
Opća svrha Pfam baze podataka je da pruži potpunu i tačnu klasifikaciju porodica i domena proteina.[5]Prvobitno, razlog za kreiranje baze podataka bio je da postoji poluautomatska metoda prikupljanja informacija o poznatim porodicama proteina kako bi se poboljšala efikasnost označavanja genoma.[6]Pfam klasifikacija porodica proteina je široko prihvaćena od strane biologa zbog široke pokrivenosti proteina i razumnih konvencija imenovanja.[7]
Za svaku porodicu u Pfamu može se:
- Pogledati opis porodice
- Pogledati višestruka poravnanja
- Pogledati arhitekture proteinskih domena
- Ispitati distribuciju vrsta
- Pratiti veze do drugih baza podataka
- Pogledati poznate strukture proteina
Reference
[uredi|uredi izvor]- ^"The Pfam protein families database".Nucleic Acids Res.36(Database issue): D281–8. 2008.doi:10.1093/nar/gkm960.PMC2238907.PMID18039703.
- ^Finn, R. D.; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A. (Jan 2006)."Pfam: clans, web tools and services"(Free full text).Nucleic Acids Research.34(Database issue): D247–D251.doi:10.1093/nar/gkj149.ISSN0305-1048.PMC1347511.PMID16381856.
- ^Bateman, A.; Coin, L.;Durbin, R.;Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S. (2004)."The Pfam protein families database".Nucleic Acids Research.32(Database issue): 138D–1141.doi:10.1093/nar/gkh121.ISSN0305-1048.PMC308855.PMID14681378.
- ^"Pfam 34.0 is released".Xfam Blog.Pristupljeno2 Jul2021.
- ^Sammut, Stephen; Finn, Robert D.; Bateman, Alex (2008). "Pfam 10 years on: 10 000 families and still growing".Briefings in Bioinformatics.9(3): 210–219.doi:10.1093/bib/bbn010.PMID18344544.
- ^Sonnhammer, Erik L.L.; Eddy, Sean R.; Durbin, Richard (1997). "Pfam: A Comprehensive Database of Protein Domain Families Based on Seed Alignments".Proteins.28(3): 405–420.doi:10.1002/(sici)1097-0134(199707)28:3<405::aid-prot10>3.0.co;2-l.PMID9223186.
- ^Xu, Qifang; Dunbrack, Roland L. (2012)."Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB".Bioinformatics.28(21): 2763–2772.doi:10.1093/bioinformatics/bts533.PMC3476341.PMID22942020.
Vanjski linkovi
[uredi|uredi izvor]- Pfam- Baza podataka porodice proteina na adresiEMBL-EBI,UK
- PDBfam- Dodjela Pfam domena sekvencama u PDB-u naFox Chase Cancer Center,USA