Promotor (genetika)
Promotor– ugenetici– je sekvencaDNKna koju se vezuju proteini koji inicirajutranskripcijajednostrukeRNK,prema matrici smislenog polulancaDNKnizvodnood nje. Ova RNK može kodirati protein ili može imati funkciju samu po sebi, kao što jetRNK,iRNKilirRNK.Promotori se nalaze u blizini početnih mjesta transkripcije gena,uzvodnona DNK (prema 5 'regijismislenog lanca).
Djelovanje promotora odvija se u sklopuoperona,što znači da njihova aktivnost ovisi o prisustvu/odsustvu supstence koja je obkekt djelovanjaoperona,koja je ujedno ima i ulogu represora u tom kompleksu međuzavisnihgena.
Operon se sastoji od 4 osnovne komponente DNK:
- Promotor– nukletidna sekvenca koja omogućavatranskripciju.Promotor je prepoznat od straneRNK polimeraze,koji onda inicira transkripciju. U sinteziRNK,promotori ukazuju koji se geni trebaju uključitii za stvaranje RNK; samim tim, kontroliraju kojeproteinećećelijaproizvodi.
- Regulator– kontrolira gena operatora u suradnji sa određenim spojeva pod nazivom induktori i korepresori koji su prisutni ucitoplazmi.Genregulator nije nužno u susjedstvu gene operatora. Kodovi gena regulatora kontroliraju sintezuproteinskesupstance koja se zove represor. Represorna supstanca se kombinira sa genom operaterom i sprečava njegovu aktivnost. A gen regulator kontrolira operon, ali nije njegov dio.
- Operator– je segmentDNKza koji se epresije vezuje za. To je klasično definirano u''lac operon''ukao segment između promotora i gena za operon.[1]u slučaju represije, represije proteina, RNK polimerazom, fizički ometa prepisivanjem gena.
- Strukturni geni– su oni koji koreguliraju operon. Nisu uvijek u njega uključeni, ali imaju važnu ulogu u funkciji regulatornog gena, a ekspresija su gena koji kodira represijskiprotein.Regulatorni gen ne mora biti u susjedstvu ili čak ni u blizinioperona.[2][3][4][5]
Promotori mogu biti dugački oko 100-1000 baznih parova.[6]
Pregled
[uredi|uredi izvor]Da bi se odvijala transkripcija, enzim koji sintetitizira RNK, poznat kaoRNK-polimeraza,mora se vezati za DNK u blizini gena. Promotori sadrže specifične sekvence DNK, kao što suelementi odgovora.koji pružaju sigurno početno mesto vezivanja za RNK-polimerazu i za proteine zvanefaktori transkripcije,koji aktiviraju RNK-polimerazu. Ovi transkripcijski faktori imaju specifičneaktivatoreilirepresornesekvence odgovarajućihnukleotida,koji se vežu za određene promotore i regulišuekspresiju gena.
- Ubakterija
- Promotor prepoznaje RNK-polimerazu i pridruženisigma faktor,koji se pak često dovode u DNK promotora, vezanjem proteina – aktivatora za svojemjesto vezanja DNKu blizini.
- Ueukariota
- Proces je složeniji i potrebno je najmanje sedam različitih činitelja za vezanjeRNK-polimeraze IIza promotor.
Promotori predstavljaju kritične elemente koji mogu djelovati u saglasnosti s drugim regulatornim regijama (pojačivač,prigušivači,granični elementi /insulatori) da usmere nivo transkripcije datog gena. Promoter se indukuje kao odgovor na promjene u obilju ili konformaciji regulacijskih proteina u ćeliji, što omogućava aktiviranje transkripcijskih faktora da aktiviraju RNK-polimerazu.[7][8]
Identifikacija relativne lokacije
[uredi|uredi izvor]Kako su promotori obično neposredno uz dotični gen, položaji u promotoru su označeni u odnosu napočetno mjesto transkripcije,gdje transkripcija DNK započinje za određeni gen (tj. položaji uzvodno su negativni brojevi odbrojavajući natrag od – 1, naprimjer – 100 je položaj 100 osnovnih parova uzvodno).
Relativna lokacija u ćelijskom jedru
[uredi|uredi izvor]U ćelijskom jedru promotori su preferencijalno rqspoređeni na rubovimahromosoma,vjerovatno za koekspresiju gena sa različitih hromosoma.[9]Nadalje, kod ljudi promotori ispoljavaju određena strukturna svojstva, karakteristična za svaki hromosom.[9]
Elementi
[uredi|uredi izvor]Eukariotski
[uredi|uredi izvor]- Sržni promotor – minimalni dio promotora potreban za pravilno pokretanje transkripcije;[10]
- Uključuje početno mjesto transkripcije (TSS) i elemente direktno uzvodno
- Mjesto vezanja za RNK-polimerazu;
- RNK-polimeraza I:transkribira gene koji kodiraju 18S, 5.8S i 28Sribosomskih RNK;
- RNK-polimeraza II:transkribira gene koji kodirajuiRNKi određenemale jedarne RNKimikro-RNK;
- RNK polimeraza III:transkribira gene koji kodirajutransportnu DNK,5s ribosomske RNKi druge male RNK;
- Opća mjesta vezanja faktora transkripcije, npr.TATA-okvir,B-element prepoznavanja.
- Mogu biti prisutni mnogi drugi elementi / motivi. Ne postoji skup "univerzalnih elemenata" koji se nalazi u svakom ključnom promotoru.[11]
- Proksimalni promotor – proksimalna sekvenca uzvodno od gena koja teži da sadrži primarne regulatorne elemente;
- Otprilike 250 osnovnih parova uzvodno od početne lokacije;
- SpecifičnOmjesto vezanja faktora transkripcije;
- Distalni promotor– distalna sekvenca uzvodno od gena koji može sadržavati dodatne regulatorne elemente, često sa slabijim utIcajem od proksimalnog promotora;
- Sve dalje uzvodno (ali ne pojačivačI ili druga regulatorna regija čiji je uticaj neovisan o položaju/ orijentaciji);
- Specifična mjesta vezanja za faktor transkripcije.
Bakterijski
[uredi|uredi izvor]Ubakterija,promotor sadrži dva elementa kratke sekvence od približno 10 (Pribnowa kutija) i 35 nukleotidauzvodnoodpočetnog mjesta transripcija.
- Sekvenca na – 10 (element -10) imakonsenzusnu sekvencuTATAAT.
- Sekvenca na – 35 (element -35) ima konsenzusni niz TTGACA.
- Gore navedeni konsenzusni nizovi, iako su u prosjeku sačuvani, kod većine promotora nisu netaknuti. U prosjeku, samo 3 do 4 od 6 parova baza u svakom konsenzusnom nizu nalaze se u bilo kojem od datih promotora. Do danas je identificirano nekoliko prirodnih promotora koji imaju netaknute konsenzusne sekvence i na –10 i –35; Utvrđeno je da se vještački promotori s potpuno očuvanim elementima –10 i –35 transkribiraju na nižim frekvencijama od onih s nekoliko neusklađenih konsenzusa.
- Sekvenca na – 10 (element –10) imakonsenzusnu sekvencuTATAAT.
- Sekvenca na –35 (element –35) ima konsenzusni niz TTGACA.
- Gore navedene konsenzusne sekvence, iako su u prosjeku sačuvane, kod većine promotora nisu netaknute. U prosjeku, samo tri do č,etiri od šestparova bazau svakom konsenzusnom nizu nalaze se u bilo kojem od datih promotora. Do danas je identificirano nekoliko prirodnih promotora koji imaju netaknute konsenzusne sekvence i na –10 i –35; Utvrđeno je da vještački promotori s potpunim očuvanjem elemenata –10 i –-35 transkribiraju na nižim frekvencijama od onih s nekoliko neusklađenih konsenzusa.
- Optimalni razmak između sekvenci –35 i –10 je 17 bp.
- Neki promotori sadrže jedno ili više podmjesta uzvodnog elementa promotora (UP element)[12](konsenzusna sekvenca5'-AAAAAARNR-3' kada je centriran u regiji –42; konsenzusna sekvenca 5'-AWWWWWTTTTT-3' kada je centriran u regiji –52; W = A ili T; R = A ili G; N = bilo koja baza).[13]
Gore navedene promotorske sekvence prepoznaje samo RNK-polimerazniholoenzim,koji sadržisigma-70.RNK-polimerazni holoenzimi koji sadrže druge sigma faktore prepoznaju različita jezgra promotorskih sekvenci.
<-- uzvodno nizvodno --> 5'–xXXXXXXXPPPPPPXXXXXXPPPPPPXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGXXXX-3' –35 –10. Gen će biti prepisan/transkriburan.
Vjerovatnoća pojave svakog nukleotida
[uredi|uredi izvor]Za –10 sekvencu T A T A A T 77% 76% 60% 61% 56% 82%:
Za –35 sekvencu T T G A C A 69% 79% 61% 56% 54% 54%;
Eukariotski
[uredi|uredi izvor]Eukariotskipromotori su raznoliki i teško ih je okarakterizirati, ali nedavna istraživanja pokazuju da su podijeljeni u više od 10 klasa.[14]
Promotorskii geni obično se nalaze uzvodno od strukturnog gena i mogu imati regulatorne elemente, za nekolikokilobazaudaljene od početnog mjesta transkripcije (pojačivači). U eukariota, transkripcijski kompleks može dovesti do savijanja DNK na sebi, što omogućava postavljanje regulatornih sekvenci daleko od stvarnog mjesta transkripcije. Promotori ovisni o eukariotskoj RNA-polimerazi-II mogu sadržavatiTATA element(konsenzusna sekvencaTATAAA), koji prepoznajeopći faktor transkripcijeprotein koji veže TATA(TBP); iB element prepoznavanja(BRE), koji prepoznaje opći faktor transkripcijeTFIIB.[10][15][16]TATA element i BRE obično se nalaze u blizini početnog mjesta transkripcije (obično unutar 30 do 40 parova baza).
Regulatorne sekvence eukariotskog promotora obično vežu proteine koji se nazivaju transkripcijski faktori, uključeni u stvaranje transkripcijskog kompleksa. Primjer jeE-box(sekvenca CACGTG), koji veže faktore transkripcije u porodiciosnovni heliks-petlja-heliks(bHLH) (npr.BMAL1-Clock,cMyc).[17]Neki promotori koji su ciljani višestrukim faktorima transkripcije mogu postići hiperaktivno stanje, što dovodi do povećane aktivnosti transkripcije.[18]
Dvosmjerni (sisari)
[uredi|uredi izvor]Dvosmjerni promotori su kratki (<1 kbp) intergenski regioniDNK,izmeđugenskih5 'krajeva u dvosmjernom genskom paru.[19]> "Dvosmjerni genski par" odnosi se na dva susjedna gena kodirana na suprotnim polunitima, čiji su 5 'krajevi orijentirani jedan prema drugom.[20]Dva gena su često funkcijski povezana, a modifikacija njihove zajedničke promotorske regije omogućava im da budu koregulirani i na taj način koeksprimirani.[21]Dvosmjerni promotori su uobičajena karakteristikasisarskihgenoma.[22]About 11% of human genes are bidirectionally paired.[19]
Dvosmjerno upareni geni u bazi podatakaGenska ontologija(Gene Ontology) imali su barem jednu funkcijskuu kategoriju dodijeljenu bazi podataka sa njihovim homolozima, oko 47% vremena.[23]Analiza mikronizova pokazala je da se dvosmjerno upareni geni koeksprimiraju u većem stepenu od slučajnih gena ili susjednih jednosmjernih gena.[19]Iako koekspresija ne mora nužno ukazivati na koregulaciju, pokazalo se dametilacijadvosmjernih promotorskih regija smanjuje regulaciju oba gena, a demetilacija da povećava regulaciju oba.[24]Postoje, međutim, i izuzeci. U nekim slučajevima (oko 11%), eksprimiran je samo jedan gen dvosmjernog para.[19]U tim slučajevima je promotor upleten u supresiju neizraženog gena. Mehanizam koji stoji iza ovoga mogao bi biti nadmetanje za iste polimeraze ilihromatinskumodifikaciju. Divergentna transkripcija mogla bi podstaknutinukleosomeda povećaju regulaciju transkripcije jednog gena ili uklone vezane faktore transkripcije kako bi smanjili transkripciju jednog gena.[25]
Neke funkcijske klase gena vjerovatnije će biti dvosmjerno uparene od drugih. Geni koji sudjeluju upopravljanju DNK,imaju pet puta veću vjerovatnoću da će ih regulirati dvosmjerni nego jednosmjerni promotori.Haperonski proteinisu tri puta vjerovatniji, amitohondrijski geniviše nego dvostruko vjerovatniji. Dvosmjerni promotori reguliraju mnoge osnovne gene za održavanje i ćelijske metaboličke gene.[19] Prekomjerna zastupljenost dvosmjerno uparenih gena za popravak DNK povezuje ove promotore sakancerom.Čini se da 45 % ljudskih somatskihonkogenareguliraju dvosmjerni promotori – znatno više od gena koji ne uzrokuju rak. Hipermetilacija promotora između genskih parova WNT9A / CD558500, CTDSPL / BC040563 i KCNK15 / BF195580 povezana je s tumorima.[24]
U dvosmjernih promotora uočene su određene karakterisstične sekvence, uključujući nedostatakTATA kutija,obiljeCpG-otokai simetriju oko sredine dominantnih Cs i As na jednoj strani i Gs i Ts s druge strane. Nedavno je prikazan motiv sa konsenzus sekvencom TCTCGCGAGA, također nazvan [[[CGCG element]]], koji pokreće PolII-dvosmernu transkripciju na CpG otocima.[26]CCAAT kutijesu uobičajene, kao i kod mnogih promotora kojima nedostaju TATA okviri. Uz to,motiviNRF-1,GABPA,YY1i ACTACAnnTCCC zastupljeni su u dvosmjernim promotorima po znatno višim stopama nego kod jednosmjernih promotora. Odsustvo TATA kutija u dvosmjernim promotorima sugerira da TATA-kutije imaju ulogu u određivanju usmjerenosti promotora, ali protivprimjeri dvosmjernih promotora imaju TATA-kutije i jednosmjerne promotore bez njih, što ukazuje da oni ne mogu biti jedini faktor.[27]
Iako se izraz "dvosmjerni promotor" posebno odnosi na promotorske regije gena koji kodirajuiRNK,testovi sluciferazamapokazali su da preko polovine ljudskih gena nema snažnu smjernu pristranost. Istraživanja sugeriraju da jenekodirajuća RNKčesto povezana sa promotorskim regionima gena koji kodiraju iRNK. Pretpostavlja se da aktiviranje i započinjanjeRNK-polimeraze IIobično počinje dvosmjerno, ali divergentna transkripcija se zaustavlja na kontrolnoj tački kasnije tokom elongacije. Mogući mehanizmi koji stoje iza ove regulacije uključuju sekvence u promotorskoj regiji, modifikacijuhromatinai prostornu orijentaciju DNK.[25]
Subgenomski
[uredi|uredi izvor]Subgenomski promotor je promotor dodan virusu za određeniheterolognigen, što rezultira stvaranjem iRNK samo za taj gen. MnogiRNK-virusiu pozitivnom smislu proizvode ovesubgenomske iRNK(sgRNA), kao jedan od uobičajenih načinaa infekcije koje ovi virusi koriste i uglavnom transkribiraju kasne virusne gene. Veličina subgenomskih promotora kreće se od 24 (Sindbis virus) do preko 100nukleotida(nekrotični virus žutih vena) i obično se nalaze uzvodno od početka transkripcije.[28]
Otkrivanje
[uredi|uredi izvor]Razvijen je širok spektar algoritama kako bi se olakšalo otkrivanje promotora ugenomskimsekvencama, a predviđanje promotora čest je element mnogih metoda predviđanja položaja gena. Regija promotora nalazi se prije sekvenci konsenzusa -35 i -10. Što je promotorska regija bliža konsenzusnim sekvencama, to će se češće odvijati transkripcija tog gena. Ne postoji postavljeni obrazac za promotorske regije, kao što postoji za konsenzusne sekvence.
Evolucijske promjene
[uredi|uredi izvor]Promjene u promotorskim sekvencama presudne su u evoluciji, na što ukazuje relativno stabilan broj gena u mnogim lozama. Naprimjer, većina kičmenjaka ima otprilike jednak broj gena koji kodiraju proteine (oko 20.000), koji su često vrlo konzervirani u sekvencama, pa veliki dio evolucijskih promjena mora proizaći iz promjena uekspresiji gena.[9][14]
Porijeklo promotorade novo
[uredi|uredi izvor]S obzirom na kratke sekvence većine elemenata promotora, oni mogu brzo evoluirati iz slučajnih sekvenci. Naprimjer, uE. coli,~ 60% slučajnih sekvenci može razviti nivoe ekspresije, usporedive s [divlji tip|[divljim tipom]]lac promotora,sa samo jednom mutacijom i da ~ 10% slučajnih sekvenci može poslužiti kao aktivni promotor bez evolucije.[30]
Dijabetes
[uredi|uredi izvor]Druge nedavne studije sugeriraju da promotori gena mogu biti primarni uzrokdijabetesa.[31]Promotori gena povezanih s dijabetesom putem studije povezanostigenoma(GWAS) pokazuju specifičneDNK obrasceza svakifenotip.[31]
Povezivanje
[uredi|uredi izvor]Iniciranje transkripcije je višestupanjski sekvencijskii proces, koji uključuje nekoliko mehanizama: mjesto promotora, početno reverzibilno vezanje RNK-polimeraze, konformacijske promjene u RNK- polimerazi, konformacijske promjene u DNK, vezanjenukleozid-trifosfata(NTP) na funkcijski promotor RNK-polimeraze složeno i neproduktivno i produktivno pokretanje sinteze RNK.[32] Proces vezanja promotora presudan je u razumijevanju procesaekspresije gena.
Lokacija
[uredi|uredi izvor]IakoRNK-polimerazniholoenzimpokazuje visok afinitet prema nespecifičnim mjestima DNK, ova karakteristika ne dopušta da se razjasni proces lokacije promotora.[33]Ovaj proces lociranje promotora pripisuje se strukturi holoenzima u DNK i sigme 4 u DNK kompleksima.[34]
Bolesti povezane s aberantnom funkcijom
[uredi|uredi izvor]Većina bolesti je heterogena po uzroku, što znači da jedna "bolest" često uključuje mnogo različitih bolesti na molekulskoj razini, iako se ispoljeni simptomi i odgovor na liječenje mogu ujednačiti. Način na koji bolesti različitog molekulskog porijekla reagiraju na tretmane djelomično se pročava u naučnoj oblast zvanojfarmakogenomika.
Ovdje nisu navedene mnogi tipovikarcinomakoji uključuju aberantnu regulaciju transkripcije zahvaljujući stvaranjuhimernuh gena,nakon patološkihhromosomske translokacije.Važno je da je intervencija u broju ili strukturi proteina vezanih na promotor jedan od ključeva za liječenje bolesti bez uticaja na ekspresiju nepovezanih gena, koji dijele elemente s ciljnim genom.[35]Neki geni čija promjena nije poželjna, sposobni su uticati na potencijal ćelije da postanekarcinomska.[36]
CpG-otoci u promotorima
[uredi|uredi izvor]U ljudi, oko 70% promotora smještenih u blizini mjesta početka transkripcije gena (proksimalni promotori) sadržiCpG-otok.[37][38]CpG-otoci su obično dugi od 200 do 2000 baznih parova, imaju sadržajbaznog paraC: G > 50% i imaju područjaDNKgdje sekvencu sacitozinskimnukleotidomslijediguanini to se često događa u linearnog sekvenci DNKbazaduž 5 '→ 3' smjera. Distalni promotori također često sadrže CpG-otoke, poput promotora genaERCC1,za popravak DNK, gdje se promotor koji sadrži CpG-otok nalazi oko 5.400 nukleotida uzvodno od kodirajućeg područjaERCC1gena.[39]CpG-otoci također se često javljaju u promotorima zafunkcijski nekodirajuće RNKkao što sumikroRNK.
Utišavanje gena metilacijom CpG-otoka
[uredi|uredi izvor]U ljudi se metilacija DNK događa sena položaju 5 'pirimidinskog prstena citozinskih ostataka unutarCpG-lokusada nastane5-metilcitozin.Prisutnost višestrukih metiliranih CpG-lokusa na CpG-otocima promotora uzrokuje stabilno utišavanje gena.[40]Utišavanje gena može biti pokrenuto drugim mehanizmima, ali to je često praćeno metilacijom CpG-lokuse na promotorskom CpG-otoku, da bi se izazvalo stabilno utišavanje gena.[40]
Hipe/hipo-metilacija promotora CpG kod kancera
[uredi|uredi izvor]Općenito, u progresiji do raka, stotine gena suutišani ili aktivirani.Iako se utišavanje nekih gena u karcinomima događa mutacijom, veliki udio prigušivanja kancerogenih gena rezultat je promijenjene metilacije DNK (vidiMetilacija DNK). Metilacija DNK koja uzrokuje prigušivanje raka obično se događa na višeCpG-lokusana CpG-otoku, koji su prisutni u promotorima gena koji kodiraju proteine. Izmijenjeni ekspresijimikroRNKtakođer utišavaju ili aktiviraju mnoge gene u progresiji do raka. Promijenjena ekspresija mikroRNK događa se putemhiper / hipo-metilacijaCpG-lokusau CpG-otocima, u promotorima koji kontroliraju transkripcijumikroRNK Utišavanje gena za popravak DNA metilacijom CpG-otoka u njihovim promotorima čini se da je posebno važno za napredovanje do raka.
Kanonske sekvence i divlji tip
[uredi|uredi izvor]Upotreba terminakanonska sekvencaza označavanje promotora često je problematična i može dovesti do nesporazuma oko sekvenci promotora. Kanonski podrazumijeva savršeno, u nekom smislu. U slučaju mjesta vezanja transkripcijskog faktora, može postojati jedna sekvenca koja najsnažnije veže protein pod određenim čelijskim uvjetima. To bi se moglo nazvati kanonskim. Međutim,prirodna selekcijamože favorizirati manje energetsko vezanje kao način regulacije transkripcijskog izlaza. [U ovom slučaju, najčešća sekvenca u populaciji može se nazvati sekvencomdivljeg tipa.Možda to i nije najpovoljniji ekvenca u postojećim uvjetima. Noviji dokazi također ukazuju da nekoliko gena (uključujućiproto-onkogenc-myc) ima motiveG-kvadrupleks,kao potencijalne regulatorne signale.
Bolesti koje mogu biti povezane s varijacijama
[uredi|uredi izvor]Neki slučajevi mnogih nasljednih bolesti povezani su s varijacijama u promotorima ili faktorima transkripcije. Primjeri uključuju, bolesti kao što su:
Također pogledajte
[uredi|uredi izvor]Reference
[uredi|uredi izvor]- ^Lewin B. (1990): Genes IV, 4th Edition. Oxford University Press, Oxford,ISBN0-19-854267-4.
- ^Mayer G.:Bacteriology – Chapter Nine; Genetic Regulatory Mechanisms|url=http://pathmicro.med.sc.edu/mayer/geneticreg.htm%7Cwork=Microbiologyand Immunology Online|publisher=University of South Carolina School of Medicine.
- ^Collado-Vides J., Magasanik B., Smith T. F., Eds (1996): Integrative approaches to molecular biology. The MIT Press, Cambridge (Mass), London,ISBN0-262-03239-2.
- ^Alberts B. et al. (1983): Molecular biology of the cell. Garland Publishing, Inc., New York & London,ISBN0-8240-7283-9.
- ^King R. C., Stransfield W. D. (1998): Dictionary of genetics. Oxford niversity Press, New York, Oxford,ISBN0-19-50944-1-7;ISBN0-19-509442-5.
- ^"Analysis of Biological Networks: Transcriptional Networks – Promoter Sequence Analysis"(PDF).Tel Aviv University.Pristupljeno 30. 12. 2012.
- ^Chromatin remodeling: from transcription to cancer.Cancer Genet. 2014 Sep;207(9):352-7.
- ^Promoter organization of the interferon-A genes differentially affects virus-induced expression and responsiveness to TBK1 and IKKepsilon. J Biol Chem. 2006 Feb 24;281(8):4856-66.
- ^abcGagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (april 2013)."Gene promoters show chromosome-specificity and reveal chromosome territories in humans".BMC Genomics.14(278): 278.doi:10.1186/1471-2164-14-278.PMC3668249.PMID23617842.
- ^abSmale ST, Kadonaga JT (2003)."The RNA polymerase II core promoter".Annual Review of Biochemistry.72:449–79.doi:10.1146/annurev.biochem.72.121801.161520.PMID12651739.
- ^Juven-Gershon T, Kadonaga JT (mart 2010)."Regulation of gene expression via the core promoter and the basal transcriptional machinery".Developmental Biology.339(2): 225–9.doi:10.1016/j.ydbio.2009.08.009.PMC2830304.PMID19682982.
- ^Ross W, Gosink KK, Salomon J, Igarashi K, Zou C, Ishihama A, Severinov K, Gourse RL (novembar 1993). "A third recognition element in bacterial promoters: DNA binding by the alpha subunit of RNA polymerase".Science.262(5138): 1407–13.Bibcode:1993Sci...262.1407R.doi:10.1126/science.8248780.PMID8248780.
- ^Estrem ST, Ross W, Gaal T, Chen ZW, Niu W, Ebright RH, Gourse RL (august 1999)."Bacterial promoter architecture: subsite structure of UP elements and interactions with the carboxy-terminal domain of the RNA polymerase alpha subunit".Genes & Development.13(16): 2134–47.doi:10.1101/gad.13.16.2134.PMC316962.PMID10465790.
- ^abcGagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (septembar 2012)."Eukaryotic genomes may exhibit up to 10 generic classes of gene promoters"(PDF).BMC Genomics.13(1): 512.doi:10.1186/1471-2164-13-512.PMC3549790.PMID23020586.
- ^Gershenzon NI, Ioshikhes IP (april 2005)."Synergy of human Pol II core promoter elements revealed by statistical sequence analysis".Bioinformatics.21(8): 1295–300.doi:10.1093/bioinformatics/bti172.PMID15572469.
- ^Lagrange T, Kapanidis AN, Tang H, Reinberg D, Ebright RH (januar 1998)."New core promoter element in RNA polymerase II-dependent transcription: sequence-specific DNA binding by transcription factor IIB".Genes & Development.12(1): 34–44.doi:10.1101/gad.12.1.34.PMC316406.PMID9420329.
- ^Levine M, Tjian R (juli 2003). "Transcription regulation and animal diversity".Nature.424(6945): 147–51.Bibcode:2003Natur.424..147L.doi:10.1038/nature01763.PMID12853946.
- ^Liefke R, Windhof-Jaidhauser IM, Gaedcke J, Salinas-Riester G, Wu F, Ghadimi M, Dango S (juni 2015)."The oxidative demethylase ALKBH3 marks hyperactive gene promoters in human cancer cells".Genome Medicine.7(1): 66.doi:10.1186/s13073-015-0180-0.PMC4517488.PMID26221185.
- ^abcdeTrinklein ND, Aldred SF, Hartman SJ, Schroeder DI, Otillar RP, Myers RM (januar 2004)."An abundance of bidirectional promoters in the human genome".Genome Research.14(1): 62–6.doi:10.1101/gr.1982804.PMC314279.PMID14707170.
- ^Yang MQ, Koehly LM, Elnitski LL (april 2007)."Comprehensive annotation of bidirectional promoters identifies co-regulation among breast and ovarian cancer genes".PLOS Computational Biology.3(4): e72.Bibcode:2007PLSCB...3...72Y.doi:10.1371/journal.pcbi.0030072.PMC1853124.PMID17447839.
- ^Adachi N, Lieber MR (juni 2002). "Bidirectional gene organization: a common architectural feature of the human genome".Cell.109(7): 807–9.doi:10.1016/S0092-8674(02)00758-4.PMID12110178.
- ^Koyanagi KO, Hagiwara M, Itoh T, Gojobori T, Imanishi T (juli 2005). "Comparative genomics of bidirectional gene pairs and its implications for the evolution of a transcriptional regulation system".Gene.353(2): 169–76.doi:10.1016/j.gene.2005.04.027.PMID15944140.
- ^Liu B, Chen J, Shen B (maj 2011)."Genome-wide analysis of the transcription factor binding preference of human bi-directional promoters and functional annotation of related gene pairs".BMC Systems Biology.5 Suppl 1: S2.doi:10.1186/1752-0509-5-S1-S2.PMC3121118.PMID21689477.
- ^abShu J, Jelinek J, Chang H, Shen L, Qin T, Chung W, Oki Y, Issa JP (maj 2006)."Silencing of bidirectional promoters by DNA methylation in tumorigenesis".Cancer Research.66(10): 5077–84.doi:10.1158/0008-5472.CAN-05-2629.PMID16707430.
- ^abWei W, Pelechano V, Järvelin AI, Steinmetz LM (juli 2011)."Functional consequences of bidirectional promoters".Trends in Genetics.27(7): 267–76.doi:10.1016/j.tig.2011.04.002.PMC3123404.PMID21601935.
- ^Mahpour A, Scruggs BS, Smiraglia D, Ouchi T, Gelman IH (17. 10. 2018)."A methyl-sensitive element induces bidirectional transcription in TATA-less CpG island-associated promoters".PLOS ONE.13(10): e0205608.doi:10.1371/journal.pone.0205608.PMC6192621.PMID30332484.
- ^Lin JM, Collins PJ, Trinklein ND, Fu Y, Xi H, Myers RM, Weng Z (juni 2007)."Transcription factor binding and modified histones in human bidirectional promoters".Genome Research.17(6): 818–27.doi:10.1101/gr.5623407.PMC1891341.PMID17568000.
- ^Koev G, Miller WA (juli 2000)."A positive-strand RNA virus with three very different subgenomic RNA promoters".Journal of Virology.74(13): 5988–96.doi:10.1128/jvi.74.13.5988-5996.2000.PMC112095.PMID10846080.
- ^Gagniuc P, Ionescu-Tirgoviste C (septembar 2012)."Eukaryotic genomes may exhibit up to 10 generic classes of gene promoters".BMC Genomics.13(1): 512.doi:10.1186/1471-2164-13-512.PMC3549790.PMID23020586.
- ^Yona AH, Alm EJ, Gore J (april 2018)."Random sequences rapidly evolve into de novo promoters".Nature Communications(jezik: engleski).9(1): 1530.Bibcode:2018NatCo...9.1530Y.doi:10.1038/s41467-018-04026-w.PMC5906472.PMID29670097.
- ^abIonescu-Tîrgovişte C, Gagniuc PA, Guja C (2015)."Structural Properties of Gene Promoters Highlight More than Two Phenotypes of Diabetes".PLOS ONE.10(9): e0137950.Bibcode:2015PLoSO..1037950I.doi:10.1371/journal.pone.0137950.PMC4574929.PMID26379145.
- ^deHaseth PL, Zupancic ML, Record MT (juni 1998)."RNA polymerase-promoter interactions: the comings and goings of RNA polymerase".Journal of Bacteriology.180(12): 3019–25.doi:10.1128/jb.180.12.3019-3025.1998.PMC107799.PMID9620948.
- ^Singer P, Wu CW (oktobar 1987)."Promoter search by Escherichia coli RNA polymerase on a circular DNA template".The Journal of Biological Chemistry.262(29): 14178–89.PMID3308887.
- ^Borukhov S, Nudler E (april 2003). "RNA polymerase holoenzyme: structure, function and biological implications".Current Opinion in Microbiology.6(2): 93–100.doi:10.1016/s1369-5274(03)00036-5.PMID12732296.
- ^Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, Gentry S, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, Zoumpourlis V, Urban RJ, Vlahopoulos SA (juni 2009). "Sex steroid receptors in skeletal differentiation and epithelial neoplasia: is tissue-specific intervention possible?".BioEssays.31(6): 629–41.doi:10.1002/bies.200800138.PMID19382224.
- ^Vlahopoulos SA, Logotheti S, Mikas D, Giarika A, Gorgoulis V, Zoumpourlis V (april 2008). "The role of ATF-2 in oncogenesis".BioEssays.30(4): 314–27.doi:10.1002/bies.20734.PMID18348191.
- ^Saxonov S, Berg P, Brutlag DL (januar 2006)."A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters".Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.103(5): 1412–7.Bibcode:2006PNAS..103.1412S.doi:10.1073/pnas.0510310103.PMC1345710.PMID16432200.
- ^Deaton AM, Bird A (maj 2011)."CpG islands and the regulation of transcription".Genes & Development.25(10): 1010–22.doi:10.1101/gad.2037511.PMC3093116.PMID21576262.
- ^Chen HY, Shao CJ, Chen FR, Kwan AL, Chen ZP (april 2010). "Role of ERCC1 promoter hypermethylation in drug resistance to cisplatin in human gliomas".International Journal of Cancer.126(8): 1944–1954.doi:10.1002/ijc.24772.PMID19626585.
- ^abBird A (januar 2002)."DNA methylation patterns and epigenetic memory".Genes & Development.16(1): 6–21.doi:10.1101/gad.947102.PMID11782440.
- ^Hobbs K, Negri J, Klinnert M, Rosenwasser LJ, Borish L (decembar 1998). "Interleukin-10 and transforming growth factor-beta promoter polymorphisms in allergies and asthma".American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine.158(6): 1958–62.doi:10.1164/ajrccm.158.6.9804011.PMID9847292.
- ^Burchard EG, Silverman EK, Rosenwasser LJ, Borish L, Yandava C, Pillari A, Weiss ST, Hasday J, Lilly CM, Ford JG, Drazen JM (septembar 1999). "Association between a sequence variant in the IL-4 gene promoter and FEV(1) in asthma".American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine.160(3): 919–22.doi:10.1164/ajrccm.160.3.9812024.PMID10471619.
- ^Kulozik AE, Bellan-Koch A, Bail S, Kohne E, Kleihauer E (maj 1991)."Thalassemia intermedia: moderate reduction of beta globin gene transcriptional activity by a novel mutation of the proximal CACCC promoter element".Blood.77(9): 2054–8.doi:10.1182/blood.V77.9.2054.2054.PMID2018842.
- ^Petrij F, Giles RH, Dauwerse HG, Saris JJ, Hennekam RC, Masuno M, Tommerup N, van Ommen GJ, Goodman RH, Peters DJ (juli 1995). "Rubinstein-Taybi syndrome caused by mutations in the transcriptional co-activator CBP".Nature.376(6538): 348–51.Bibcode:1995Natur.376..348P.doi:10.1038/376348a0.PMID7630403.
Vanjski linkovi
[uredi|uredi izvor]- ORegAnno – Open Regulatory Annotation DatabaseArhivirano21. 3. 2021. naWayback Machine
- Identifying a Protein Binding Sites on DNA moleculeYouTube tutorial video
- Pleiades Promoter Project– a research project with an aim to generate 160 fully characterized, human DNA promoters of less than 4 kb (MiniPromoters) to drive gene expression in defined brain regions of therapeutic interests.
- ENCODE threads ExplorerRNA and chromatin modification patterns around promoters.Nature