El club va néixer l'1 de juliolde1904amb el nom deTuS Friedrich Bayer & Co 1904 Leverkusen.Tres anys més tard es creà una secció separada per al futbol. L'any 1923 es reanomenà com aFV 1904 Leverkusen,el 1928 se separà del club original formant elSportVereinigung 04 Leverkusenamb seccions d'handbol, atletisme o boxa, a més del futbol, però sense la part de gimnàstica. Així el SV Bayer 04 adoptà els colors vermell i negre, mentre que els gimnastes adoptaren el blau i el groc. El 1935 incorporà el motBayeral nom. Als anys 40 hi hagué diversos intents de fusionar les dues entitats però no reeixiren. L'any 1984, les dues parts del club que havien romàs separades durant força anys per fi uniren de nou les forces. Així s'adoptà el nom deTSV Bayer 04 Leverkusen.Aquest fet, a més, coincidí amb els millors anys del club a nivell esportiu on trobem una copa alemanya a més d'una copa de la UEFA. El 1999, la secció de futbol es va separar del club esportiu i ara és una entitat separada formalment anomenadaBayer 04 Leverkusen Fußball GmbH.[2]