签订的三方协议辞职后是能保护个人权益。但如果公司与劳动者可以直接签订劳动合同，也是可以不签三方协议的。
三方协议是明确毕业生、用人单位、学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式，能解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。协议在毕业生到单位报到、用人单位正式接收后自行终止。
1.签订时间不同。找法网提醒您，三方协议是学生在校期间签订的，而劳动合同是在毕业生毕业离校后到单位正式报到后签订的。
2.主体不同。三方协议的主体是三方，即学校、毕业生和用人单位;而劳动合同的主体是两方，即劳动者和用人单位。
3.内容不同。三方协议的主要内容是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业、用人单位表示愿意接收毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业方案;而劳动合同是记载劳动者和用人单位的权利和义务，是劳动关系确立的法律凭证。
4.目的不同。三方协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是编制毕业生就业方案和将来双方订立劳动合同的依据。而劳动合同主要是劳动关系确立后使劳动者和用人单位的合法权益得到应有的保障。
5.适用的法律不同。三方协议的制定、发生争议后的解决主要依据是《国家关于高校毕业生就业的规定》、《民法典》等，而劳动合同的订立以及发生争议后主要是依据《劳动法》和《劳动合同法》来解决。
1.三方协议的违约金要看合同约定，如果是合同约定的违约金过高，可以要求降低，违约金高于实际损失的30％视为过高。
2.但是三方协议本身具有一定的特殊性，三方协议也就是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》，三方协议只要拿到用人单位正式入职开始就失效了，失效的三方协议就没有违约金的说法，取而代之的是劳动合同。
3.即使劳动合同签定了年限，但是劳动者具有任意解除权，除非是提供过专项培训或者有竞业禁止条款，否则一般不得向劳动者主张违约金。
