在计算经济补偿金计算基数时不应将加班工资包括在内。
第一，经济补偿从性质上看系用人单位与劳动者解除或终止劳动关系后，为弥补劳动者损失或基于用人单位所承担的社会责任而给予劳动者的补偿，故经济补偿金应以劳动者的正常工作时间工资为计算基数。
第二，加班工资系劳动者提供额外劳动所获得的报酬，不属于正常工作时间内的劳动报酬。
第三，从相关法律规定来看，也应认为经济补偿金不包含加班费。
但值得注意的是，如有证据证明用人单位存在恶意将本应计入正常工作时间的工资计入加班工资，以达到减少正常工作时间工资标准的情况，该部分的“加班工资”仍应计入经济补偿的计算基数。
找法网提醒您，加班工资申请劳动仲裁的时效是一年。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条
条劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
加班工资计算：休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资百分之二百的工资的报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
《中华人民共和国劳动法》第四十四条
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
