工程合同纠纷的诉讼时效一般是三年。
根据《民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
工程合同纠纷的处理办法包括和解和调解。
1.和解是当事人在自愿原则下自由选择的解决纠纷的方式，可以在尊重双方利益的基础上，通过再行协商，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷。
2.调解则是在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。
调解有两种方式：
(1)人民调解委员会调解，当事人可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解；
(2)行政调解，主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。
除了和解和调解，工程合同纠纷还可以通过仲裁和诉讼的方式解决。
1.仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。
仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。
2.诉讼则是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。
诉讼是解决合同纠纷的最常见方式，经人民法院审理并作出判决后，当事人必须履行判决，拒不履行的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。
在处理工程合同纠纷时，当事人应当注意诉讼时效的规定，及时采取合适的解决方式，维护自己的合法权益。同时，在签订合同时，也应当明确约定纠纷解决方式，避免发生争议时无法确定解决途径。
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