Filippo Messori wurde 1994 Profi und war vor allem im Doppel aktiv. Auf derATP Challenger Tourerrang er in seiner Karriere sechs Turniersiege, auf derATP World Tourgewann er 1997 an der SeiteCristian Brandisden Titel inSan Marino.Darüber hinaus stand er auf der World Tour in zwei weiteren Endspielen, 1997 inEstorilmitAndrea Gaudenziund 1998 nochmals mit Cristian Brandi inCasablanca.Die besten Notierungen in derATP-Weltranglisteerreichte er 1996 im Einzel mit Position 138 sowie 1997 im Doppel mit Position 63.
Im Einzel konnte er sich nie für einGrand-Slam-Turnierqualifizieren. In der Doppelkonkurrenz erreichte er 1997 sein bestes Resultat mit dem Einzug ins Achtelfinale derFrench Open.Bei den French Open und inWimbledonerreichte er im selben Jahr die zweite Runde im Mixed.