Microviridae

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Microviridae

ProkapsidundVirionenderMicroviridae

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Monodnaviria[1][2]
Reich: Sangervirae[1]
Phylum: Phixviricota[1]
Klasse: Malgrandaviricetes[1]
Ordnung: Petitvirales[1]
Familie: Microviridae
Taxonomische Merkmale
Genom: (+)ssDNAzirkulär
Baltimore: Gruppe 2
Symmetrie: ikosaedrisch
Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Microviridae
Links

DieMicroviridae(vongriechischμικρόςmikrós:klein) sind eineFamilievonViren,die alsBakteriophagenverschiedeneBakterieninfizieren, darunter Vertreter derEnterobacteriaceaeund intrazelluläreparasitäreBakterien sowieSpiroplasma.[3][4]Aufgrund ihresWirtsspektrumssind dieMicroviridaeubiquitärinAbwässern,Erde oderFäkalienpräsent. Die erste und am besten charakterisierte Spezies der Familie istEnterobakteriophage PhiX174(früher auch als Coliphage φX174 bezeichnet). DieMicroviridaesind derzeit (Stand Januar 2021) die einzige Familie im ReichSangervirae(monotypisch).[1]

DieVirionen(Viruspartikel) derMicroviridaebestehen aus einem einfachen, ikosaedrischenKapsid(T=1), das aus drei oder vier verschiedenen Kapsidproteinenaufgebaut sind. DieunbehülltenKapside haben einen Durchmesser von 25 bis 27Nanometer.Die reifen Virionen gehen aus intrazellulären Kapsidvorläufern (Prokapsiden) hervor, bei denen ein oder zwei Strukturproteine (scaffolding proteins,„Gerüst-Proteine “) durch ein grobes, vorläufiges Gerüst die Bindung der DNA und den Zusammenbau derKapsomereermöglichen.[5]Diese Gerüstproteine werden bei der Reifung des Kapsides wieder aus dem Verband gelöst, sobald die Hauptkapsidproteine eine ikosaedrische Anordnung eingenommen haben und das Kapsid geschlossen ist. Die Hauptkomponenten der Kapside bestehen aus einem Spike-Protein und einem Kapsidprotein (F oder Vp1), die sich zu großen fünfstrahligen (Pentamere) Kapsomeren zusammenlagern. Die 5,4 nm (beiEnterobakteriophagen PhiX174) weit nach außen ragenden Spike-Proteine vermitteln die spezifische Anheftung und Aufnahme in die Bakterienzelle.

Die Kapside der GattungenBdellomicrovirusundChlamydiamicroviruszeigen eine spezifische Dichte von 1,30 bis 1,31 g/cm³ in derUltrazentrifugationmitCäsiumchlorid,während die Vertreter der beiden anderen Gattungen alle eine signifikant höhere Dichte von etwa 1,40 g/cm³ aufweisen. Die Virionen sind sehr umweltstabil beipH-Wertenzwischen 6,0 und 9,0 und können mitDetergenzien,2-PropanoloderChloroformnichtinaktiviertwerden.

Genomkartevon PhiX174 (FamilieMicroviridae)

DieMicroviridaebesitzen alsGenomein ringförmig geschlossenes (zirkuläres), einzelsträngiges (englischsingle stranded)DNA-Molekül mitpositiver Polarität.Es umfasst bei der UnterfamilieBullavirinaezwischen 5.300 und 6.100Nukleotide,die anderen Gattungen besitzen deutlich kleinere Genome mit 4.400 bis 4.900 Nukleotiden. Die Anordnung der vier größtenoffenen Leserahmen(ORF) ist innerhalb der Familie gleichförmig; sie sind meist von kurzen, nichtcodierenden Abschnitten voneinander getrennt. Zusätzlich existieren verschiedene ORFs, die mit anderenLeserasternin die großen Leserahmen eingebettet sind. Die Replikation des Genoms verläuft bei denMicroviridaeüber eine doppelsträngige DNA-Zwischenstufe, im Detail ist die Replikation zwischen den Gattungen jedoch sehr unterschiedlich. Bei denMicroviridaeist einHorizontaler Gentransferbeschrieben, der eine größere Variabilität der Genome innerhalb der Virusfamilie hervorgebracht hat und der in wesentlich höherem Umfang als bei doppelsträngigen DNA-Bakteriophagen vorkommt.[6]Das Chromosom desEnterobakteriophagen PhiX174war das erste DNA-Molekül, das man noch vor demSimian-Virus 40(SV40 bzw. MmPV1) und dem PlasmidpBR322vollständig sequenzierte.[7]

Biologische Bedeutung

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Viren der UnterfamilieBullavirinaeinfizierenEnterobakterien,zu denen auchEscherichia coliundSalmonella entericagehören, Spezies der GattungBdellomicrovirushaben Bakterien der GattungBdellovibrioals Wirtszellen. Dieses Wirtsspektrum umfasst also bei beiden Gattungengramnegative,aerobeBakterien. Die beiden anderen Gattungen infizieren verschiedene Gruppen von intrazellulär sich vermehrende Bakterien: Vertreter der GattungClamydiamicrovirusparasitieren inChlamydien,jene der GattungSpiromicrovirusin der BakteriengattungSpiroplasmaaus derKlassederzellwandlosenMollicutes(OrdnungEntomoplasmatales), die ihrerseits in Kleinsäugern und Insekten parasitieren.

Die FamilieMicroviridaewird nachInternational Committee on Taxonomy of Viruses(ICTV)mit Stand Juni 2021 in zwei Unterfamilien unterteilt, wobei sich die UnterfamilieBullavirinae(hochgestufte frühere GattungMicrovirus) von der anderen UnterfamilieGokushovirinaein ihren Wirten und ihrer Genomorganisation deutlich unterscheidet. Viren der UnterfamilieBullavirinaeinfizierenEnterobakterien,Gokushoviren infizieren dagegen intrazelluläre Parasiten. Der NameBullavirinaekommt vom lateinischen Wortbulla(Chef, Knopf, Stift),[8]der NameGokushovirinaeleitet sich aus dem Japanischen für ‚sehr klein‘ ab (Kanji:Cực tiểuHiragana:ごくしょう のgókushō(no)mikroskopisch, winzig, minimal).

Als mögliche dritte Unterfamilie wurde „Alpavirinae“vorgeschlagen, deren Viren die Ordnung Bacteroidales infizieren.[9]Die Bezeichnung kommt vomSanskrit-Wort अल्प (álpa) für klein, mini. Dies ist eine Gruppe von Viren, die bisher nur alsProphagenbekannt sind, und weitere Untersuchungen an diesen Viren sind nötig, bevor der Status als Unterfamilie vom ICTV gewährt werden kann.

Als möglich vierte Unterfamilie wurde „Pichovirinae“vorgeschlagen.[10]Die Mitglieder dieser Gruppe haben eine Genomorganisation, die sich von den anderen in der FamilieMicroviridae.Der Name leitet sich vomokzitanischenWort ‚picho‘ für ‚klein‘ ab.

Ein weiteres Virus (Microphage ΦCA82) wurde aus dem Darm vonTruthühnernisoliert[11][12]und inzwischen in die Nähe vonSpiroplasma virus SpV4verortet.[13]

Die Systematik nach ICTV, ergänzt um die obigen Vorschläge und einige Kandidaten nach NCBI, ist damit wie folgt (Stand März 2024):[14][15]

FamilieMicroviridae

  • UnterfamilieBullavirinae(hochgestufte frühere GattungMicrovirus)
    • GattungAlphatrevirus(veraltetAlpha3microvirus)
      • SpeziesAlphatrevirus Alpha 3mit Escherichia-Phage Alpha3 alias Enterobakteriophage Alpha3 oder Coliphage Alpha3
      • SpeziesAlphatrevirus ID21mit Escherichia-Phage ID21
      • SpeziesAlphatrevirus ID32mit Escherichia-Phage ID32
      • SpeziesAlphatrevirus ID62mit Escherichia-Phage ID62
      • SpeziesAlphatrevirus NC28mit Escherichia-Phage NC28
      • SpeziesAlphatrevirus NC29mit Escherichia-Phage NC29
      • SpeziesAlphatrevirus NC35mit Escherichia-Phage NC35
      • SpeziesAlphatrevirus phiKmit Escherichia-Phage phiK alias Enterobacteria-Phage phiK oder Enterobacteria-Phage φK[16]
      • SpeziesAlphatrevirus St1mit Escherichia-Phage St-1 alias Enterobacteria-Phage St-1[16]
      • SpeziesAlphatrevirus WA45mit Escherichia-Phage WA45
      • Spezies „Enterobacteria phage NC3“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Enterobacteria phage WA13“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Escherichia phage Lilleven“(Vorschlag, NCBI)
    • GattungGequatrovirus(veraltetG4microvirus)
      • SpeziesGequatrovirus G4mit Enterobakteriophage G4 alias Enterobacteria-Phage G4 oder Escherichia-Phage G4, sowie Enterobacteria-Phage ID8, ID11, ID12, ID18, ID41, NC2, NC6, NC10, NC13, NC19, WA2, WA3, WA5, WA6, WA14
      • SpeziesGequatrovirus ID52mit Escherichia-Phage ID52
      • SpeziesGequatrovirus talmosmit Enterobacteria-Phage FL68 [Tallahassee/FL/2012], FL76 [Tallahassee/FL/2012], ID2 [Moscow/ID/2001], ID204 [Moscow/ID]
      • Spezies „Escherichia phage EMCL318“(Vorschlag, NCBI)
    • GattungSinsheimervirus(veraltetPhix174microvirus)
    • ohne Gattungszuweisung
      • Spezies „Escherichia phage Lilledu“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Escherichia phage Lilleen“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Escherichia phage lillemer“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Escherichia phage Lilleput“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Escherichia phage Lilleto“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Escherichia phage SECphi17“(Vorschlag, NCBI)
  • UnterfamilieGokushovirinae
    • Gattung
      Genomkarte von phiMH2K, Gat­tungChlamydiamicrovirus
      Bdellomicrovirus
      • SpeziesBdellovibrio virus MAC1mit Bdellovibrio-Phage MAC1 alias Bdellovibrio phage MAC 1
      • SpeziesBdellomicrovirus MH2Kmit Bdellovibrio-Phage phiMH2K
    • Genomkarte des Phagen Chp2, Gat­tungChlamydiamicrovirus
      GattungChlamydiamicrovirus
      • SpeziesChlamydiamicrovirus Chp1mit Chlamydia-Phage Chp1 alias Chlamydia phage 1
      • SpeziesChlamydiamicrovirus Chp2mit Chlamydia-Phage Chp2 alias Chlamydia phage 2
      • SpeziesChlamydiamicrovirus CPAR39mit Chlamydia-Phage phiCPAR39 alias Chlamydia pneumoniae phage CPAR39
      • SpeziesChlamydiamicrovirus CPG1mit Chlamydia-Phage CPG1 alias Guinea pig Chlamydia phage, Chlamydiaphage φCPG1[19]
      • Spezies „Chlamydia-Phage 4“(Vorschlag, NCBI)
    • GattungEnterogokushovirus
      • SpeziesEnterogokushovirus EC6098mit Escherichia-Phage EC6098
    • Genomkarte des Spiro­plasma-Phagen 4 (Spv4), Gat­tungSpiro­micro­virus
      GattungSpiromicrovirus
      • SpeziesSpiromicrovirus SpV4mit Spiroplasma-Phage SpV4 alias Spiroplasma phage 4)[20]
      • Spezies „Microphage ΦCA82“(alias „Microviridae phi-CA82“,„Microvirus CA82“,vorgeschlagen)[13][12]
    • ohne Gattungszuweisung
      • Spezies „Gokushovirinae Bog1183_53“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirinae Bog5712_52“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirinae Bog8989_22“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirinae Fen672_31“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirinae Fen7875_21“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirinae GAIR4“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirinae GNX3R“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirus MK-2017“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirus NL-1994“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirus WZ-2015a“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Human gokushovirus“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Human gut gokushovirus“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Jodiemicrovirus-1“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Kummerowia striata gokushovirus“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Marine gokushovirus“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Trichosanthes kirilowii gokushovirus“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirinae sp. SC_3_H2_2017“(Vorschlag, NCBI)
      • Spezies „Gokushovirinae sp. SC_5_H2H4_2017“(Vorschlag, NCBI)
  • Unterfamilie „Alpavirinae“(vorgeschlagen)[9][21]
    • Spezies „Prevotella bucalis prophage BMV5“(Vorschlag/Kandidat)[10]
  • Unterfamilie „Pichovirinae“(vorgeschlagen)[10][21]mit Pavin_279[10]
  • Unterfamilie „Stokavirinae“(vorgeschlagen)[21]
  • Unterfamilie „Aravirinae“(vorgeschlagen)[21]
  • ohne Zuordnung zu einer Unterfamilie[22]
    • Spezies „Alces alces faeces associated microvirus MP3 6497
    • Spezies „Alces alces faeces associated microvirus MP10 5560
    • Spezies „Alces alces faeces associated microvirus MP11 5517
    • Spezies „Alces alces faeces associated microvirus MP12 5423
    • Spezies „Alces alces faeces associated microvirus MP15 5067
    • Spezies „Alces alces faeces associated microvirus MP18 4940
    • Spezies „Alces alces faeces associated microvirus MP21 4718
    • Spezies „Apis mellifera associated microvirus 1“bis „61
    • Spezies „Arizlama microvirus
    • Spezies „Ascunsovirus oldenburgi
    • Spezies „Bacteriophage N118_L5885_C67.5
    • Spezies „Bacteriophage N127_L5035_C77.3
    • Spezies „Bacteriophage N88_L5317_C7.5
    • Spezies „Capybara microvirus 1
    • Spezies „Capybara microvirus 3
    • Spezies „Capybara microvirus Cap1_SP_22“bis „Cap1_SP_99“(nicht alle Nummern belegt)
    • Spezies „Capybara microvirus Cap3_SP_188“bis „Capybara microvirus Cap3_SP_668“(nicht alle Nummern belegt)

  1. abcdefICTV:ICTV Taxonomy history:Escherichia virus phiX174,EC 51, Berlin, Germany, July 2019; Email ratification March 2020 (MSL #35)
  2. ICTV:ICTV Master Species List 2020.v1,New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
  3. Viral Zone.ExPASy,abgerufen am 15. Dezember 2018.
  4. ICTV:Virus Taxonomy.Abgerufen am 15. Dezember 2018.
  5. T. Doklandet al.:Structure of a viral procapsid with molecular scaffolding. Nature (1997) 389(6648): S. 308–313PMID 9305849
  6. D. R. Rokyta, C. L. Burch, S. B. Caudle, H. A. Wichman:Horizontal Gene Transfer and the Evolution of Microvirid Coliphage Genomes.In:Journal of Bacteriology,Band 188, Nr. 3, 2006, S. 1134–1142;PMID 16428417,PMC 1347346(freier Volltext) (englisch).
  7. F. Sanger, G. M. Air, B. G. Barrell, N. L. Brown, A. R. Coulson, C. A. Fiddes, C. A. Hutchison, P. M. Slocombe, M. Smith:Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA.In:Nature.Band 265, Nummer 5596, Februar 1977, S. 687–695;PMID 870828(englisch).
  8. Approved Proposals > Bacterial and Archaeal Viruses: Bullavirinae,ICTVonline 2015.026a-rB.A.v3
  9. abMart Krupovic,Patrick Forterre:Microviridae goes temperate: microvirus-related proviruses reside in the genomes of Bacteroidetes.In:PLoS ONE.6. Jahrgang,Nr.5,2011,S.e19893,doi:10.1371/journal.pone.0019893,PMID 21572966,PMC 3091885(freier Volltext) – (englisch).
  10. abcd Simon Roux, Mart Krupovic, A. Poulet, D. Debroas, F. Enault:Evolution and diversity of the Microviridae viral family through a collection of 81 new complete genomes assembled from virome reads.In:PLoS ONE.7. Jahrgang,Nr.7,2012,S.e40418,doi:10.1371/journal.pone.0040418,PMID 22808158,PMC 3394797(freier Volltext) – (englisch).Siehe insbes.Fig. 1undFig. 3.
  11. NCBITaxonomy Browser:Microviridae phi-CA82, alias Microvirus CA82(species)
  12. abL. Zsak, J. M. Day, B. B. Oakley, B. S. Seal:The complete genome sequence and genetic analysis of ΦCA82 a novel uncultured microphage from the turkey gastrointestinal system.In:Virol J,Band 8, 2011, S. 331;doi:10.1186/1743-422X-8-331,PMID 21714899(englisch).
  13. abLianghua Guo, Xiuguo Hua, Wen Zhang, Shi xing Yang, Quan Shen, Haibing Hu, Jingjiao Li, Zhi gian Liu, Xiaochun Wang, Hua Wang, Chenglin Zhou, Li Cui:Viral metagenomics analysis of feces from coronary heart disease patients reveals the genetic diversity of the “Microviridae”.In:Virologica Sinica,17. April 2017;doi:10.1007/s12250-016-3896-0(englisch).
  14. ICTV:Taxonomy Browser.
  15. ICTV:Virus Metadata Resource (VMR).
  16. abcSimon J. Labrie, Marie-Ève Dupuis, Denise M. Tremblay, Pier-Luc Plante, Jacques Corbeil, Sylvain Moineau:A New Microviridae Phage Isolated from a Failed Biotechnological Process Driven by Escherichia coli(PDF) in: Journals ASM: Applied and Environmental Microbiology (AEM) Band 80, Nr. 22, November 2014, S. 6992–7000
  17. NCBINucleotide:Coliphage phi-X174, complete genome,Accession: NC_001422.1.
  18. NCBITaxonomy Browser:Enterobacteria phage MED1(no rank)
  19. Roger G. Rank, Anne K. Bowlin, Stefania Cané, Huizhong Shou, Zhi Liu, Uma M. Nagarajan, Patrik M. Bavoil:Effect of Chlamydiaphage φCPG1 on the Course of Conjunctival Infection withChlamydia caviaein Guinea Pigs.(PDF) In:Infection And Immunity,März 2009, S. 1216–1221
  20. Karyna Rosario, Anisha Dayaram, Milen Marinov, Jessica Ware, Simona Kraberger, Daisy Stainton, Mya Breitbart, Arvind Varsani:Diverse circular ssDNA viruses discovered in dragonflies (Odonata: Epiprocta),in: Journal of General Virology Band 93, Nr. 12, 1. Dezember 2012,doi:10.1099/vir.0.045948-0
  21. abcd Dann Turner, Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens:A Roadmap for Genome-Based Phage Taxonomy.In:MDPI Viruses,Band 13, Nr. 3, Section Bacterial Viruses, 18. März 2021, S. 506;doi:10.3390/v13030506(englisch).
  22. NCBITaxonomy Browser:unclassified Microviridae.