1911an sortu zenPragakoU Flekůizeneko pubean. Bertan ikasten ari ziren splitar gazte batzuek PragakoSlaviaetaSpartarenarteko partidua ikusi ondoren kirol berri honetaz hain harrituta gelditu ziren beraien herriko futbol taldea sortzea erabaki zutela.
Hajdukzirenotomandarrenaurka borrokatu izan zuten bandidoak ziren eta haien ohorez hartu zuten izen bitxi hori. berehala bihurtu zen kroaziar abertzaleen kluba eta horregatik gehitu zioten izenarihrvatski nogometni klub(Kroaziako futbol kluba) horrela gelditu zelarik HNK Hajduk Split. Armarriaren barruan Kroaziako bandera darama, baina 1960 eta 1990 artean izar gorri komunista eraman zuen.
Jugoslaviako lehenengo ligak 20. hamarkadan lortu zituen.Bigarren Mundu Gerrarenondoren talde indartsua osatu zuen eta 1950, 1952 eta 1955eko ligak irabazi zituen. Dena dela bere "urrezko aroa" 70. hamarkadan ezagutu zuen, Jugoslaviako 4 liga eta 5 Kopa irabazteaz gainEuropako Errekopakofinal erdietara ere iritsi baitzen.Leeds Unitedtalde ingelesak utzi zuen finaletik kanpo. Ez zuen Jugoslaviako liga gehiagorik irabazi, baina bai beste hiru kopa. 1984eanUEFA Kopaniritsi zen final erdietara baina oraingoan gerora garaile izango zenTottenham Hotspurrekirabazi zion.
1992anKroaziako Ligasortu zen. Lehenengo urteetan bera izan zen talderik indartsuena baina ondorenDinamo Zagrebenitzalean egon da. Hala ere 2013 artean lortu zituen Kroaziako 6 liga, 5 kopa eta 5 Superkopa. Urte batzutan titulorik eskuratu gabea izan ondoren, 2022an denboraldi bikaina egin du, Kopa berri bat irabaziz eta ligan bigarren eginez.