قالب فستا

دربیوانفورماتیک، قالب فست ا(FASTA) فرمت مبتنی بر متن برای نمایش دو توالی نوکلئوتیدی یا توالی پپتیدی است که در آن نوکلئوتید یااسید آمینهبا استفاده از کدهای تک حرفی نمایش داده میشوند. مبدا این قالببستهٔ نرمافزاریفستا است، اما هماینک تبدیل به یک استاندارد در زمینه بیو انفورماتیک شدهاست. سادگی این قالب استفاده، دستکاری و تجزیه آن را به وسیله نرمافزارهای پردازش متن و زبانهای اسکریپتی مانندپایتون،روبیوپرلآسان نمودهاست.

قالب

یک رشته در قالب فستا با یک توضیح یک خطی که به وسیله خطهایی از رشتهٔ داده دنبال میشود، آغاز میشود. خط توضیحات به وسیله نویسهٔ علامت بزرگتر('<') در اول آن مشخص میشود. اولین کلمهای که در ادامهٔ آن میآید شناسهٔ رشته و بقیه کلمات توضیحات مربوط به آن میباشند. توصیه شدهاست که طول این قسمت بیش از 80 حرف نباشد. رشته زمانی تمام میشود که خطی با علامت بزرگتر شروع شود یا به انتهای فایل برسیم. در زیر نمونهای از استفاده از این قالب برای نمایش یک رشته آورده شدهاست.

>gi|5524211|gb|AAD44166.1| cytochrome b [[[Asian Elephant|Elephas maximus maximus]]]
LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV
EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG
LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL
GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX
IENY

پیوست

• قالب فستا چیست؟توضیح قالب فستا.