Entrez
Le système global de recherches inter-bases de donnéesEntrez(enanglaisEntrezGlobal Query Cross-Database Search System) permet d'accéder à des bases de données du site internet duNational Center for Biotechnology Information(NCBI). Le NCBI fait partie de laNational Library of Medicine(NLM), qui est elle-même un département desNational Institutes of Health(NIH) du gouvernement desÉtats-Unis.
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Recherches
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Texte anglais à traduire:
Entrez is a powerfulsearch enginethat can be applied to any of the large databases maintained by the NCBI. These include:
- Medline- articles from (mainlymedical)journals,often including abstracts. Links toPubMed Centraland other full-text resources are provided to articles from the1990s.
- PubChem,a database of chemical structures, properties, and bioactivities of chemical compounds and substances
- Sequence
- Mapping
- Taxonomy
- Structural data.
The Entrez system can provide views ofgeneandproteinsequences andchromosomemaps. Entrez can efficiently retrieve related sequences, structures, and references. Some textbooks are also available online through the Entrez system. Entrez Global Query is an integrated search and retrieval system that provides access to all databases simultaneously.
Bases de données
modifierEntrez permet de faire une recherche globale ou filtrée dans les bases de données suivantes:
- All Databases:recherche dans toutes les bases de données ci-dessous
- NCBIweb site:NCBIweb andFTPweb sites
- PubMed:littérature scientifique et biomédicale avec le plus souvent accès aux résumés (enanglais:abstracts). La consultation de l'article intégral est également possible pour certains journaux lorsqu'un lien a été établi avec l'éditeur.
- Protein:recherche de séquences de protéines
- Nucleotide:recherche de séquences de nucléotides (GenBank)
- EST:Expressed Sequence Tags Database
- GSS:Genome Survey Sequences Database
- Structure:structures macromoléculaires en 3D
- Genome:séquences complètes de génomesMapping
- BioSystems:voies métaboliques et systèmes biologiques
- Books:livres en ligne
- CancerChromosomes:aberrations cytogénétiques des cancers
- Conserved domains:domaines conservés des protéines
- 3DDomains:domaines de protéines en 3D
- Epigenomics:modifications qui contrôlent l'expression des gènes
- Gene:information complète sur les gènes
- Genome Project:informations issues duHuman Genome Project
- dbGAP:génotypes et phénotypes (database of Genotypes and Phenotypes)
- dbVar:variations structurelles de l'ADN (inversions, translocations, insertions et délétions)
- GENSAT:atlas d'expression de gènes du système nerveux central de la souris
- GEOProfiles:profils d'expression de gènes
- HomoloGene:séquences homologues chez des groupes eucaryotes
- Images:images, figures et tableaux provenant des articles déposés dans PubMed Central
- MeSH:Catalogue des descripteurs (Medical Subject Headings)
- NLM Catalog:données bibliographiques de la bibliothèque Nationale de Médecine américaine (NLM)
- OMIM:transmissionmendeliennechez l'homme
- OMIA:transmissionmendeliennechez l'animal
- Peptidome:données d'identification de peptides et de protéines par spectrographie de masse en tandem
- PMC:Pubmed Central, sous-ensemble de PubMed comportant l'intégralité des articles accessibles librement
- PopSet:données sur l'étude des populations (épidémiologie)
- Probe:séquences spécifiques pour sondes moléculaires
- Protein cluster:
- PubChemBioAssay:bio-activité des substances chimiques
- PubChemCompound:activité biologique et structure chimique de composés uniques
- PubChemSubstance:activité biologique et structure chimique de composés complexes
- SNP:polymorphismes nucléotidiques simples
- SRA:données issues du séquençage de dernière génération [Short Read Archive(SRA)]
- Taxonomy:organismes dans GenBankTaxonomie
- UniGene:groupe de séquences transcrites issues d'un même gène
- UniSTS:séquences uniques de l'ADN dont la localisation est la position sont connues
Genbank
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The NCBI has had responsibility for making available the GenBankDNAsequence databasesince 1992. GenBank coordinates with individual laboratories and other sequence databases such as those of the European Molecular Biology Laboratory and the DNA Database of Japan.
Since1992,NCBI has grown to provide other databases in addition to GenBank. NCBI providesOnline Mendelian Inheritance in Man,the Molecular Modeling Database (3D protein structures), the Unique Human Gene Sequence Collection, a Gene Map of theHuman genome,a Taxonomy Browser, and coordinates with the National Cancer Institute to provide the Cancer Genome Anatomy Project.
The NCBI has software tools that are available byWWWbrowsing or by FTP. For example,BLASTis a sequence similarity searching program. BLAST can do sequence comparisons against the GenBank DNA database in less than 15 seconds.
Catalogue NLM
modifierTexte anglais à traduire:
The NLM Catalog provides access to NLM bibliographic data for over 1.2 million journals, books, audiovisuals, computer software, electronic resources, and other materials via the NCBI Entrez retrieval system. Updated every weekday, the NLM Catalog is an alternative search interface to the bibliographic records resident in LocatorPlus.
