Consed
Consedest un programme consacré à la visualisation, l'édition et de finition d'assemblagesde séquences d'ADN[1].Conçu à l'origine pour les assemblages de séquences produits parPhrap,les versions les plus récentes peuvent aussi prendre en charge d'autres programmes d'assemblage tel queNewbler.
Historique
[modifier|modifier le code]Consed fut à l'origine développé comme outil d'édition decontigset de finition dans le cadre duséquençagedecosmidesà grande échelle par la méthode deshotgundans leProjet Génome Humain.Au sein descentres de séquençage,Consed fut utilisé pour la vérification des assemblages générés parPhrap,pour la résolution les problèmes d'assemblage tels que ceux causés par les répétitions ayant un fort pourcentage d'identité ainsi que pour les tâches de finition tels que le dessin d'amorces et la fermeture degaps.
Le développement de Consed a continué après l'achèvement du Projet Génome Humain. Les versions actuelles de Consed peuvent gérer des projets de grande envergure ayant des millions de séquences, permettant le traitement de données issus des nouvelles techniques de séquençage tels que leséquençage 454ouSolexa.Consed possède également des outils avancés pour des tâches de finition comme le dessin d'amorces automatiques[2].
Références
[modifier|modifier le code]- (en)Gordon D., Abajian C. & Green P., «Consed: a graphical tool for sequence finishing.»,Genome Research,vol.8,no3,,p.195-202(ISSN1088-9051,PMID9521923)
- (en)Gordon D., Desmarais C. & Green P., «Automated finishing with autofinish.»,Genome Research,vol.11,no4,,p.614-25(ISSN1088-9051,PMID11282977,DOI10.1101/gr.171401)
- (en)Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en anglais intitulé«Consed»(voir la liste des auteurs).
