Saltar ao contido

ChEMBL

Na Galipedia, a Wikipedia en galego.
Logo de ChEMBL.

ChEMBLouChEMBLdbé unhabase de datosquímica revisada manualmente de moléculas bioactivas con propiedades defármaco.[1] É mantida poloInstituto Europeo de Bioinformática(EBI,European Bioinformatics Institute), do Laboratorio de Bioloxía Molecular Europeo (EMBL,European Molecular Biology Laboratory), con sede noWellcome Trust Genome Campus,en Hinxton,Reino Unido.

A base de datos coñecida orixinalmente como StARlite, foi desenvolvida por unha compañía de biotecnoloxía chamada Inpharmatica Ltd. máis tarde adquirida porGalapagos NV.Os datos foron comprados por EMBL en 2008 cun bono de TheWellcome Trust,o que tivo como resultado a creación do grupo de quimioxenómica ChEMBL no EMBL-EBI, encabezado por John Overington.[2][3]

Alcance e acceso

[editar|editar a fonte]

A base de datos ChEMBL contén datos de bioactividade de compostos contra dianas de drogas. A bioactividade infórmase en Ki, Kd, IC50, e EC50.[4]Os datos poden ser filtrados e analizados para desenvolver libarías de cribado (screening) de compostros para a identificación durante o descubrimento de fármacos.[5]

ChEMBL versión 2 (ChEMBL_02) lanzouse en xaneiro de 2010, e incluía 2,4 millóns de medidas debioensaiosque abranguían 622.824 compostos, incluíndo 24.000 de produtos naturais. Isto obtívose da revisión de 34.000 publicacións de doce revistas dequímica medicinal.A cobertura de ChEMBL dos datos de bioactividade dispoñible foi medrando ata converterse na "máis completa vista nunha base de datos pública.".[2]En outubro de 2010 saíu ChEMBL versión 8 (ChEMBL_08), cunhas 2,97 millóns de medidas de bioensaios que abranguen 636.269 compostos.[6]

O ChEMBL_10 engadiu os ensaios confirmatorios dePubChem,para integrar datos que son comparables co tipo e clase de datos contidos en ChEMBL.[7]

Pode accederse a ChEMBLdb por medio dunha interface web ou pode ser descargado porFTP.Está formateado dunha maneira que facilita ominado de datoscomputarizado, e trata de estandarizar actividades entre diferentes publicacións, para permitir análises comparativas.[1]ChEMBL está tamén integrado noutros recursos de química de grande escala, comoPubCheme o sistemaChemSpiderdaReal Sociedade de Químicabritánica.

Recursos asociados

[editar|editar a fonte]

Ademais das bases de datos, o grupo ChEMBL desenvolveu ferramentas e recursos para o minado de datos.[8]Estes inclúen Kinase SARfari, un banco de traballo (workbench) de quimioxenómica integrado enfocado ásquinases.O sistema incorpora unha secuencia de ligazóns, estrutura, compostos edatos de cribado(screening).

GPCR SARfari é unworkbenchsimilar centrado nosGPCRs,e ChEMBL-NTD (ChEMBL-Neglected Tropical Diseases) é un depósito dedatos de cribado primario e química medicinal deacceso abertodirixido aenfermidades tropicaisendémicasde rexións subdesenvolvidas de África, Asia, e as Américas. O propósito principal de ChEMBL-NTD é proporcionar ficheiros permanentes e libremente accesibles e un centro de distribución para os datos depositados.[2]

En xullo de 2012 saíu un novoservizo de datos da malariaArquivado30 de xullo de 2016 enWayback Machine., patrocinado por Medicines for Malaria Venture (MMV), dirixido a investigadores de todo o mundo. Os datos deste servizo inclúen compostos do conxunto de cribado Malaria Box, e tamén os outros datos sobre a malaria doados que se encontran en ChEMBL-NTD.

myChEMBLé a máquina virtual ChEMBL, que saíu en outubro de 2013, e permite aos usuarios acceder a unha infraestrutura quimioinformática doada de instalar, gratuíta e completa.

En decembro de 2013, as operacións da base de datos de informática de patentes SureChem foron transferidos a EMBL-EBI. SureChem foi rebautizado como SureChEMBL.

En 2014 produciuse a introdución do novo recursoADME SARfari,unha ferramenta para a predición e comparación de dianas ADME a través de especies.[9]

Notas

[editar|editar a fonte]
  1. ↑1,01,1Gaulton, A; et al. (2011)."ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery".Nucleic Acids Research40:D1100–7.PMC3245175.PMID21948594.doi:10.1093/nar/gkr777.Consultado o2010-11-15.
  2. ↑2,02,12,2Bender, A (2010)."Databases: Compound bioactivities go public".Nature Chemical Biology309(6): 309.doi:10.1038/nchembio.354.Consultado o2010-11-15.
  3. ↑Overington J (April 2009). "ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr".J. Comput. Aided Mol. Des.23(4): 195–8.Bibcode:2009JCAMD..23..195W.PMID19194660.doi:10.1007/s10822-009-9260-9.
  4. ↑Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (Oct 24, 2011). "Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library".J Chem Inf Model51(10): 2449–2454.doi:10.1021/ci200260t.
  5. ↑Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). "Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases".ChemMedChem3(3): 435–44.doi:10.1002/cmdc.200700139.
  6. ↑ChEMBL-og (15 de novembro de 2010)."ChEMBL_08 Released".Consultado o2010-11-15.
  7. ↑ChEMBL-og (6 de xuño de 2011)."ChEMBL_10 Released".Consultado o2011-06-09.
  8. ↑Bellis, L J; et al. (2011)."Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.".Biochemical Society Transactions39:1365–1370.doi:10.1042/BST0391365.Consultado o2011-09-24.
  9. ↑Davies, M; et al."ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems."(PDF).Bioinformatics.doi:10.1093/bioinformatics/btv010.Consultado o2015-01-08.

Véxase tamén

[editar|editar a fonte]

Outros artigos

[editar|editar a fonte]

Ligazóns externas

[editar|editar a fonte]
Traído desde «https://gl.wikipedia.org/w/index.php?title=ChEMBL&oldid=5678056»