Lipoxixenase
| Lipoxixenase | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||
| Identificadores | |||||||||
| Símbolo | Lipoxygenase | ||||||||
| Pfam | PF00305 | ||||||||
| InterPro | IPR013819 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00077 | ||||||||
| SCOPe | 2sbl/SUPFAM | ||||||||
| OPM superfamily | 87 | ||||||||
| OPM protein | 2p0m | ||||||||
| |||||||||
Aslipoxixenases(EC1.13.11.-) son unha familia deencimasque conteñenferroque catalizan a dioxixenación deácidos graxospoliinsaturadosenlípidosque conteñen unha estrutura de cis,cis-1,4-pentadieno.Cataliza a seguinte reacción:
- Ácido graxo + O2→ácido graxohidroperóxido
As lipoxixenases encóntranse en plantas, animais e fungos. Produtos orixinados polas lipoxixenases están implicados en diversas funcións celulares.
Función biolóxica e clasificación
[editar|editar a fonte]Estes encimas son máis comúns en plantas, nas que poden intervir en diversos aspectos da fisioloxía da planta, como o crecemento, desenvolvemento, resistencia a pragas,senescenciae respostas a lesións.[2]En mamíferos existen variosisocimaslipoxixenases, que están implicados nometabolismodoseicosanoides(como asprostaglandinas,leucotrienoseeicosanoides non clásicos).[3]Disponse de datos das secuencias das seguintes lipoxixenases:
- Lipoxixenases de plantas (EC1.13.11.12InterPro:IPR001246). As plantas expresan varios isocimas lipoxixenasescitosólicose tamén o que parece ser unha lipoxixenasecloroplástica.[4]
- Araquidonato 5-lipoxixenase de mamífero (EC1.13.11.34InterPro:IPR001885).
- Araquidonato 12-lipoxixenase de mamífero (EC1.13.11.31InterPro:IPR001885).
- 15-lipoxixenase específica de célula eritroide de mamífero (EC1.13.11.33InterPro:IPR001885).
Estrutura 3D
[editar|editar a fonte]Coñécense as estruturas de varias lipoxixenases, entre elas as seguintes: lipooxixenases dasoiaL1 e L3, 8-lipoxixenase do coral, 5-lipoxixenase humana, 15-lipoxixenase de coello, e dominio catalítico da 12-lipoxixenase de leucocito prcino. A proteína consta dun pequenodominio PLATN-terminal e un dominio maior catalítico C-terminal (ver a ligazón dePfamneste artigo), que contén ositio activo.Tanto nos encimas de plantas coma nos de animais, o dominio N-terminal contén unbarril βantiparalelode oito febras, pero nas lipoxixenases de soia este dominio é significativamente máis grande que no encima de coello. As lipooxixenases de plantas poden ser clivadas encimaticamente en dous fragmentos que permanecen estreitamente asociasdos mentres que o encima permanece activo; a separación dos dous dominios orixina a perda da actividade catalítica. O dominio C-terminal (catalítico) consta de 18-22 hélices e unha (no encima de coello) ou dúas (no encima de soia) follas β antiparalelas no extremo oposto ao bariil β N-terminal.
Sitio activo
[editar|editar a fonte]O átomo de ferro que teñen as lipoxixenases está enlazado a catroligandos,tres dos cales son residuos dehistidina.[5]Seis histidinas están conservadas en todas as secuencias de lipoxixenases, cinco das cales están agrupadas nun tramo de 40aminoácidos.Esta rexión contén dous dos tres ligandos de zinc; as outras histidinas[6]son importantes para a actividade das lipoxixenases.
As dúas longas hélices centrais cruzan no sitio activo; ambas as hélices inclúen tramos internos de hélice π que proporcionan tres ligandos histidina (His) ao ferro do sitio activo. Dúas cavidades no dominio maior da lipoxixenase 1 de soia (cavidades I e II) esténdense desde a superficie ao sitio activo. A cavidade I con forma de funil pode funcionar como un canal dioxíxeno; a longa e estreita cavidade II é presumiblemente un peto para o substrato. O encima de mamífero é máis compacto e contén só unha cavidade con forma de bota (cavidade II). Na lipoxixenase-3 de soia hai unha terceira cavidade que vai desde o sitio do ferro á interface dobarril βe os dominios catlíticos. A cavidade III, o sitio do ferro e a cavidade II forman un corredor continuo a través da proteína.
O ferro do sitio activo está coordinado polo Nεde tres residuos de histidina conservados e unoxíxenodo gropocarboxiloC-terminal. Ademais, nos encimas da soia o oxíxeno dacadea lateraldaasparaxina(Asn) está feblemente asociado co ferro. Na lipoxixenase de coello, este residuo de Asn é substituído por His, que coordina o ferro por medio do átomo de Nδ.Deste xeito, onúmero de coordinacióndo ferro pode ser cinco ou seis, cun ligando de hidroxilo ou auga ligados a un ferro hexacoordinado.
A estrutura do complexo do dominio catalítico da 12-lipooxixenase de leucocito porcina revelou detalles das características do sitio activo.[5]Nas estruturas 3D obtidas, un inhibidor análogo do substrato ocupa un canal aberto con forma de U adxacente ao sitio do ferro. Este canal pode acomodar oácido araquidónicosen moita computación, definindo os detalles da unión do substrato na reacción da lipoxixenase. Ademais, un posible canal de acceso, que intercepta o canal de unión ao substrato e se estende á superficie da proteína podería servir como vía para o oxíxeno.
Clasificación bioquímica
[editar|editar a fonte]| EC1.13.11.12 | lipoxixenase | (linoleato:oxíxeno 13-oxidorredutase) | linoleato + O2→(9Z,11E,13S)-13-hidroperoxioctadeca-9,11-dienoato |
| EC1.13.11.31 | araquidonato 12-lipoxixenase | (araquidonato:oxixeno 12-oxidorredutase) | araquidonato + O2→(5Z,8Z,10E,12S,14Z)-12-hidroperoxiicosa-5,8,10,14-tetraenoato |
| EC1.13.11.33 | araquidonato 15-lipoxixenase | (araquidonato:oxíxeno 15-oxidorredutase) | araquidonato + O2→(5Z,8Z,11Z,13E,15S)-15-hidroperoxiicosa-5,8,11,13-tetraenoato |
| EC1.13.11.34 | araquidonato 5-lipoxixenase | (araquidonato:oxixeno 5-oxidorredutase) | araquidonato + O2→leucotrieno A4+ H2 |
| EC1.13.11.40 | araquidonato 8-lipoxixenase | (araquidonato:oxíxeno 8-oxidorredutase) | araquidonato + O2→(5Z,8R,9E,11Z,14Z)-8-hidroperoxiicosa-5,9,11,14-tetraenoato |
A lipoxixenase 1 desoiaexhibe o maiorefecto isotópico cinéticoH/D sobre kcat (kH/kD) (81 a temperatura dunha habitación) que fora atopado ata agora para un sistema biolóxico. Recentemente, atopouse un efecto isotópico cinético (KIE) extremadamente elevado de 540 a 730 nun dobre mutante da lipooxixenase 1 da soia.[7]Debido á gran magnitude do efecto isotópico cinético, a lipooxixenase 1 de soia serviu como prototipo para reaccións de efecto túnel de hidróxeno catalizadas por encima.
Entre asproteínashumanas dafamiliada lipoxoixenase están:ALOX12,ALOX12B,ALOX12P2,ALOX15,ALOX15B,ALOX5eALOXE3.
Notas
[editar|editar a fonte]- ↑Choi J, Chon JK, Kim S, Shin W (February 2008). "Conformational flexibility in mammalian 15S-lipoxygenase: Reinterpretation of the crystallographic data".Proteins70(3): 1023–32.PMID17847087.doi:10.1002/prot.21590.
- ↑Vick BA, Zimmerman DC (1987). "Oxidative systems for the modification of fatty acids"9:53–90.doi:10.1016/b978-0-12-675409-4.50009-5.
- ↑Needleman P, Turk J, Jakschik BA, Morrison AR, Lefkowith JB (1986)."Arachidonic acid metabolism".Annu. Rev. Biochem.55:69–102.PMID3017195.doi:10.1146/annurev.bi.55.070186.000441.
- ↑Tanaka K, Ohta H, Peng YL, Shirano Y, Hibino T, Shibata D (1994). "A novel lipoxygenase from rice. Primary structure and specific expression upon incompatible infection with rice blast fungus".J. Biol. Chem.269(5): 3755–3761.PMID7508918.
- ↑5,05,1Boyington, J.; Gaffney, B.; Amzel, L. (1993-06-04)."The three-dimensional structure of an arachidonic acid 15-lipoxygenase".Science(eninglés)260(5113): 1482–1486.ISSN0036-8075.PMID8502991.doi:10.1126/science.8502991.
- ↑Steczko J, Donoho GP, Clemens JC, Dixon JE, Axelrod B (1992). "Conserved histidine residues in soybean lipoxygenase: functional consequences of their replacement".Biochemistry31(16): 4053–4057.PMID1567851.doi:10.1021/bi00131a022.
- ↑Hu, Shenshen; Sharma, Sudhir C.; Scouras, Alexander D.; Soudackov, Alexander V.; Carr, Cody A. Marcus; Hammes-Schiffer, Sharon; Alber, Tom; Klinman, Judith P. (2014-06-11)."Extremely Elevated Room-Temperature Kinetic Isotope Effects Quantify the Critical Role of Barrier Width in Enzymatic C–H Activation".Journal of the American Chemical Society(eninglés)136(23): 8157–8160.ISSN0002-7863.doi:10.1021/ja502726s.
Véxase tamén
[editar|editar a fonte]Ligazóns externas
[editar|editar a fonte]- LOX-DB- LipOXygenases DataBase.
- Rexión de unión do ferro das lipoxixenasesArquivado12 de setembro de 2019 enWayback Machine.enPROSITE.
- PDB1YGE- estrutura da lipoxixenase 1 de soia (Glycine max).
- PDB1IK3- estrutura da lipoxixenase 3 de soia en complexo co ácido (9Z,11E,13S)-13-hidroperoxioctadeca-9,11-dienoico.
- PDB1LOX- estrutura da 15-lipoxixenase de coello en complexo cun inhibidor.
- PDB3RDE- estrutura do dominio catalítico da 12-lipooxixenase de leucocito porcina cun inhibidor.
- UMich Orientation of Proteins in Membranesfamilies/superfamily-87- lipoxixenases animais.
- LipoxygenaseMedical Subject Headings(MeSH) na Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA.
