Izabran je kao osmi izbor NBA drafta2005. od strane New York Knicksa. U svom prvom dvoboju s prvim izborom drafta Andrewom Bogutom, u utakmici s Milwaukee Bucksima, Frye je postigao učinak karijere od 30 poena i tome još dodao 7 skokova, 2 blokade i 1 asistenciju. Na kraju sezone izabran je u All-Rookie prvu petorku.[1]21. ožujka2006. tijekom utakmice s Toronto Raptorsima Frye je ozlijedio koljeno te je bio prisiljen propustiti ostatak sezone. Na početku iduće sezone mediji su podigli prašinu oko toga zašto David Lee nije starter u momčadi ispred Fryea koji je bio statistički slabiji od Leea. Međutim trener Knicksa Isiah Thomas polagao je povjerenje Fryeu sve 3. veljače2007. kada je Lee postao startni krilni centar momčadi. Nakon dvije sezone u Knicksima Frye je zamijenjen.