股权变更，税务查的是登记变更的内容是否真实；是否及时申报变更；会计帐簿、记帐凭证、完税凭证及其他有关资料是否完备、合法；以及纳税申报表等纳税资料是否齐全、合法。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第十六条从事生产、经营的纳税人，税务登记内容发生变化的，自工商行政管理机关办理变更登记之日起三十日内或者在向工商行政管理机关申请办理注销登记之前，持有关证件向税务机关申报办理变更或者注销税务登记。第二十四条从事生产、经营的纳税人、扣缴义务人必须按照国务院财政、税务主管部门规定的保管期限保管帐簿、记帐凭证、完税凭证及其他有关资料。帐簿、记帐凭证、完税凭证及其他有关资料不得伪造、变造或者擅自损毁。第二十五条纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。