1、借款合同同借据既有相同点，又有区别，二者都是建立债权债务关系的依据，借款合同、借据成立（存在），说明双方当事人的债权债务关系的约定成立；并且，一般来说，在诚信原则指导下，债权债务关系也将实际成立和存在。
2、二者也存在着明显的区别：
（1）成立的方式不同：根据《民法典》，“合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议”。“借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同”。
（2）“持有”文书的法律意义不同借款合同一般一式两份，双方当事人各持一份，从前述分析可知，持有借款合同，不当然具有证明约定义务是否履行（发生）的法律意义，只能证明合同成立（或生效），证明双方达成一致意见的具体内容。借据，一般只由借款人写就一份，并在支付贷款时向贷款人交付，所以，贷款人（债权人）“持有”借据，可以证明贷款人向借款人支付了贷款，证明借款人收到了该借款。
（3）对是否已经还款的证明作用不同借款是要偿还的，从理论上讲，任何借款文书都应有偿还时间（虽然实践中有未明确的，但不等于不需要偿还）。持有借款合同或借据对于证明是否还款有不同的作用。按照民间使用借据的一般操作程序，是在借款发生（交付）时，由债务人写就、出具借据，并将借据交付给债权人持有。在债务人偿还借款时，债权人将借据退还给债务人。因此，债权人持有借据，还可证明：债务人尚没有偿还该借款。
（4）结论借款合同同借据存在着上述明显的区别，其“持有”所代表的法律意义不尽相同，二者不应等同。