依据我国相关法律的规定，建筑工程的建设单位与施工单位，可以在建筑合同是约定通过仲裁的方式解决工程纠纷的。
《中华人民共和国仲裁法》
第二条？平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
第十六条？仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和以其他书面方式在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。
仲裁协议应当具有下列内容:
(一)请求仲裁的意思表示;
(二)仲裁事项;
(三)选定的仲裁委员会。
第十九条？仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。
仲裁庭有权确认合同的效力。