超员100%以上应当一次扣12分，处五百元以上二千元以下罚款并由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。
根据法律规定，驾驶营运客车、校车载人超过核定人数20％以上的，一次记12分。
1.公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；
2.超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。
3.货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款；
4.超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款。
【法律依据】
《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。货运机动车超过核定载质量的，处二百元以上五百元以下罚款；超过核定载质量百分之三十或者违反规定载客的，处五百元以上二千元以下罚款。
有前两款行为的，由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。运输单位的车辆有本条第一款、第二款规定的情形，经处罚不改的，对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。