离婚后农村房屋办理变更登记流程为：双方当事人持各自身份证，户口本，离婚证，离婚协议，住房房产证，宅基地使用权证，到住房所属村委会申请办理过户更名手续。申请村民住房所有权转移登记的，还应当提交农村集体经济组织同意转移的证明材料。农村集体经济组织申请房屋所有权转移登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
法律依据：《房屋登记办法》 第八十六条
房屋所有权依法发生转移，申请房屋所有权转移登记的，应当提交下列材料：
（一）登记申请书；
（二）申请人的身份证明；
（三）房屋所有权证书；
（四）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；
（五）证明房屋所有权发生转移的材料；
（六）其他必要材料。