如果约定管辖法院存在冲突的。如果主合同与从合同选择管辖的法院不一致的，应当根据主合同的约定确定案件管辖法院。
如果是主合同与从合同中，部分合同办理了具有强制执行效力的债权文书公证，而其余合同却约定由法院进行诉讼。
若对于经公证的合同内容有争议直接向人民法院提起民事诉讼的，人民法院不予受理，只能先向公证处申请执行证书，然后依据执行证书向有管辖权的法院申请强制执行。
对于未经公证的合同，则需要另行向法院提起诉讼。
如果是主合同与从合同中，部分合同约定通过仲裁方式解决争议，其余合同则约定通过诉讼方式解决争议。
此种情况应分别按照主合同与从合同约定的争议解决办法进行诉讼或仲裁。
【法律依据】
《民事诉讼法》第三十四条，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地；
原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。