商标侵权主要处理方式有：
1、双方协商；协商其优点在于避免诉累、不伤和气、可由竞争对手变为合作伙伴。商标注册人或者利害关系人向法院提起诉讼，或请求相关行政主管部门处理。在我国，工商行政管理部门有权认定侵权行为，并采取执法措施责令停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，并可处以罚款。
2、请求行政机关处理，其优点在于程序简便快捷、可以及时制止侵权。可依法提起诉讼;侵权人期满不起诉又不履行的，工商行政管理部门可以申请人民法院强制执行。
3、向人民法院起诉，其优点在于手段多、效力强，但程序复杂。诉讼是最终的解决途径。即使经过工商行政管理机关处理的案件，当事人不服的仍可向人民法院起诉，通过司法途径提出各种民事救济请求。
【法律依据】《民法典》第一百一十八条规定，商标权遭受侵害的，有权要求停止侵害、消除影响、赔偿损失。
《商标法》第五十三条规定，被侵权人可以要求侵权人立即停止侵权行为，赔偿损失。其中，侵权赔偿额为侵权人在侵权期间所获得的利益，或者被侵权人在被侵权期间因被侵权所受到的损失，包括被侵权人为制止侵权行为所支付的合理开支。如果前二者都难以确定，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予50万元以下的赔偿。