旷工扣工资的计算方式，是扣除当天没有来上班的那天的基本工资。但是因劳动者无故旷工，造成用人单位损失的，用人单位可以请求给予赔偿。
1.旷工不得克扣员工工资，旷工只能按事假扣工资，也就是说旷工当天没有工资，不能旷一天罚三天等等，类似做法属于违法行为。
2.旷工行为在很多单位属于严重的违规违反纪律行为，可能会被开除，但单位不能扣押员工已上过班的工资。
3.有的单位会用其他方式，如按规章制度规定进行行政处罚，而不是直接克扣工资。
4.对于旷工扣工资的行为，可以先与单位协商解决，协商不成的，可以到单位所在地劳动监察大队去投诉立案处理。
法律依据
《中华人民共和国劳动法》第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(四)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。