根据现行法律规定，医疗事故引起的医疗赔偿纠纷案件必须具备一个前置条件，即已构成医疗事故。而医疗事故的确认权限专属于设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会及其以上各级医学会。在未经上述医学会的医疗事故鉴定和认定之前，医患双方均不可能“知道或者应当知道”。
因此，对医疗事故赔偿纠纷而言，民法通则之“从知道或者应当知道权利被侵害时起计算”应理解为“从知道或者应当知道被确认为医疗事故时起计算”。同时，医疗事故认定是一个需经特定程序的鉴定过程，故知道或者应当知道被确认为医疗事故的时间通常滞后于人身损害的实际发生时间，短则数月、长则数年或更长时间。不能以人身损害的实际发生时间已超过一年作为案件超过诉讼时效的抗辩理由。
医疗纠纷案件的诉讼时效起算时间大体有四种起算点，即侵权损害发生之时、能证明知道侵权损害发生的相关证据形成之时、侵权损害事实被实际发现之时和医疗事故被法定机构认定之时。