上海的工资扣除标准依然是5000元/月(工资、薪金所得适用)。应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数；应纳税所得额=扣除三险一金后月收入-扣除标准。
《劳动法》第四十八条：国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定。 用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
法律依据：
中华人民共和国个人所得税法第六条
应纳税所得额的计算：
一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。
二、个体工商户的生产、经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
三、对企事业单位的承包经营、承租经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除必要费用后的余额，为应纳税所得额。
四、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得、财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元;四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
五、财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
六、利息、股息、红利所得，偶然所得和其他所得，以每次收入额为应纳税所得额。
个人将其所得对教育事业和其他公益事业捐赠的部分，按照国务院有关规定从应纳税所得中扣除。
对在中国境内无住所而在中国境内取得工资、薪金所得的纳税义务人和在中国境内有住所而在中国境外取得工资、薪金所得的纳税义务人，可以根据其平均收入水平、生活水平以及汇率变化情况确定附加减除费用，附加减除费用适用的范围和标准由国务院规定。