一、对有瑕疵的鉴定结论，司法解释提供了一种解决途径。根据最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》27条的规定，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。如果鉴定机构存在明显违法行为或鉴定结论明显依据不足的，可重新鉴定。
二、通常情形下，鉴定意见因其所具有的科学性和权威性而为法院采纳，但是实践中也不排除鉴定机构或鉴定人员因职业道德、工作失误或者能力所限而出具了具有瑕疵的鉴定意见的情况。法院应分两种情况处理：
1、如果鉴定意见经查证后及时发现其具有明显的瑕疵，那么法院就不能采纳该鉴定意见;
2、法院和当事人在庭审质证时均未发现问题，或者当事人发现了问题，但未向法院揭露鉴定意见的瑕疵，且鉴定意见已经作为定案的证据使用后才发现该鉴定意见存在瑕疵时，该如何处理？从既有立法上看，法律、法规和司法解释对此问题并未进行规定，也没有设置相应的救济渠道。此时，委托鉴定的法院就需要充分发挥其主动性，在不同的审理环节和程序中，可分别采取告知、审查、质证和移送等措施来完善当事人的权利救济。
三、建议：
1、鉴定机构在发现其出具鉴定意见存有瑕疵问题后应立即向委托法院说明鉴定意见的瑕疵情况，包括瑕疵的内容、产生原因及对鉴定意见的影响。
2、委托法院在收到该瑕疵说明后，应当立即审查瑕疵说明的内容，如果认为鉴定机构未表述清楚的，应通知鉴定机构重新作出明确的说明。如果鉴定报告瑕疵说明表述清楚的，法院则应根据个案的具体情况作出相应的应对：
(1)案件尚未作出判决的，法院应将该瑕疵及时告知当事人并重新组织质证，通过质证决定是否重新鉴定，是否更换鉴定机构等事宜。
(2)案件已经作出判决但尚未生效的，法院应立即告知当事人，由当事人自行考量鉴定意见对定案结果的影响后再决定是否上诉，充分保障当事人的知情权和上诉权。
(3)如果当事人提出上诉，一审法院应当将该瑕疵说明随卷移送至二审法院，由二审法院决定是否组织质证或是否进行重新鉴定。
(4)如果一审或二审判决已经生效，由作出生效判决的人民法院审查该鉴定瑕疵是否影响了案件处理结果，进而决定是否启动审判监督程序。同时，法院也应当将该瑕疵说明及审查结果及时告知当事人，保障当事人的申诉权。
(5)案件判决生效后，因其他原因启动审判监督程序的，接收瑕疵说明的法院应当将该说明移送至再审法院，由再审法院审查该瑕疵说明。经审查认为对案件事实认定有影响的，应组织当事人听证并决定是否重新鉴定等有关事宜。
3、对于鉴定机构发现鉴定意见存有瑕疵而不向委托法院作出说明的，司法鉴定主管部门应规定相应的惩罚措施，可以决定停止对其委托业务，情节严重的可以从法院编制的司法技术专业机构、专家名册中予以除名。
4、对于鉴定机构故意做出错误鉴定意见或虚假鉴定意见的，主管部门必须加大惩处力度，建立健全法律制度，以加强对司法鉴定机构和鉴定行为的监督和管理。对于因虚假、错误鉴定给当事人一方造成损失的，应根据全国人大常委会《关于司法鉴定管理问题的决定》以及司法部《司法鉴定机构登记管理办法》(司法部令第95号)的相关规定，追究其赔偿责任。对于触犯刑律、故意弄虚作假的，要给予刑罚惩罚。
司法鉴定意见书是对需要鉴定的结果做出的专业性的结论，但有时由于十年前人对事情的认识不明，导致提交的材料有误，或者是鉴定机关在鉴定时有失误，导致鉴定结果不实，此时是需要撤回司法鉴定意见书的。