国家高新技术企业认定由科技部、财政部、税务总局组成全国高新技术企业认定管理工作领导小组进行认定。其主要职责为:
(一)确定全国高新技术企业认定管理工作方向，审议高新技术企业认定管理工作报告;
(二)协调、解决认定及相关政策落实中的重大问题;
(三)裁决高新技术企业认定事项中的重大争议，监督、检查各地区认定工作;
(四)对高新技术企业认定工作出现重大问题的地区，提出整改意见。
【法律依据】
《高新技术企业认定管理办法》第七条规定：领导小组下设办公室。办公室设在科技部，其主要职责为:
(一)提交高新技术企业认定管理工作报告;
(二)组织实施对高新技术企业认定管理工作的检查;
(三)负责高新技术企业认定工作的专家资格的备案管理;
(四)建立并管理"高新技术企业认定管理工作网";
(五)领导小组交办的其他工作。
《高新技术企业认定管理办法》第八条规定：各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构(以下称"认定机构")，根据本办法开展下列工作:
(一)负责本行政区域内的高新技术企业认定工作;
(二)接受企业提出的高新技术企业资格复审;
(三)负责对已认定企业进行监督检查，受理、核实并处理有关举报;
(四)选择参与高新技术企业认定工作的专家并报领导小组办公室备案。