Polimorfisme Panjang Berkas Restriksi

Polimorfisme Panjang Berkas Restriksi(bahasa Inggris:Restriction Fragment Length Polymorphism/RFLP) merupakanpenanda molekulyang pertama kali ditemukan dan digunakan. Penggunaannya dimungkinkan semenjak orang menemukanenzim endonuklease restriksi(RE), suatu kelas enzim yang mampu mengenal dan memotong seurutan pendekbasa DNA(biasanya 4-6 urutan basa). Enzim ini dihasilkan olehbakteridan dinamakan menurut spesies bakteri yang menghasilkannya. Contoh:

EcoRI adalah enzim RE yang dihasilkan dari bakteriEscherichia colistrain RI (baca: R satu)
BamHIII diperoleh dari bakteriBacillus americanusstrain HIII (H tiga).

RFLP bersifatkodominan,cukup berlimpah, serta frekuensipolimorfismenyatinggi. Penanda ini mudah dipetakan dalampeta genetikdan bersifat stabil (tidak mudah berubah hasilnya bila diulang). Penanda ini juga tidak spesifik spesies, karena bukan berbasisPCR,sehingga hasilnya bisa digunakan untuk perbandingan peta genetik spesies-spesies yang berbeda-beda. Kelemahannya, penanda ini memerlukanDNAdalam jumlah besar, memakan waktu lama (memerlukan waktu tiga hari), serta melibatkan penggunaan pelabelanisotop radioaktifpada teknik yang pertama kali digunakan. Kelemahan yang terakhir ini dapat diatasi setelah ditemukan teknik tanpa radioaktif.