Marcatori genetici

Unmarcatore geneticoè unasequenza di DNAconosciuta che può essere identificata mediante un semplicesaggio. Un marcatore genetico può essere costituito da una breve sequenza di DNA, come la sequenza che circonda unpolimorfismo a singolo nucleotide(single nucleotide polymorphism), o da una sequenza lunga, come imicrosatelliti. Per molti anni, la mappatura genetica fu limitata a molti organismi a marcatori genetici tradizionali che includono geni che codificano caratteristiche osservabili facilmente, come sangue o semi. L'insufficiente numero di questi tipi di caratteristiche, in molti organismi, ha limitato la mappatura possibile.

Due pulcini sulla figura di una mappa genetica di unpollo.Il genoma di un pollo possiede 39 paia dicromosomi,mentre quello umano ne contiene 23 coppie

Tipi

Principi della scoperta SFP

Alcuni tipi di marcatori genetici comunemente usati sono:

• RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
• VNTR (Variable Number of Tandem Repeat)
• SNP (Single Nucleotide Polymorphism)
• STR (Short Tandem Repeat)
• SSLP (Simple sequence length polymorphism)
• AFLP (Amplified fragment length polymorphism)
• RAPD (Random amplification of polymorphic DNA)
• Microsatelliti(polimorfismo), SSR (Simple sequence repeat)
• SFP (Single feature polymorphism)
• DArT (Diversity Arrays Technology)
• RAD (Restriction site associated DNA markers)
• I-SSR (Inter-Simple Sequence Repeat)
• STS (Sequence-Tagged Sites)

Possono essere categorizzati ulteriormente come dominanti o co-dominanti. I dominanti permettono l'analisi di più loci alla volta, comeRAPD.Unprimeramplifica un marcatore dominante permettendo a molti loci in un solo campione diDNAcon una reazionePCR.Co-dominanti analizzano un locus alla volta. Unprimeramplifica un marcatore co-dominante su un prodotto bersaglio. Marcatori dominanti, comeRAPDe marcatori ad alta efficienza (AFLP,SMPL), permettono l'analisi di più loci per esperimento senza sapere informazioni preventive sulla loro sequenza. Marcatori Co-dominanti (RFLP,microsatelliti, etc.) permettono l'analisi di un solo locus per esperimento, così essi sono più ricchi di informazioni perché le variazioni alleliche del locus possono essere distinte. Di conseguenza, si può identificare gruppi di collegamento tra mappe genetiche differenti ma, per lo sviluppo è necessario sapere la sequenza (molto costosa e punto debole della tecnica).

Usi

I marcatori genetici possono essere usati per studiare la relazione tra unamalattia ereditariae la sua causa genetica (per esempio, una particolare mutazione di ungeneche genera unaproteinadifettosa). Si sa che parti di DNA che giacciono vicine su uncromosomatendono a essere ereditate insieme. Questa proprietà favorisce l'uso dei marcatori, che possono poi essere usati per determinare il modo preciso con cui il gene non ancora esattamente localizzato viene ereditato. I marcatori genetici devono essere facilmente identificabili, associati a uno specificolocuse altamentepolimorfici.L'identificazione dei marker avviene direttamente attraverso il sequenziamento del DNA o indirettamente mediante l'uso diallozimi.

Bibliografia

• de Vicente, C., T. Fulton,Molecular Marker Learning Modules – Vol. 1.,IPGRI, Rome, Italy and Institute for Genetic Diversity, Ithaca, New York, USA., 2003.
• de Vicente, C., T. Fulton,Molecular Marker Learning Modules – Vol. 2.,IPGRI, Rome, Italy and Institute for Genetic Diversity, Ithaca, New York, USA., 2004.URL consultato il 21 novembre 2012(archiviato dall'url originaleil 14 agosto 2013).
• de Vicente, C., J-C. Glaszmann, editors,Molecular Markers for Allele Mining,AMS (Bioversity's Regional Office for the Americas), CIRAD, GCP, IPGRI, M.S. Swaminathan Research Foundation, 2006.URL consultato il 21 novembre 2012(archiviato dall'url originaleil 4 dicembre 2007).85 p.
• Spooner, S., R van Treuren and M.C. de Vicente,Molecular markers for genebank management,CGN, IPGRI, USDA, 2005.URL consultato il 21 novembre 2012(archiviato dall'url originaleil 3 maggio 2008).126 p.
• What Is A Genetic Marker?,subostonpaternity.com.

Voci correlate

Marcatore molecolare

Altri progetti

Altri progetti

• Wikimedia Commons

• Wikimedia Commonscontiene immagini o altri file sumarcatori genetici