Fondata nel1924,è così chiamata dal nome del teatro vicino al quale giocava il gruppo di fondatori, teatro intitolato aldrammaturgoportogheseGil Vicente.Il miglior risultato della squadra in campionato risale allastagione 1999-2000,quando si piazzò al 5º posto inmassima divisione.Nellastagione 2005-2006è stata retrocessa in seconda divisione dalla giustizia portoghese per via di irregolarità nell'acquisto delcalciatoreMateus.[1]
Nel 2019 la Federcalcio chiede la reintegrazione del Gil Vicente nel campionato a partire dallastagione 2019-2020,indipendentemente dal risultato conseguito dalla squadra militante in terza divisione. A seguito dell'annullamento della pena nei confronti del club, che nella stagione sportiva 2005-2006 venne retrocessa d'ufficio per aver schierato il centrocampista angolanoMateus,il cui tesseramento all'epoca dei fatti fu ritenuto irregolare, la squadra è stata protagonista del doppio salto di categoria. La situazione che si è trascinata negli anni, col braccio di ferro fra la Federazione e la Lega portoghese, si è conclusa con reintegrazione nella Primeira Liga 2019-2020, iniziata con una vittoria contro il titolatoPortoper 2-1 nella prima giornata.
Ha raggiunto per la prima volta nella sua storia la finale diTaça da Liganella stagione 2011-2012, perdendo contro ilBenfica.Nellastagione 2021-22il Gil Vincente si piazza al 5º posto in classifica, ottenendo una clamorosa e storica qualificazione inConference League.