コンテンツにスキップ

Folding@home

Xuất điển: フリー bách khoa sự điển 『ウィキペディア ( Wikipedia ) 』
Folding@home
Tác giả ビジェイ・S・パンデ
Khai phát nguyên Pande Laboratory,ソニー,NVIDIA,ATI,Joseph Coffland, Cauldron Development[1]
Sơ bản 2000 niên 10 nguyệt 1 nhật(23 niên tiền )(2000-10-01)
Tối tân bản
7.6.21 /2020 niên 10 nguyệt 23 nhật(3 niên tiền )(2020-10-23)[2]
Đối ứng OS Microsoft Windows,macOS,Linux
プラットフォーム IA-32,x86-64,ARM
Đối ứng ngôn ngữ Anh ngữ
Chủng biệt Phân tán コンピューティング
ライセンス プロプライエタリ[3]
Công thức サイト foldingathome.org
テンプレートを biểu kỳ

Folding@home( フォールディング・アット・ホーム[4],FAH, F@hとも hô ばれる ) は,タンパク chấtの động đích なふるまいをシミュレートすることで, khoa học giả が dạng 々な tật hoạn に đối する tân しい trị liệu pháp を khai phát できるよう chi viện することを mục đích としたPhân tán コンピューティングプロジェクトである.

これにはタンパク chất のフォールディングやタンパク chất の động きのプロセスが hàm まれており,ボランティアのパソコン thượng で thật hành されるPhân tử động lực họcシミュレーションに y tồn している. Folding@homeは, 2000 niên 10 nguyệt 1 nhật にビジェイ・パンデGiáo thụ の chỉ huy のもと,スタンフォード đại họcで phát túc した. 2019 niên dĩ hàng は,セントルイス・ワシントン đại họcY học bộ に拠 điểm を trí き, パンデ giáo thụ の nguyên giáo え tử であるグレッグ・ボーマン bác sĩ が chỉ huy している.

このプロジェクトは, phân tán コンピューティングや khoa học nghiên cứu を hành うために,グラフィックス処 lý trang trí( GPU ),Trung ương 処 lý trang trí( CPU ),Raspberry PiのようなARMプロセッサを lợi dụng する. このプロジェクトでは, 従 lai のコンピューティング thủ pháp からパラダイムシフトした thống kế đíchシミュレーションThủ pháp を thải dụng している.クライアント・サーバモデルのネットワーク・アーキテクチャの nhất hoàn として, ボランティアのマシンはそれぞれシミュレーションの nhất bộ ( ワークユニット, WU ) を thụ け thủ り, kế toán により hoàn thành させ, プロジェクトのデータベースサーバに phản し, そこでユニットが toàn thể のシミュレーションにまとめられる. ボランティアは tự phân の cống hiến độ をウェブサイト “Folding@home” thượng で xác nhận することができるため, tham gia に cạnh tranh tâm を thứ kích し, trường kỳ đích な cống hiến を xúc している.

Folding@homeは, thế giới tối tốc の kế toán cơ システムの nhất つである.COVID-19パンデミックの ảnh hưởng でプロジェクトへの quan tâm が cao まる trung, 2020 niên 3 nguyệt hạ tuần には bổn プロジェクトの diễn toán năng lực は ước 1.22E(エクサ)FLOPS(フロップス)[5][6],2020 niên 4 nguyệt trung tuần には ước 2.43 EFLOPSを đạt thành し[7][8][9],Thế giới sơ のエクサフロップ・コンピューティング・システムとなり,TOP500の toànスーパーコンピュータの hợp toán を thượng hồi る năng lực を hoạch đắc した. Nghiên cứu giả は,Kế toán コストのかかるタンパク chất の chiết りたたみに quan する nguyên tử レベルのシミュレーションを, 従 lai の sổ thiên bội の trường い thời gian に độ って thật hành することが khả năng となった. Pande Labは, 2000 niên 10 nguyệt 1 nhật の phát túc dĩ lai, 225のKhoa học nghiên cứu luận văn を phát biểuしてきた[10].このプロジェクトのシミュレーション kết quả は, thật nghiệm の kết quả とよく nhất trí している.

Bối cảnh[Biên tập]

Chiết り畳み tiền と chiết り畳み hậu のタンパク chất. Bất an định なランダムコイルTrạng thái で thủy まり, bổn lai の trạng thái のLập thể phối tọaで chung わる.

タンパク chấtは, đa くの sinh vật học đích cơ năng に bất khả khiếm な cấu thành yếu tố であり,Sinh vật tế bàoNội の sự thật thượng すべてのプロセスに quan dữ している. タンパク chất は đa くの tràng hợp,Diếu tốとして cơ năng し, tế bào のシグナル vân đạt,Phân tử thâu tống,Tế bào chu kỳ の chế ngựなどの sinh hóa học phản ứng を hành っている. Cấu tạo yếu tố として, いくつかのタンパク chất は,Tế bào の cốt cáchの nhất chủng であるKháng thểとして cơ năng し, tha のタンパク chất はMiễn dịch システムに quan dữ している. タンパク chất がこれらの dịch cát を quả たす tiền に, タンパク chất は cơ năng đích なTam thứ nguyên cấu tạoに chiết りたたまれなければならない. このプロセスは, しばしば tự nhiên phát sinh đích に hành われ,アミノ toanPhối liệt nội の tương hỗ tác dụng やアミノ toan とその chu 囲のアミノ toan との tương hỗ tác dụng に y tồn する. タンパク chất の chiết り畳み(フォールディング)は, タンパク chất の tối もエネルギー đích に hữu lợi な cấu tạo, すなわちThiên nhiên trạng thái( lập thể phối tọa )を kiến つけるための tham tác によって thôi tiến される. このように, タンパク chất のフォールディングを lý giải することは, タンパク chất が hà をしているのか, どのように cơ năng しているのかを lý giải する thượng で phi thường に trọng yếu であり,Kế toán sinh vật họcの thánh bôi と khảo えられてる. フォールディングは,Hỗn tạp した tế bào hoàn cảnhの trung で hành われているにもかかわらず, thông thường はスムーズに hành われている. しかし, タンパク chất の hóa học đích tính chất やその tha の yếu nhân により, タンパク chất がNgộ って chiết り畳まれ(ミスフォールディングと hô ばれる), ngộ った kinh lộ で chiết りたたまれてしまい, hình が băng れてしまうことがある. Ngộ って chiết り畳まれたタンパク chất を tế bào のメカニズムで phá 壊したり, tái フォールディングしたりしない hạn り, タンパク chất はその hậuNgưng tậpし, dạng 々な tiêu háo tính tật hoạn を dẫn き khởi こす khả năng tính がある. これらのプロセスを nghiên cứu する thật nghiệm thất での thật nghiệm は, phạm 囲や nguyên tử レベルでの tường tế が hạn られているため, khoa học giả たちは, vật lý học に cơ づいた kế toán モデルを sử dụng して thật nghiệm を bổ hoàn し, タンパク chất のフォールディング, ミスフォールディング, ngưng tập のより hoàn toàn な toàn thể tượng を đề cung しようとしている.

タンパク chất の lập thể phối tọa やコンフィギュレーション không gian(Anh ngữ bản)(タンパク chất が thủ り đắc る hình trạng のセット)の phục tạp さと kế toán năng lực の hạn giới から, toàn nguyên tử phân tử động lực học シミュレーションでは nghiên cứu できるタイムスケールが đại phúc に chế hạn されている. ほとんどのタンパク chất は thông thường ミリ miểu 単 vị で chiết りたたまれるのに đối して, 2010 niên dĩ tiền のシミュレーションではナノ miểu からマイクロ miểu のタイムスケールにしか đáo đạt できなかった. タンパク chất のフォールディングのシミュレーションには, phiếm dụngスーパーコンピュータが sử dụng されてきたが, このようなシステムは bổn chất đích にコストが cao く, đa くの nghiên cứu グループで cộng hữu されているのが nhất bàn đích であった. さらに, động lực học モデルの kế toán は liên 続 đích に hành われるため, 従 lai の phân tử シミュレーションをこれらのアーキテクチャにCường スケーリングすることは phi thường に khốn nan といえる( vấn đề の đại きさに đối して đa sổ のプロセッサを thích ứng することが nan しくなる). さらに, タンパク chất の chiết りたたみはXác suất đích なプロセス(すなわちランダム)であり, thời gian の kinh quá とともに thống kế đích に変 hóa する khả năng tính があるため, chiết りたたみプロセスを bao quát đích に kiến るために trường thời gian のシミュレーションを hành うことは kế toán đích に khốn nan であった.

Folding@homeでは, ここで đồ kỳ したようなマルコフ trạng thái モデルを sử dụng して, タンパク chất が sơ kỳ のランダムにコイル trạng に quyển かれた trạng thái ( tả )から bổn lai の3 thứ nguyên cấu tạo ( hữu )へと ngưng súc する tế に khởi こりうる hình trạng やフォールディング kinh lộ をモデル hóa している.

タンパク chất のフォールディングは nhất độ に khởi こるものではない. その đại わりに, タンパク chất は, タンパク chất のエネルギー địa hình における cục sở đích な nhiệt lực học đíchTự do エネルギーの tối tiểu trị である dạng 々な trung gian đích なCấu tạoの trạng thái でĐãi cơ している gian に,フォールディングに thời gian の đại bộ phân を phí やしている( tràng hợp によっては96% cận く).Thích ứng đích サンプリング(Anh ngữ bản)として tri られるプロセスを thông じて, これらの lập thể phối tọa はFolding@homeによって,Nhất liênのシミュレーション quỹ đạo の xuất phát điểm として sử dụng される. シミュレーションがより đa くの lập thể phối tọa を phát kiến すると, それらの lập thể phối tọa から quỹ đạo が tái khai され, この chu kỳ đích なプロセスからマルコフ trạng thái モデル(MSM)が từ 々に tác thành される. MSMはLy tán thời gian(Anh ngữ bản)マスター phương trình thứcモデルであり, sinh thể phân tử の cấu tạo とエネルギーランドスケープを, dị なる cấu tạo とその gian の đoản い thiên di の tập hợp として ký thuật する. Thích ứng サンプリングマルコフ trạng thái モデル pháp は, cục sở đích なエネルギー tối tiểu trị tự thể の nội bộ での kế toán を tị けることができるため, シミュレーションの hiệu suất を đại phúc に hướng thượng させ, đoản い độc lập したシミュレーション quỹ đạo の thống kế đích tập ước を khả năng にするため, phân tán コンピューティング(GPUGRIDを hàm む)に thích している. マルコフ trạng thái モデルの cấu trúc に yếu する thời gian は, tịnh liệt シミュレーションの thật hành hồi sổ, すなわち lợi dụng khả năng なプロセッサの sổ に phản bỉ lệ する. Ngôn い hoán えれば, tuyến hìnhTịnh liệt hóaを thật hiện し, toàn thể の trực liệt kế toán thời gian を ước 4HằngĐoản súc することができる. Hoàn thành したMSMには, タンパク chất のTương không gian(タンパク chất がとることのできるすべての lập thể phối tọa )とその gian の thiên di のサンプル trạng thái が sổ vạn cá hàm まれている tràng hợp がある. このモデルはフォールディングイベントとフォールディング thuận tự (すなわち kinh lộ )を kỳ しており, nghiên cứu giả は hậu で động lực học đích クラスタリングを sử dụng して, そうでなければ phi thường に tường tế なモデルの thô thị hóa された biểu hiện を kiến ることができる. これらのMSMを dụng いて, タンパク chất がどのようにして ngộ って chiết りたたまれるかを minh らかにし, シミュレーションと thật nghiệm を định lượng đích に bỉ giác することができる.

2000 niên から2010 niên の gian に, Folding@homeが nghiên cứu してきたタンパク chất の trường さは4 bội に tăng gia し, タンパク chất フォールディングシミュレーションのタイムスケールは6 hằng に tăng gia した. 2002 niên には, Folding@homeはマルコフ trạng thái モデルを sử dụng して sổ ヶ nguyệt gian で ước 100 vạnCPUNhật phân のシミュレーションを hành い, 2011 niên にはMSMの tịnh liệt hóa を hành い, hợp kế 1000 vạn CPU thời gian の kế toán を tất yếu とした. 2010 niên 1 nguyệt には, Folding@homeはMSMを sử dụng して, 1.52ミリ miểu の gian に32Tàn cơのNTL9タンパク chất がゆっくりと chiết りたためる động lực học のシミュレーションを hành った. このモデルは, thật nghiệm đích なフォールディング tốc độ の dư trắc と nhất trí するタイムスケールでありながら, dĩ tiền に đạt thành されたものよりも thiên bội も trường いものであった. このモデルは, それぞれが2 hằng も đoản い đa sổ の cá biệt の quỹ đạo から cấu thành されており, タンパク chất のエネルギー địa hình をこれまでにないレベルで tường tế に điều べることができた. 2010 niên, Folding@homeの nghiên cứu giả であるグレッグ・ボーマン(Gregory Bowman)は, オープンソースのMSMBuilderソフトウェアの khai phát と lý luận と thật nghiệm の định lượng đích な nhất trí を đạt thành したことにより, mễ quốc hóa học hội からトーマス・クーン(Thomas Kuhn)パラダイムシフト thưởng を thụ thưởng した. Bỉ の nghiên cứu に đối して, パンデ(Pande)は, “タンパク chất とRNAのフォールディングに quan する tối tiên đoan の lý luận モデルを sinh み xuất すために, phân dã を định nghĩa し, phân dã を変える kế toán thủ pháp を khai phát した” として, 2012 niên にMichael and Kate Bárány Award for Young Investigatorsを, また, “アンサンブル trắc định と単 nhất phân tử trắc định の lạng phương の ý vị の tái kiểm thảo を thứ kích し, パンデの nỗ lực はシミュレーション phương pháp luận への tiên 駆 đích な cống hiến となった” として, 2006 niên にはIrving Sigal Young Investigator Awardを thụ thưởng している.

Sinh vật y học nghiên cứu への ứng dụng lệ[Biên tập]

タンパク chất の ngộ った chiết り畳み(ミスフォールディング)は, アルツハイマー bệnh,Nham(がん),クロイツフェルト・ヤコブ bệnh,Nang bào tính tuyến duy chứng,ハンチントン bệnh,Liêm trạng xích huyết cầu tính bần huyết,およびII hình đường niệu bệnhを hàm むDạng 々な tật hoạnの nguyên nhân となり đắc る.HIVインフルエンザなどのウイルスによる tế bào cảm nhiễm には,Tế bào môThượng でのタンパク chất のフォールディング hiện tượng も quan dữ している. タンパク chất のミスフォールディングがよりよく lý giải されれば, タンパク chất のフォールディングを điều tiết する tế bào の tự nhiên な năng lực を tăng cường する trị liệu pháp を khai phát することができる. このようなTrị liệu phápには, đặc định のタンパク chất の sản sinh を変 hóa させたり, ミスフォールディングしたタンパク chất を phá 壊したり, あるいはフォールディングプロセスを bổ trợ するために nhân công phân tử を sử dụng することが hàm まれる. Kế toán phân tử モデリングと thật nghiệm giải tích の tổ み hợp わせは,Sang dượcの tấn tốc hóa やコスト tước giảm など, phân tử y học の vị lai とHợp lý đích な y dược phẩm thiết kế phápを căn bổn đích に hình tác る khả năng tính を bí めている. Folding@homeの tối sơ の5 niên gian の mục tiêu は, フォールディングの lý giải を tiền tiến させることであったが, hiện tại の mục tiêu は, ミスフォールディングと quan liên tật hoạn, đặc にアルツハイマー bệnh の lý giải である.

Folding@home thượng で thật hành されるシミュレーションは, thật nghiệm thất での thật nghiệm と tịnh dụng されるが, nghiên cứu giả はこれらのシミュレーションを lợi dụng して, thật nghiệm thất hoàn cảnh (in vitro)でのフォールディングが, bổn lai の tế bào hoàn cảnh でのフォールディングとどのように dị なるのかを nghiên cứu することができる. これは, thật nghiệm đích に quan sát することが khốn nan なフォールディングやミスフォールディング, そしてそれらと tật hoạn との quan hệ を nghiên cứu する thượng で hữu lợi である. Lệ えば, 2011 niên のFolding@homeでは,リボソームXuất khẩu トンネル nội でのタンパク chất のフォールディングをシミュレーションし, tự nhiên の bế じ込めや hỗn tạp がフォールディングプロセスにどのような ảnh hưởng を dữ えるかを, khoa học giả が lý giải するのに dịch lập てた. さらに, khoa học giả は thông thường, hóa học đích変 tính剤を động かせ, タンパク chất を an định なネイティブ trạng tháiからアンフォールド( triển khai )させている. 変 tính 剤がタンパク chất の tái フォールディングにどのような ảnh hưởng を dữ えるかは nhất bàn đích には tri られておらず, これらの変 tính trạng thái に, フォールディングの cử động に ảnh hưởng を dữ える khả năng tính のある tàn dư cấu tạo が hàm まれるかどうかを thật nghiệm đích に phán đoạn することは khốn nan である. 2010 niên にFolding@homeは, GPUを sử ってプロテインL(Anh ngữ bản)の vị フォールディング trạng thái をシミュレーションし, thật nghiệm kết quả と cường く nhất trí する băng 壊 tốc độ を thôi định した.

このプロジェクトから đắc られた đại quy mô なデータセットは, yếu cầu に ứng じて tha の nghiên cứu giả が tự do に lợi dụng できるようになっており, Folding@homeのウェブサイトからアクセスできるものもある. パンデ nghiên cứu thất は,Blue Geneスーパーコンピュータのような tha の phân tử động lực học システムと hiệp lực しており, Folding@homeの chủ yếu なソフトウェアを tha の nghiên cứu giả と cộng hữu していて, Folding@homeの ân huệ を thụ けたアルゴリズムが tha の khoa học phân dã に dịch lập つ khả năng tính がある. 2011 niên には, Folding@homeのMSMやその tha の tịnh liệt hóa thủ pháp をベースに, đại quy mô なコンピュータクラスタスーパーコンピュータThượng での phân tử シミュレーションの hiệu suất とスケーリングを hướng thượng させることを mục đích としたオープンソースのCopernicusソフトウェアをリリースした. Folding@homeで đắc られたすべての khoa học đích tri kiến の yếu ước は, phát biểu hậu にFolding@homeのウェブサイトに yết tái される.

アルツハイマー bệnh[Biên tập]

アルツハイマー bệnh は, 脳 nội のアミロイドβタンパク chất đoạn phiến の ngưng tập と quan liên している( hữu ). Nghiên cứu giả たちは, Folding@homeを sử って, この bệnh khí の nguyên nhân をよりよく lý giải するために, この ngưng tập プロセスをシミュレートした.

アルツハイマー bệnhは, cao linh giả に đa く phát chứng し,Nhận tri chứngの bán sổ dĩ thượng を chiêm める nan trị tính のThần kinh 変 tính tật hoạnである. Chính xác な nguyên nhân は bất minh だが, この bệnh khí はタンパク chất のミスフォールディング tật hoạnとして đồng định されている. アルツハイマー bệnh は,アミロイドβペプチド(Aβと lược す)が tha のAβペプチドと nhất tự にミスフォールディングしてNgưng tậpすることによって dẫn き khởi こされる hữu độc な ngưng tập thể と quan liên している. これらのAβ ngưng tập thể は, アルツハイマー bệnh の bệnh lý học đích マーカーであるLão nhân ban ( thần kinh đột khởi ban ))に thành trường する. これらの ngưng tập thể は bất quân nhất な tính chất を trì っているため,X tuyến kết tinh cấu tạo giải tíchHạch từ khí cộng minh (NMR)などの thật nghiệm đích thủ pháp では, その cấu tạo の đặc trưng を minh らかにすることが khốn nan であった. また, Aβ ngưng tập thể の nguyên tử シミュレーションは, その đại きさと phục tạp さから, kế toán lượng が phi thường に đa くなる.

Aβ ngưng tập を phòng ぐことは, アルツハイマー bệnh の trị liệu dược を khai phát する thượng で hữu vọng な phương pháp であると, NaeemとFaziliはVăn hiến điều tra(Anh ngữ bản)で thuật べている. 2008 niên, Folding@homeは, sổ thập miểu 単 vị の thời gian スケールでAβ ngưng tập のダイナミクスを nguyên tử レベルで tường tế にシミュレーションした. これまでの nghiên cứu では, ước 10マイクロ miểu のシミュレーションしかできなかった. Folding@homeは, これまでの nghiên cứu よりも6 hằng trường い thời gian スケールでAβのフォールディングをシミュレーションすることができた. Nghiên cứu giả たちは, この nghiên cứu の kết quả を lợi dụng して, cấu tạo nội の phân tử gian tương hỗ tác dụng の chủ な nguyên nhân となるβヘアピンを đặc định した. この nghiên cứu は, パンデ nghiên cứu thất が tương lai の ngưng tập nghiên cứu のために, また ngưng tập プロセスを an định hóa させる khả năng tính のある tiểu さなペプチドを kiến つけるための canh なる nghiên cứu のために chuẩn bị をするのに dịch lập った.

2008 niên 12 nguyệt, Folding@homeは, Aβ ngưng tập thể の độc tính を trở hại すると tư われるいくつかの tiểu さな dược vật hầu bổ を phát kiến した. 2010 niên には, タンパク chất フォールディング cơ cấu センター(Center for Protein Folding Machinery)との khẩn mật な hiệp lực のもと, これらの dược vật hầu bổ のSinh thể tổ chứcでの thí nghiệm が khai thủy された. 2011 niên, Folding@homeは, Aβの ngưng tập thể hình thành を an định hóa させると tư われるいくつかの変 dịのシミュレーションを hoàn thành させた. これらの変 dị は, bệnh khí の trị liệu dược の khai phát に dịch lập つ khả năng tính があり, AβオリゴマーHạch từ khí cộng minh phân quang phápによる thật nghiệm đích nghiên cứu に đại きく cống hiến している. その niên の hậu bán, Folding@homeは, dạng 々な thiên nhiên diếu tố がAβの cấu tạo とフォールディングみにどのような ảnh hưởng を dữ えるかを quyết định するために, dạng 々なAβフラグメントのシミュレーションを khai thủy した.

ハンチントン bệnh[Biên tập]

ハンチントン bệnhは, タンパク chất の chiết り phản しや ngưng tập を bạn う thần kinh 変 tính tínhDi vân tính tật hoạnである.ハンチントンタンパク chất(Anh ngữ bản)N mạt đoanにあるグルタミンアミノ toan の quá thặng な sào り phản しが ngưng tập を dẫn き khởi こし, その cử động は hoàn toàn には giải minh されていないが, bổn tật hoạn に bạn う nhận tri cơ năng の đê hạ につながると khảo えられている. Tha の ngưng tập thể と đồng dạng に, その cấu tạo を thật nghiệm đích に quyết định することは khốn nan である. Khoa học giả たちは, Folding@homeを dụng いて, ハンチントンタンパク chất の ngưng tập thể の cấu tạo を nghiên cứu し, ngưng tập thể がどのように hình thành されるかを dư trắc し, ngưng tập thể の hình thành を chỉ めるためのHợp lý đích な y dược phẩm thiết kế phápを chi viện している. ハンチントンタンパク chất のN17フラグメントは, この ngưng tập を xúc tiến し, いくつかのメカニズムが đề án されているが, このプロセスにおける chính xác な dịch cát はほとんど bất minh である. Folding@homeは, このフラグメントと tha のフラグメントのシミュレーションを hành い, tật hoạn における dịch cát を minh らかにしてきた. 2008 niên からは, アルツハイマー bệnh の dược vật thiết kế pháp をハンチントン bệnh に ứng dụng している.

がん( nham )[Biên tập]

Kí tri のがんの bán phân dĩ thượng は,Tế bào chu kỳを chế ngự し,DNAが tổn thương した tràng hợp にTế bào tửのシグナルを xuất す, すべての tế bào に tồn tại するがん ức chếタンパク chất であるp53Đột nhiên 変 dịが quan dữ している. p53の đặc định の変 dị は, これらの cơ năng を phá 壊し, dị thường な tế bào の thành trường を ức chế せずに継続させ, kết quả としてThũng dươngを phát sinh させる. これらの đột nhiên 変 dị の giải tích は, p53 quan liên の nham の căn bổn nguyên nhân を thuyết minh するのに dịch lập つ. 2004 niên には, Folding@homeを sử dụng して,Thủy の toàn nguyên tử シミュレーションにおけるp53のタンパク chất nhị lượng thểのリフォールディングの tối sơ の phân tử động lực học nghiên cứu を hành った. このシミュレーションの kết quả は thật nghiệm kết quả と nhất trí し, dĩ tiền は đắc られなかった nhị lượng thể のリフォールディングについての động sát が đắc られた. これは, phân tán hình kế toán cơ プロジェクトによるがんに quan する sơ のTra đọcPhó き luận văn となった. Dực niên, Folding@homeは, đặc định のタンパク chất の an định tính に trọng yếu なアミノ toan を đặc định する tân しい phương pháp を khai phát し, p53の変 dị の nghiên cứu に sử dụng した. この phương pháp は, がんを xúc tiến する đột nhiên 変 dị を đặc định することに thành công し, tha の phương pháp では thật nghiệm đích に trắc định することができなかった đặc định の đột nhiên 変 dị の ảnh hưởng を quyết định することができた.

Folding@homeは,Cao phân tử クラウディングした hóa học đích ストレスの đa い hoàn cảnh hạ で, tha のタンパク chất のフォールディングを trợ けることで, tế bào の sinh tồn に bất khả khiếm な dịch cát を quả たすNhiệt ショックタンパク chấtであるタンパク chất のシャペロンの nghiên cứu にも sử dụng されている. Cấp tốc に thành trường する nham tế bào は đặc định のシャペロンに y tồn しており, いくつかのシャペロンは hóa học liệu pháp の để kháng tính に trọng yếu な dịch cát を quả たしている. これらの đặc định のシャペロンを trở hại することは, hiệu suất đích なHóa học liệu phápDược の khai phát や, がんの quảng がりを ức えるための tiềm tại đích な tác dụng cơ tự と khảo えられている. パンデ nghiên cứu thất では, Folding@homeを dụng いて, タンパク chất フォールディング cơ cấu センター(Center for Protein Folding Machinery)と khẩn mật に liên huề し, がん tế bào に quan dữ するこれらのシャペロンを trở hại する dược 剤を kiến つけたいと khảo えている. また, nghiên cứu giả たちは, Folding@homeを sử って,Srcキナーゼ(Anh ngữ bản)という diếu tố や, がんを hàm む đa くの bệnh khí に quan dữ している khả năng tính のある đại きなタンパク chất であるエングレイルド(Anh ngữ bản)ホメオドメインの nhất bộ の hình など, がんに quan liên する tha の phân tử の nghiên cứu にも thủ り tổ んでいる. 2011 niên, Folding@homeは, がんTế bào biểu diện thụ dung thểに kết hợp することで,イメージングスキャンNham thũngを thức biệt することができる tiểu さなノッティンタンパク chất EETIの động lực học のシミュレーションを khai thủy した.

インターロイキン2(IL-2)は,Miễn dịch hệT tế bàoが bệnh nguyên thể や thũng dương を công kích するのを trợ けるタンパク chất である. しかし,Phế thủy thũngなどの trọng đốc な phó tác dụng のため, がん trị liệu dược としての sử dụng は chế hạn されている. IL-2はT tế bào とは dị なる hình で phế tế bào に kết hợp するため, この kết hợp cơ cấu の vi いを lý giải することが nghiên cứu の khóa đề となっている. 2012 niên には, Folding@homeは, miễn dịch hệ の dịch cát に300 bội dĩ thượng の hiệu quả がありながら, phó tác dụng が thiếu ない変 dị hình のIL-2の phát kiến を chi viện した. Thật nghiệm では, この変 dị hình のIL-2は, thũng dương の thành trường を trở hại するという điểm で, thiên nhiên のIL-2よりも hữu ý に ưu れていた.Chế dược hội xãはこの変 dị thể phân tử に quan tâm を kỳ しており,アメリカ quốc lập vệ sinh nghiên cứu sởは, trị liệu dược としての khai phát を gia tốc させるために, dạng 々な thũng dương モデルを dụng いて thí nghiệm を hành っている.

Bất hoàn toàn cốt hình thành[Biên tập]

Cốt hình thành bất toàn chứngは, thúy tính cốt tật hoạn として tri られており, trí tử đích になる khả năng tính のある bất trị の di vân tính cốt tật hoạn である. この bệnh khí の nhân は, cơ năng đích な kết hợp cốt tổ chức を tác ることができない. この tật hoạn は, dạng 々な cấu tạo đích dịch cát を quả たし,Bộ nhũ loạiに tối も đa く tồn tại するタンパク chất であるI hình コラーゲンの đột nhiên 変 dị が tối も nhất bàn đích な nguyên nhân となっている. この đột nhiên 変 dị は,コラーゲンの tam trọng らせん cấu tạoの変 hình を dẫn き khởi こし, tự nhiên に phá 壊されなければ, cốt tổ chức の dị thường や nhược thể hóa を dẫn き khởi こす. 2005 niên, Folding@homeは, それまでのシミュレーション thủ pháp を cải lương した tân しいLượng tử lực họcĐích thủ pháp をテストした. Nghiên cứu giả は, Folding@homeをコラーゲンのフォールディングと chiết りたたみのミスフォールディングの nghiên cứu に sử dụng してきたが,アルツハイマー bệnhハンチントン bệnhの nghiên cứu と bỉ giác すると, この nghiên cứu はパイロットプロジェクトとしての quan tâm が cao いようである.

ウイルス[Biên tập]

Folding@homeは,インフルエンザHIVなどの nhất bộ のウイルスが nhận thức してSinh thể tế bàoに xâm nhập するのを phòng ぐ nghiên cứu を chi viện している. 2011 niên, Folding@homeは, HIVの trọng yếu な cấu thành yếu tố である diếu tốRNase Hの động lực học のシミュレーションを khai thủy し, diếu tố を bất hoạt tính hóa する dược の thiết kế を thí みた. また, Folding@homeは,ウイルス cảm nhiễmと phúc quảng い sinh vật học đích cơ năng に bất khả khiếm なイベントであるMô dung hợp(Anh ngữ bản)の nghiên cứu にも lợi dụng されている. この dung hợp には, ウイルス dung hợp タンパク chất のコンフォメーション変 hóaタンパク chất ドッキング(Anh ngữ bản)が quan dữ しているが, dung hợp の bối hậu にある chính xác な phân tử メカニズムはほとんどわかっていない. Dung hợp hiện tượng は, sổ bách マイクロ miểu の gian に50 vạn cá dĩ thượng の nguyên tử が tương hỗ tác dụng することもある. このような phục tạp さから, nhất bàn đích なコンピュータシミュレーションでは, sổ thập ナノ miểu の gian に ước 1 vạn cá の nguyên tử が tương hỗ tác dụng することになるが, これは sổ hằng の vi いある. Mô dung hợp のメカニズムを dư trắc するモデルの khai phát は, kháng ウイルス dược を dụng いてこのプロセスを tiêu đích にする phương pháp を khoa học đích に lý giải するのに dịch lập つだろう. 2006 niên には, マルコフ trạng thái モデルとFolding@homeネットワークを ứng dụng して, dung hợp の2つの kinh lộ を phát kiến し, その tha のメカニズムに quan する tri kiến を đắc た.

2007 niên, パンデ nghiên cứu thất は,Tiểu bàoとして tri られる tiểu tế bào の tường tế なシミュレーションをFolding@homeで hành った hậu, dung hợp trung の cấu tạo 変 hóa のトポロジーを trắc định する tân しい kế toán phương pháp を đạo nhập した. 2009 niên には, nghiên cứu giả たちはFolding@homeを sử って, ウイルスを túc chủ tế bào にくっつけ, ウイルスの xâm nhập を trợ けるタンパク chất であるインフルエンザヘマグルチニン(Anh ngữ bản)の変 dị を nghiên cứu した. ヘマグルチニンの変 dị は, ヘマグルチニンが túc chủ のTế bào biểu diện thụ dung thểPhân tử にどの trình độ うまくKết hợpするかに ảnh hưởng を dữ え, これによってウイルス chu が túc chủ sinh vật にどの trình độ cảm nhiễm するかが quyết định される. ヘマグルチニンの変 dị の ảnh hưởng に quan する tri thức は,Kháng ウイルス dượcの khai phát に dịch lập つ. 2012 niên hiện tại, Folding@homeは,バージニア đại họcでの thật nghiệm nghiên cứu を bổ hoàn しながら, ヘマグルチニンのフォールディングと tương hỗ tác dụng のシミュレーションを続けている.

2020 niên 3 nguyệt, Folding@homeは, trị liệu pháp の phát kiến やコロナウイルスのパンデミックについての tường tế な nghiên cứu を hành っている thế giới trung の nghiên cứu giả を chi viện するプログラムを khai thủy した. プロジェクトの đệ nhất đoạn giai では, SARS-CoV-2ウイルス, および quan liên するSARS-CoVウイルスからの dược 剤 hóa khả năng なタンパク chất tiêu đích をシミュレートしているが, これらについては, lợi dụng khả năng なデータが đại phúc に tăng gia している.[11][12][13]

Dược 剤 thiết kế[Biên tập]

Dược vậtは, tiêu đích phân tử thượng のĐặc định の vị tríKết hợpし, tiêu đích を vô hiệu にしたり,コンフォメーション変 hóaを khởi こしたりするなど, sở vọng の変 hóa を dẫn き khởi こすことで cơ năng する. Lý tưởng đích には, dược vật は phi thường に đặc dị đích に tác dụng し, tha の sinh vật học đích cơ năng を trở hại することなく tiêu đích にのみ kết hợp することが vọng ましい. しかし, 2つの phân tử がどこでどのようにCường cốに kết hợp するかを chính xác に quyết định することは khốn nan である. Kế toán năng lực に hạn giới があるため, hiện tại のインシリコ(in silico)Pháp は thông thường,Chính xác さと tốc độ を lạng lập させなければならない. Lệ えば, kế toán コストのかかるTự do エネルギーKế toán の đại わりに, tấn tốc なタンパク chất ドッキング(Anh ngữ bản)を sử dụng するなどである. Folding@homeの kế toán tính năng により, nghiên cứu giả は lạng phương の phương pháp を sử dụng し, その hiệu suất tính と tín lại tính を bình 価することができる. コンピュータ chi viện sang dược は, sang dược のスピードアップとコスト tước giảm につながる khả năng tính がある. 2010 niên, Folding@homeは, MSMと tự do エネルギー kế toán を dụng いて,X tuyến kết tinh cấu tạo giải tíchによって thật nghiệm đích に quyết định されたKết tinh cấu tạoから,ヴィリン(Anh ngữ bản)タンパク chất のネイティブ trạng thái を1.8オングストローム(Å)のNhị thừa bình quân bình phương căn ngộ soa(RMSD) dĩ nội で dư trắc した. この tinh độ は,Bổn chất đích に cấu tạo hóa されていないタンパク chấtを hàm む, tương lai のタンパク chất cấu tạo dư trắcThủ pháp に ý vị を trì つ. Khoa học giả たちは, Folding@homeを lợi dụng して,Tối hậu の thủ đoạn の dược(Anh ngữ bản)であるバンコマイシンや,ペニシリンなどの kháng sinh vật chất を phân giải するβ-ラクタマーゼを nghiên cứu することで,Dược 剤 nại tínhの nghiên cứu を hành ってきた.

Hóa học hoạt tính は, タンパク chất のHoạt tính bộ vịに duyên って phát sinh する. 従 lai の dược vật thiết kế pháp では, tiêu đích タンパク chất が1つの cương thể cấu tạo に tồn tại すると仮 định して, この bộ vị に cường cố に kết hợp し, その hoạt tính を trở hại する. しかし, このアプローチが hữu hiệu に động くのは, toàn タンパク chất の ước 15%に quá ぎない. タンパク chất にはアロステリックサイトが tồn tại し, đê phân tử と kết hợp することでタンパク chất の cấu tạo を変 hóa させ, tối chung đích にはタンパク chất の hoạt tính に ảnh hưởng を dữ える. これらの bộ vị は mị lực đích な sang dược tiêu đích であるが, その vị trí を đặc định するには phi thường にKế toán コストがかかる.2012 niên には, Folding@homeとMSMを dụng いて, β-ラクタマーゼ,インターロイキン-2,RNase Hの3つの y học đích に quan liên のあるタンパク chất のアロステリックサイトを đồng định した.

Kí tri のKháng sinh vật chấtの ước bán phân は, tế khuẩn のリボソームの động きを trở hại するもので,メッセンジャーRNAをタンパク chất にPhiên 訳することでタンパク chất の sinh hợp thànhを hành う, đại きくて phục tạp な sinh hóa học đích cơ giới である.マクロライド hệ kháng sinh vật chấtはリボソーム xuất khẩu トンネルを tắc ぎ, tế khuẩn の tất tu タンパク chất の hợp thành を phương げる. 2007 niên, パンデ nghiên cứu thất は, tân しい kháng sinh vật chất の nghiên cứu と thiết kế のためのTrợ thành kimを thụ けた. 2008 niên には, Folding@homeを sử って, このトンネルの nội bộ と, đặc định の phân tử がどのように ảnh hưởng するかを nghiên cứu した. リボソームの hoàn toàn な cấu tạo は2011 niên の thời điểm で quyết định されており, Folding@homeでは,リボソームタンパク chất(Anh ngữ bản)の cơ năng の đa くがほとんど giải minh されていないため, リボソームタンパク chất のシミュレーションも hành っている.

Thị dân khoa học giả による cống hiến[Biên tập]

Tham gia パターン[Biên tập]

Tha の phân tán コンピューティングプロジェクトと đồng dạng に, Folding@homeはオンラインThị dân khoa họcプロジェクトである. こうしたプロジェクトでは, chuyên môn gia ではない nhân 々がコンピュータ処 lý năng lực を đề cung したり, プロの khoa học giả が tác thành したデータの phân tích を thủ vân ったりする. Tham gia giả はほとんど, あるいは minh らかな báo thù を thụ け thủ らない.

Thị dân khoa học giả の động cơ についての nghiên cứu が hành われてきたが, これらの nghiên cứu のほとんどは, tham gia giả が lợi tha đích な lý do から tham gia する động cơ を trì っていることを phát kiến している.[14][15][16][17]つまり, khoa học giả を trợ けたい, nghiên cứu の phát triển に cống hiến したいと khảo えていることがわかった. Thị dân khoa học の tham gia giả の đa くは, nghiên cứu のテーマに căn để にある hưng vị を trì ち, tự phân の hưng vị のある phân dã のプロジェクトへと dẫn き ký せられていく.

Folding@homeもその điểm では変わりはなく, tối cận (2018), 400 nhân dĩ thượng の tham gia giả を đối tượng に hành われた điều tra では, nghiên cứu に cống hiến したいと khảo えていること, また, đa くの tham gia giả には, Folding@homeの khoa học giả が điều tra している bệnh khí に li hoạn した hữu nhân や thân thích がいることが minh らかになった.[18]

Folding@homeは, コンピュータハードウェアの ái hảo gia ( “オーバークロッカー”と hô ばれることもある)の tham gia giả を tập めている. これらのグループは, プロジェクトにかなりの chuyên môn tri thức をもたらし, cao độ な処 lý năng lực を trì つコンピュータを cấu trúc することができる.[19]Tha の phân tán コンピューティングプロジェクトでは, このようなタイプの tham gia giả が tập まり, プロジェクトは cải tạo されたコンピュータの tính năng をベンチマークするために sử dụng されることが đa く, この thú vị のこのような trắc diện は, プロジェクトの cạnh tranh đích な tính chất によって đối ứng されている. Cá nhân やチームは, thùy が tối も đa くのコンピュータ処 lý trang trí (CPU)を処 lý できるかを cạnh うことができる.

このFolding@homeに quan する tối tân の nghiên cứu では, オンライングループのインタビューと dân tộc chí đích quan sát を hành い, ハードウェア ái hảo gia のチームが, 処 lý xuất lực を tối đại hóa するためのベストプラクティスを cộng hữu しながら nhất tự に tác nghiệp することができることが kỳ された. このようなチームは, ngôn ngữ とオンライン văn hóa を cộng hữu し,Thật tiễn コミュニティになることができる. このような tham gia パターンは, tha の phân tán コンピューティングプロジェクトでも quan sát されている.[20][21]

Folding@homeの tham gia giả のもう nhất つの trọng yếu な quan sát điểm は, nam tính が đa いことである.[18]これは tha の phân tán hình プロジェクトでも quan sát されている. さらに, tham gia giả の đa くはコンピュータやテクノロジーを sử った sĩ sự やキャリアに従 sự している.[18][22][23]

Folding@homeの tham gia giả toàn viên がハードウェアの ái hảo gia というわけではない. Đa くの tham gia giả は, cải tạo されていないマシンでプロジェクトのソフトウェアを thật hành し, cạnh tranh đích に tham gia している. Folding@homeには10 vạn nhân dĩ thượng の tham gia giả がいる. しかし, tham gia giả のうち, どの trình độ の cát hợp がハードウェア ái hảo gia なのかを bả ác することは khốn nan である. しかし, プロジェクト quản lý giả によれば, 処 lý năng lực の diện では ái hảo gia コミュニティの cống hiến độ の phương が đại きいと ngữ っている.[24]

パフォーマンス[Biên tập]

2004 niên 4 nguyệt から2012 niên 10 nguyệt までのFolding@homeと tối tốc スパコンの kế toán năng lực. 2007 niên 6 nguyệt から2011 niên 6 nguyệt までの gian, Folding@home( xích )はTOP500の tối tốc スパコン( hắc )を thượng hồi っていたが, 2011 niên 11 nguyệt にはKinhに, 2012 niên 6 nguyệt にはBlue Gene/Qに truy い bạt かれた.

スーパーコンピュータのFLOPS tính năng は, 従 lai のLINPACKベンチマークを thật hành することで bình 価される. この đoản kỳ đích なテストでは, LINPACKがスーパーコンピュータのハードウェアに hiệu suất đích にマップされるため, thật thế giới のタスクでの trì 続 đích なパフォーマンスを chính xác に phản ánh することは khốn nan である. コンピューティングシステムはアーキテクチャや thiết kế が dị なるため, trực tiếp bỉ giác することは khốn nan である. これにもかかわらず, FLOPSはスーパーコンピューティングで sử dụng される chủ yếu な tốc độ chỉ tiêu であることに変わりはない.[25][Kiểm chứng dụng の dẫn dụng văn が tất yếu]Đối chiếu đích に, Folding@homeは, ワークユニット( tác nghiệp 単 vị )が hoàn liễu するのにかかる thời gian を trắc định することで,Thật kinh quá thời gian(Anh ngữ bản)を sử dụng してFLOPSを quyết định する.[26]

2007 niên 9 nguyệt 16 nhật, PlayStation 3の tham gia もあり, Folding@homeプロジェクトは, ネイティブ 1ペタFLOPS( tham khảo:エクサスケール・コンピューティング)を siêu える trì 続 đích な tính năng を chính thức に đạt thành し, あらゆる chủng loại の kế toán cơ システムで sơ めての đạt thành となった. Đương thời のTop500で tối tốc のスパコンはBlueGene/Lで0.280ペタFLOPSであった. Dực niên の2008 niên 5 nguyệt 7 nhật にはネイティブ 2ペタFLOPSを siêu える trì 続 tính năng を đạt thành し, 2008 niên 8 nguyệt にはネイティブ 3ペタFLOPS, 2008 niên 9 nguyệt 28 nhật にはネイティブ 4ペタFLOPSのマイルストーンを đạt thành した. 2009 niên 2 nguyệt 18 nhật には, Folding@home がネイティブペタFLOPS 5ペタFLOPSを đạt thành し, この5つのレベルを đạt thành した tối sơ の kế toán cơ プロジェクトとなった. これに đối して, 2008 niên 11 nguyệt の tối tốc スーパーコンピュータはIBMRoadrunnerで1.105ペタFLOPSであった. 2011 niên 11 nguyệt 10 nhật のFolding@homeの tính năng は, 6ネイティブペタFLOPSを siêu え, これはx86の8ペタFLOPS cận くに tương đương する. 2013 niên 5 nguyệt trung tuần には, Folding@homeは7ネイティブペタFLOPSを siêu え, 14.87 x86ペタFLOPSに tương đương する. その hậu, 6 nguyệt 21 nhật には8ネイティブペタFLOPSを đạt thành し, đồng niên 9 nguyệt 9 nhật には9ネイティブペタFLOPSを đạt thành, 17.9 x86 ペタFLOPSを đạt thành した. 2016 niên 5 nguyệt 11 nhật, Folding@homeは100 x86 ペタFLOPSの đạt thành に hướng けて động き xuất したと phát biểu した.[27]

2020 niên のコロナウイルスパンデミックによる ý thức の cao まりと, thị dân khoa học giả のプロジェクトへの tham gia から, さらなる lợi dụng が拡 đại した. 2020 niên 3 nguyệt 20 nhật, Folding@homeはTwitterを thông じて, 470ネイティブペタFLOPS dĩ thượng で giá động していることを phát biểu した(958 x86ペタFLOPSに tương đương ).[28]Đồng niên 3 nguyệt 25 nhật までに768ペタFLOPS, つまり1.5 x86エクサFLOPSに đạt し, sơ のエクサFLOPコンピューティングシステムとなった[29].

ポイント[Biên tập]

Tha の phân tán コンピューティングプロジェクトと đồng dạng に, Folding@home は, クレジットシステムを thông じてプロジェクトへのユーザのコンピューティング cống hiến độ を định lượng đích に bình 価する. ポイントは, プロジェクトがリリースされる tiền に, そのプロジェクトからの1つ dĩ thượng のワークユニット( tác nghiệp 単 vị )を công thức のリファレンスマシン thượng でベンチマークすることによって quyết định される. Các ユーザは, すべてのワークユニットを hoàn thành させた tràng hợp にこれらの cơ bổn ポイントを thụ け thủ ることができるが, bí mật のパスキーを đăng lục することで, kế toán の nan dịch độ が cao いユニットや khoa học đích な ưu tiên thuận vị が cao いユニットを xác thật かつ tấn tốc に hoàn thành させた tràng hợp には, ワークユニットの thành công suất が80%を siêu えることや, 10 cá dĩ thượng の hữu hiệu なワークユニットを tống tín するなどの điều kiện[30]Phó きでボーナスポイントを truy gia で thụ け thủ ることができる.[ chú 釈 1]また, ユーザは phục sổ のマシン thượng のクライアントからの tác nghiệp に đối してもクレジットを thụ け thủ ることができる. このポイントシステムは, dữ えられたクレジットと khoa học đích kết quả の価 trị を nhất trí させる thí みである.

ユーザは tự phân の cống hiến をチームに đối して đăng lục することができ, メンバー toàn viên のポイントを hợp toán することができる. ユーザは tự phân のチームを lập ち thượng げることも, kí tồn のチームに tham gia することもできる. Tràng hợp によっては, チームは,インターネットフォーラムのようなコミュニティ chủ đạo のヘルプや khuyên dụ の tình báo nguyên を trì つこともある. ポイントは, プロジェクトのために tối も đa くの kế toán をするために, cá nhân とチームの gian で hữu hảo đích な cạnh tranh を xúc tiến することができ, フォールディングコミュニティに lợi ích をもたらし, khoa học nghiên cứu を gia tốc させることができる. Cá nhân とチームの thống kế は, Folding@home のウェブサイトに yết tái される.

ユーザが tân しいチームを kết thành しなかったり, kí tồn のチームに tham gia しなかったりすると, そのユーザは tự động đích に “デフォルト” チームのメンバーになる. この “デフォルト” チームのチーム phiên hào は “0” で, thống kế tình báo は, この “デフォルト” チームとして đặc biệt に mệnh danh されたチームのために súc tích される.

ソフトウェア[Biên tập]

ユーザー trắc のFolding@homeソフトウェアは, ワークユニット, コア, クライアントという3つの chủ yếu なコンポーネントから cấu thành されている.

ワークユニット[Biên tập]

ワークユニット(Work units, tác nghiệp 単 vị )とは, クライアントに処 lý を y lại するタンパク chất データのことである. Tác nghiệp 単 vị は,マルコフモデル(Anh ngữ bản)における trạng thái gian のシミュレーションの đoạn phiến である. ワークユニットがダウンロードされ, ボランティアのコンピュータで hoàn toàn に処 lý された hậu, それはFolding@homeのサーバーに lệ され, ボランティアにクレジットポイントが dữ えられる. このサイクルは tự động đích に sào り phản される. すべてのワークユニットには kỳ hạn があり, この kỳ hạn を siêu えた tràng hợp, ユーザーはクレジットを thủ đắc できず, tự động đích に biệt の tham gia giả に tái phát hành される. タンパク chất のフォールディングは liên 続 đích に hành われ, đa くのワークユニットは tiền nhậm giả から sinh thành されるため, thỏa đương な kỳ gian が kinh quá してもワークユニットが phản khước されない tràng hợp は, シミュレーションプロセス toàn thể が chính thường に tiến hành するようになっている. これらの kỳ hạn の quan hệ thượng, Folding@homeの tối tiểu システム yếu kiện は, Pentium III 450 MHz CPUとStreaming SIMD Extensions(SSE)である. しかし, cao tính năng クライアント dụng のワークユニットは, 単 nhất プロセッサクライアント dụng のワークユニットよりもはるかに đoản い kỳ hạn が thiết định されており, それは khoa học đích lợi ích の đại bộ phân がシミュレーションを tấn tốc に hoàn liễu することに y tồn しているためである.

Nhất bàn công khai tiền に, ワークユニットはいくつかのPhẩm chất bảo chứngĐoạn giai を kinh て, vấn đề のあるものが hoàn toàn に lợi dụng khả năng にならないようにする. これらのテスト đoạn giai には, Folding@home toàn thể での tối chung đích な hoàn toàn リリースの tiền に, nội bộ テスト, ベータテスト, および cao độ テストが hàm まれる. Folding@homeのワークユニットは, 処 lý trung にまれにエラーが phát sinh する tràng hợp を trừ き, thông thường, nhất độ だけ処 lý される. もしこれが3 nhân の dị なるユーザに phát sinh した tràng hợp, そのユニットは tự động đích に phối bố から trừ khứ される. Folding@homeサポートフォーラムは, vấn đề のあるハードウェアに khởi nhân する vấn đề と bất lương のワークユニットに khởi nhân する vấn đề を khu biệt するために sử dụng することができる.

コア[Biên tập]

“FahCores(ファーコア)” と hô ばれ, しばしば “Core(コア)” と lược される đặc thù な phân tử động lực học プログラムは,バックグラウンドプロセスとしてワークユニット thượng で kế toán を thật hành する. Folding@homeのコアの đại bộ phân は, thủ động で tối thích hóa されたアセンブリ ngôn ngữコードとハードウェアの tối thích hóa からなる, tối も cao tốc で tối も nhất bàn đích な phân tử động lực học ソフトウェアパッケージの nhất つであるGROMACSをベースにしている. GROMACSはオープンソースのソフトウェアで, パンデ nghiên cứu thất とGROMACSの khai phát giả とは hiệp lực quan hệ を trì っているが, Folding@homeではデータの thỏa đương tính を xác bảo するためにクローズドソースのライセンスを sử dụng している(すなわちソースコードを công khai していない). あまりアクティブではないコアには, ProtoMol( tân しいアルゴリズムのテストに hướng く)とSHARPENがある. かつてFolding@homeはAMBER, CPMD, Desmond, TINKERを sử dụng してきたが, これらのコアは dẫn thối しており, hiện dịch ではなくなっている. これらのコアの trung には, chu 囲のDung môi( thông thường は thủy )を nguyên tử 単 vị でモデル hóa する minh kỳ đích な dung môi hòa kế toán を hành うものもあれば, dung môi を sổ học đích liên 続 thể として tráp うÁm mặc の dung môi hòaKế toán を hành うものもある. コアはクライアントから phân ly されており, クライアントの canh tân を tất yếu とせずに khoa học đích thủ pháp を tự động đích に canh tân できるようになっている. コアは định kỳ đích にアプリケーション・チェックポインティング(Anh ngữ bản)を tác thành し, trung đoạn されても khởi động thời にその thời điểm から tác nghiệp を tái khai できるようにしている.

クライアント[Biên tập]

Fedora 25 thượng で thật hành するFolding@homeクライアント

Folding@homeの tham gia giả は,パーソナルコンピュータクライアントプログラムをインストールする. ユーザは, バックグラウンドで tha のソフトウェアコンポーネントを quản lý するクライアントと đối thoại する. ユーザはクライアントを thông じて, chiết り畳み処 lý を nhất thời đình chỉ したり, イベントログを khai いたり, tác nghiệp の tiến 捗 trạng huống を xác nhận したり, cá nhân の thống kế tình báo を biểu kỳ したりすることができる. コンピュータ・クライアントは, thông thường のコンピュータの sử dụng に ảnh hưởng を dữ えないように, phi thường に đê い ưu tiên độ でバックグラウンドで継続 đích に thật hành され, アイドル処 lý năng lực を sử dụng する. CPUの tối đại sử dụng lượng は, クライアントの thiết định で điều chỉnh できる. クライアントは, Folding@homeサーバに tiếp 続し, ワークユニットを thủ đắc し, クライアントの thiết định, オペレーティングシステム, および cơ sở となるハードウェアアーキテクチャに thích したコアをダウンロードすることができる. 処 lý hậu, ワークユニットは, Folding@homeサーバに lệ される. コンピュータ・クライアントは,ユニプロセッサ・システムマルチコア・プロセッサ・システム,グラフィックス・プロセッシング・ユニットに hợp わせて điều chỉnh されている. Cácハードウェアアーキテクチャ(Anh ngữ bản)の đa dạng tính と処 lý tính năng により, Folding@homeは, đa くの chủng loại のシミュレーションをタイムリーに( sổ niên ではなく sổ chu gian から sổ ヶ nguyệt で) hiệu suất đích に hoàn liễu させることができ, これは khoa học đích 価 trị の cao いものである. これらのクライアントを tổ み hợp わせることで, nghiên cứu giả は, これまで kế toán で thủ り tổ むことが phi hiện thật đích と khảo えられていた sinh vật y học đích な vấn đề を nghiên cứu することが khả năng になる.

プロのソフトウェア khai phát giả は, クライアント trắc とサーバー trắc の lạng phương で, Folding@homeのコードの đại bộ phân を đam đương している. Khai phát チームには,Nvidia,ATI,Sony,Cauldron Developmentのプログラマーが hàm まれている. クライアントは, Folding@homeの công thức ウェブサイトまたはその thương dụng パートナーからのみダウンロードすることができ, Folding@homeのコンピュータファイルとのみやりとりする. クライアントは, Folding@homeのデータサーバー(ポート8080, đại thế として80を sử dụng )にデータをアップロードしたりダウンロードしたりし, thông tín は2048ビットのデジタル thự danhを sử dụng して kiểm chứng される. クライアントのグラフィカル・ユーザー・インターフェース(GUI)はオープンソースであるが, クライアントはセキュリティと khoa học đích chỉnh hợp tính を lý do にプロプライエタリなソフトウェアである.

しかし, プロプライエタリなソフトウェアを sử dụng することのこの hợp lý tính は, ライセンスは tố cập đích に pháp đích な lĩnh vực で cường chế lực を trì つことができるかもしれないが, thật hành khả năng なバイナリファイルの cải 変(パッチThích dụng としても tri られる)を thật chất đích に phòng ぐことができないため, nghị luận の dư địa がある. Đồng dạng に,バイナリのみの phối bốでは, インターネット kinh do でダウンロードされている gian のTrung gian giả công kích[31],Đệ tam giả によるバイナリの tái phối bố によって, バイナリ trạng thái のまま(つまりパッチを đương てられたまま)[32],あるいは変 canh hậu のバイナリを nghịch コンパイル[33]して tái コンパイルすることによって[34][35],Thật hành バイナリコードの ác ý のある変 canh を phòng ぐことができない. このような変 canh は, バイナリファイルとトランスポートチャネルが thự danh されていて, thụ tín giả やシステムがデジタル thự danh を kiểm chứng できる tràng hợp には khả năng であるが, tất ずしもそうとは hạn らない.[36]いずれにしても, Folding@home の tràng hợp, クライアント・ソフトウェアによって処 lý される nhập lực データと xuất lực kết quả の lạng phương がデジタル thự danh されているので, tác nghiệp の hoàn toàn tính は, クライアント・ソフトウェア tự thể の hoàn toàn tính から độc lập して kiểm chứng することができる.

Folding@homeでは, ネットワークのためにCosmソフトウェアライブラリを sử dụng している. Folding@homeは2000 niên 10 nguyệt 1 nhật に lập ち thượng げられ, sinh thể phân tử システムを đối tượng とした tối sơ の phân tán コンピューティングプロジェクトであった. Tối sơ のクライアントはスクリーンセーバーで, コンピュータが sử dụng されていないときに thật hành された. 2004 niên には, パンデ nghiên cứu thất はデビッド・P・アンダーソン(Anh ngữ bản)と cộng đồng で, オープンソースのBOINCフレームワーク thượng で bổ trợ đích なクライアントをテストした. このクライアントは2005 niên 4 nguyệt にクローズドベータ bản としてリリースされたが, この phương pháp は thật hành bất khả năng となり, 2006 niên 6 nguyệt に bằng thượng げされた.

グラフィックス・プロセッシング・ユニット[Biên tập]

グラフィックス・プロセッシング・ユニット(Graphics Processing Units = GPU)の đặc thù なハードウェアは, ビデオゲームなどの3Dグラフィックス・アプリケーションのレンダリングを cao tốc hóa するように thiết kế されており, ある chủng の kế toán ではCPUを đại phúc に thượng hồi る tính năng を phát huy する. GPUは, tối も cường lực で cấp tốc に thành trường しているコンピューティングプラットフォームの1つであり, đa くの khoa học giả や nghiên cứu giả は,グラフィックス・プロセッシング・ユニット thượng での phiếm dụng コンピューティング(GPGPU)を truy cầu している. しかし, GPUハードウェアは, グラフィックス dĩ ngoại のタスクに sử dụng するのは nan しく, thông thường, đại phúc なアルゴリズムの tái cấu trúc と, cơ sở となるアーキテクチャの cao độ な lý giải を tất yếu とする. このようなカスタマイズは, ソフトウェア khai phát リソースが hạn られている nghiên cứu giả にとってはなおさら khốn nan である.

Folding@homeでは, オープンソースのOpenMMライブラリを sử dụng している. このライブラリは, 2つのアプリケーション・プログラミング・インターフェース(API)レベルを trì つブリッジ thiết kế パターンを sử dụng して, phân tử シミュレーション・ソフトウェアの cơ sở となるハードウェア・アーキテクチャにインターフェースする. OpenMMベースのGPUシミュレーションでは, ハードウェアの tối thích hóa が truy gia されたことで, đại phúc な変 canh は tất yếu とせず, thủ tác nghiệp でチューニングされたGPUコードとほぼ đồng đẳng の tính năng を thật hiện し, CPUの thật trang を đại phúc に thượng hồi る tính năng を phát huy する.

2010 niên dĩ tiền は, GPGPUコンシューマーグレードのハードウェアの kế toán tín lại tính はほとんど tri られておらず, GPUメモリに nội tàng されたNgộ り kiểm xuất と đính chínhがないことに quan する trạng huống chứng 拠により, tín lại tính の huyền niệm が sinh じた. 2010 niên, Folding@home ネットワーク thượng の2 vạn đài dĩ thượng のホストを đối tượng とした đại quy mô なGPU khoa học đích tinh độ テストでは, テストされたGPUの3 phân の2のメモリサブシステムでソフトエラー(Anh ngữ bản)が kiểm xuất された. これらのエラーはボードアーキテクチャと cường く tương quan しているが, ソフトウェア trắc のエラー kiểm xuất などのハードウェアの đặc tính に chú ý を払っている hạn り, tín lại tính の cao いGPUコンピューティングは đại いに thật hiện khả năng であると kết luận づけている.

Folding@homeの đệ nhất thế đại のGPUクライアント(GPU1)が2006 niên 10 nguyệt 2 nhật に công khai され, CPUベースのGROMACSと bỉ giác して, いくつかの kế toán で20~30 bội の cao tốc hóa を thật hiện した. これは, GPUが phân tán コンピューティングや chủ yếu な phân tử động lực học kế toán に sử dụng された sơ めての thí みであった. GPU1は nghiên cứu giả にGPGPUソフトウェアの khai phát に quan する trọng yếu な tri thức と kinh nghiệm を dữ えたが, 2008 niên 4 nguyệt 10 nhật にDirectXの khoa học đích な bất chính xác さに đối ứng して, đệ 2 thế đại のクライアントであるGPU2に dẫn き継がれた. GPU2の đạo nhập hậu, GPU1は6 nguyệt 6 nhật に chính thức に dẫn thối した. GPU1に bỉ べて, GPU2はより khoa học đích な tín lại tính と sinh sản tính が cao く,ATICUDAĐối ứng のNvidiaGPU thượng で động tác し, より cao độ なアルゴリズム, より đại きなタンパク chất, タンパク chất シミュレーションのリアルタイム khả thị hóa をサポートしていた. これに続き, 2010 niên 5 nguyệt 25 nhật には đệ 3 thế đại のFolding@homeのGPUクライアント(GPU3)がリリースされた. GPU3は, GPU2とのHậu phương hỗ hoán tínhを trì ちながらも, より an định tính, hiệu suất tính, nhu nhuyễn tính に ưu れた khoa học đích năng lực を trì ち,OpenCLフレームワークの thượng にOpenMMを sử dụng していた. これらのGPU3クライアントはオペレーティングシステムLinuxmacOSをネイティブにはサポートしていなかったが, Nvidiaのグラフィックカードを đáp tái したLinuxユーザーはWineソフトウェアアプリケーションを giới してGPU3を thật hành することができた. GPUは, Folding@homeのFLOPSの trung で tối も cường lực なプラットフォームであることに変わりはない. 2012 niên 11 nguyệt hiện tại, GPUクライアントは, プロジェクト toàn thể のx86 FLOPSスループットの87%を chiêm めている.

LinuxでのNvidiaとAMDのグラフィックスカードのネイティブサポートは, CUDAではなくOpenCLを sử dụng するFahCore 17で đạo nhập された.

PlayStation 3[Biên tập]

2007 niên 3 nguyệt から2012 niên 11 nguyệt まで, Folding@homeはPlayStation 3の kế toán năng lực を lợi dụng していた. その khai thủy thời において, メインのストリーミングCellプロセッサ(Cell Broadband Engine)は, いくつかの kế toán でPCの20 bội の tốc độ を thật hiện し,Xbox 360のような tha のシステムにはない処 lý năng lực を phát huy していた. PS3 の cao tốc tính と hiệu suất tính は,アムダールの pháp tắcに cơ づいて tối thích hóa する価 trị のある tha の cơ hội をもたらし, kế toán hiệu suất と toàn thể đích な tinh độ の gian のトレードオフを đại きく変え, より phục tạp な phân tử モデルをわずかな kế toán コストで sử dụng できるようにした. これにより Folding@homeは, tha の phương pháp では kế toán thượng bất khả năng であった sinh vật y học đích な kế toán を thật hành できた.

PS3クライアントは,ソニーとパンデ nghiên cứu thất の cộng đồng khai phát により khai phát され, 2007 niên 3 nguyệt 23 nhật にスタンドアロンのクライアントとしてリリースされた. このリリースにより, “Folding@home” は, PS3を lợi dụng した sơ めての phân tán コンピューティングプロジェクトとなった. Dực niên 2 nguyệt 5 nhật にはプロジェクト tham gia giả が100 vạn nhân を đột phá[37],9 nguyệt 18 nhật には, PS3クライアントが “Life with PlayStation(Anh ngữ bản)”のチャネルに đăng tràng, 11 nguyệt 6 nhật にはグッドデザイン thưởngKim thưởng を thụ thưởng した[38][39].Đạo nhập đương thời は, kế toán の chủng loại で ngôn えば, CPUの nhu nhuyễn tính とGPUの cao tốc tính の trung gian に vị trí していた. ただし,パソコンThượng で động tác するクライアントとは dị なり, “Folding@home” を khởi động したPS3では tha の thao tác を hành うことができなかった. PS3の thống nhất されたコンソール hoàn cảnh は,テクニカルサポートを dung dịch にし, “Folding@home” をより sử いやすくした. また, PS3にはGPUへのデータストリーミング cơ năng があり, hiện tại のタンパク chất の động lực học を nguyên tử レベルでリアルタイムに khả thị hóa するために sử dụng されていた.

ソニーは, 2012 niên 11 nguyệt 6 nhật, “Life with PlayStation” で đề cung しているPS3クライアント “Folding@home” およびその tha のサービスのサポートを chung liễu した. Folding@home” は, 5 niên 7ヶ nguyệt gian で1,500 vạn nhân dĩ thượng のユーザーが1 ức thời gian dĩ thượng の kế toán lượng を đề cung し, bệnh khí の nghiên cứu に đại きく cống hiến してきた. パンデ nghiên cứu thất との thoại し hợp いの kết quả, ソニーはこのプロジェクトを chung liễu することを quyết định した. パンデ thị は, PlayStation 3のクライアントを, このプロジェクトにとって “ゲームチェンジャー” だと khảo えていた.

マルチコア処 lý クライアント[Biên tập]

Folding@homeは, tối tân のマルチコア・プロセッサの tịnh liệt kế toán năng lực を lợi dụng することができ, phục sổ のCPUコアを đồng thời に sử dụng することで, シミュレーション toàn thể をはるかに tảo く hoàn liễu させることができる. Đồng じ thời gian でより trường いシミュレーション quỹ đạo を thật hành し, また đại quy mô なシミュレーションを đa くの biệt 々のプロセッサに phân tán するという従 lai の khốn nan を khinh giảm するために, この phương pháp は khoa học đích にも価 trị のある phương pháp である.Journal of Molecular Biology(Anh ngữ bản)Chí に yết tái された2007 niên の luận văn では, マルチコア処 lý に y tồn することで, thật nghiệm đích なフォールディングと nhất trí したビリン・タンパク chất の nhất bộ のフォールディングを, シングルプロセッサクライアントで khả năng なものよりも ước 10 bội trường くシミュレーションしたと báo cáo された.

2006 niên 11 nguyệt, đệ nhất thế đại のĐối xưng hình マルチプロセシング(SMP)クライアントがオープンベータテスト dụng に công khai され, これはSMP1と hô ばれた. このクライアントは, tịnh liệt 処 lý にMessage Passing Interface(MPI)Thông tín プロトコルを sử dụng していたが, đương thời のGROMACSコアは phục sổ スレッドでの sử dụng をTưởng định していなかった.Phân tán コンピューティングプロジェクトでMPIを sử dụng した sơ めての thí みであった. クライアントはLinuxやmacOSなどのUnixベースのOSでは vấn đề なく động tác したものの,Windowsでは vấn đề があった. 2010 niên 1 nguyệt 24 nhật, SMPクライアントの đệ nhị thế đại であり, SMP1の hậu 継となるSMP2がオープンベータとしてリリースされ, phục tạp なMPIは, より tín lại tính の cao いスレッドベースの thật trang に trí き hoán えられた.

SMP2は, dị thường に đại きく, kế toán tập ước đích で, khoa học đích ưu tiên độ が phi thường に cao いタンパク chất をシミュレートするように thiết kế された, Big Advanced(bigadvまたはBAとも)ワークユニットの đặc biệt なカテゴリのトライアルをサポートしていた. これらのユニットは, もともと tối đê 8 cá のCPUコアを tất yếu としていたが, 2012 niên 2 nguyệt 7 nhật に16 cá のCPUコアに dẫn き thượng げられた. Tiêu chuẩn đích なSMP2ワークユニットよりもハードウェア yếu kiện が tăng えたことに gia えて,ランダム・アクセス・メモリ(RAM)インターネットの đái vực phúcなどのシステムリソースが tất yếu となった. その kiến phản りとして, これらを thật hành するユーザは, SMP2のボーナスポイントシステム dĩ thượng の20% cao い báo thù が dữ えられた. bigadvカテゴリでは, dĩ tiền はスーパーコンピュータのクラスタを sử dụng しなければならず, Folding@home thượng では tha のどこでも thật hành できなかったような, đặc に yếu cầu の nghiêm しいシミュレーションを trường thời gian thật hành することができた. ところが, bigadvユニットを thật hành できるハードウェアを trì っている đa くのユーザは, hậu からCPUコアの tối tiểu trị が tăng gia した thời に, そのハードウェアがbigadvワークユニットには bất thích cách とみなされ, thông thường のSMPワークユニットしか thật hành できなくなってしまった. このことはプログラムに đa ngạch の tư kim を đầu tư した đa くのユーザーをいら lập たせ, bigadvの mục đích でハードウェアが sử dụng できなくなってしまった. その kết quả, パンデは2014 niên 1 nguyệt にbigadvプログラムを2015 niên 1 nguyệt 31 nhật に chung liễu することを phát biểu した.

V7クライアント[Biên tập]

Windows 7Thượng で thật hành されたノービスモードのV7クライアントのサンプル họa diện. V7では, さまざまなコントロールやユーザーの tường tế な tình báo に gia えて, その trạng thái, kế toán tiến 捗 trạng huống, ETA( chung liễu までの dư trắc thời gian ), クレジットポイント, thức biệt phiên hào, thuyết minh などのワークユニットの tình báo が biểu kỳ された.

V7クライアントは, Folding@homeクライアントソフトの đệ 7 thế đại となる tối tân bản で,Windows,macOS,LinuxOS dụng の dĩ tiền のクライアントを toàn diện đích に thư き hoán え, thống nhất hóa したものである. 2012 niên 3 nguyệt 22 nhật にリリースされたV7は, dĩ tiền のクライアントと đồng dạng に, バックグラウンドでFolding@homeを phi thường に đê いƯu tiên độで động tác させることができ, tha のアプリケーションが tất yếu に ứng じてCPUリソースを sử dụng できるようになっている. それは, インストール, khởi động, thao tác が sơ tâm giả にとってよりユーザーフレンドリーになるように thiết kế されており, dĩ tiền のクライアントよりも nghiên cứu giả に khoa học đích な nhu nhuyễn tính を đề cung している. V7では,Tracを sử dụng してバグチケットを quản lýし, ユーザが khai phát プロセスを kiến てフィードバックを đề cung できるようにしている.

V7は, マルチコアに đối ứng した1 cá のCPUスロットと, đối ứng GPUごとにGPUスロットを thiết け, phục sổ のCPUコアを lợi dụng するように thiết kế された.

V7は, 4つの thống hợp された yếu tố から cấu thành されている. ユーザは thông thường, FAHControlと danh phó けられたV7のオープンソースGUIを sử dụng して thao tác する. これには, sơ tâm giả hướng け, thượng cấp giả hướng け, およびエキスパート hướng けのユーザ・インタフェースモードがあり, 1 đài のコンピュータから đa sổ のリモート・フォールディング・クライアントを giam thị, thiết định, および chế ngự する cơ năng を bị えている. FAHControlは, các FAHSlot(単にスロットと hô ばれる)を quản lý するFAHClientというバックエンドアプリケーションに đối して chỉ kỳ をする. Các スロットは, 単 độc でワークユニットのダウンロード, シミュレーション処 lý, その kết quả のアップロードを hành うことができる. かつては biệt cá であった, Folding@home V6ユニプロセッサ bản, SMP bản, GPUコンピュータクライアントの đại わりとして cơ năng する. そしてPS3のビューアを mô したFAHViewerは, hiện tại 処 lý trung のタンパク chất のリアルタイム3Dレンダリングを biểu kỳ する.

Google Chrome[Biên tập]

2014 niên には,Google ChromeChromiumのWebブラウザ dụng のクライアントがリリースされ, ユーザがFolding@homeをWebブラウザで thật hành できるようになった. このクライアントでは, ChromiumベースのWebブラウザに đáp tái されているGoogle Native Client(NaCl) cơ năng を lợi dụng して, ユーザーのマシン thượng のサンドボックスでFolding@homeのコードをネイティブに cận い tốc độ で thật hành していた. NaClの đoạn giai đích な廃 chỉ とFolding@homeでの変 canh により, Webクライアントは2019 niên 6 nguyệt に hằng cửu đích にシャットダウンされた.

Android[Biên tập]

2015 niên 7 nguyệt,Android 4.4 KitKatDĩ hàng を đáp tái した đoan mạt を đối tượng としたAndroidHuề đái điện thoại hướng けのクライアントがGoogle Playで công khai された. その hậu, 2018 niên 2 nguyệt 16 nhật, ソニーと cộng đồng で đề cung していたAndroidクライアントがGoogle Playから tước trừ された. Tương lai đích にはオープンソースの đại thế bản を đề cung する kế họa が phát biểu された.

Tha の phân tử シミュレータとの bỉ giác[Biên tập]

Rosetta@home[Biên tập]

Rosetta@homeは, タンパク chất の cấu tạo dư trắc を mục đích とした phân tán コンピューティングプロジェクトであり, tối も chính xác な tam thứ cấu tạo dư trắc の nhất つである. Rosettaのソフトウェアから đắc られる lập thể phối tọa trạng thái を lợi dụng して, Folding@homeシミュレーションの xuất phát điểm としてマルコフ trạng thái モデルの sơ kỳ hóa に lợi dụng することができる. Nghịch に, (Rosettaの) cấu tạo dư trắc アルゴリズムは, nhiệt lực học đích モデルと vận động luận đích モデル, およびタンパク chất フォールディングシミュレーションのサンプリングの trắc diện から cải thiện することができる. Rosettaは tối chung đích なフォールディング trạng thái を dư trắc するだけで, どのようにフォールディングが tiến hành するかを dư trắc するものではないため, Rosetta@homeとFolding@homeは bổ hoàn đích なものであり, toàn く dị なる phân tử vấn đề に đối ứng する.

Anton[Biên tập]

Antonは phân tử động lực học シミュレーションのために cấu trúc された chuyên dụng のスーパーコンピュータである. 2011 niên 10 nguyệt の thời điểm で, AntonとFolding@homeは2つの tối も cường lực な phân tử động lực học システムであった. Antonは, 2010 niên にミリ miểu lĩnh vực に đạt した単 nhất の phân tử quỹ đạo のように, phi thường に kế toán コストのかかる単 nhất の( trường い) phân tử quỹ đạo を sinh thành する năng lực においてユニークであった. このような trường い quỹ tích は, いくつかのタイプの sinh hóa học đích vấn đề に đặc に dịch lập つ. しかし, Antonは giải tích にマルコフ trạng thái モデル(MSM)を sử dụng していない. 2011 niên, パンデ nghiên cứu thất は, 2つの100µsのAntonシミュレーションからMSMを cấu trúc し, Antonの従 lai の giải tích では kiến えなかった đại thế のフォールディング kinh lộ を phát kiến した. その kết quả, hạn られた sổ の trường い quỹ đạo から cấu trúc されたMSMと, đa くの đoản い quỹ đạo から cấu trúc されたMSMの gian には, ほとんど vi いがないと kết luận づけた. 2011 niên 6 nguyệt, Folding@homeは, Antonと bỉ giác した thủ pháp をより thích thiết に phán đoạn するために, Antonシミュレーションのサンプリングを truy gia した. ただし, Folding@homeの đoản い quỹ đạo が phân tán コンピューティングや tha の tịnh liệt hóa thủ pháp に thích しているのとは dị なり, trường い quỹ đạo はタンパク chất の vị tương không gian を thập phân にサンプリングするために thích ứng đích サンプリングを tất yếu としない. このため, Antonのシミュレーション thủ pháp とFolding@homeのシミュレーション thủ pháp を tổ み hợp わせることで, この không gian のより hoàn toàn なサンプリングが khả năng になる khả năng tính がある.

Lịch sử[Biên tập]

  • 2000 niên 10 nguyệt 1 nhật, プロジェクトを khai thủy.
  • 2007 niên 3 nguyệt 22 nhật,PlayStation 3( PS3 ) に đối ứng[40].3 nhật hậu には700T (テラ)FLOPSDĩ thượng の diễn toán năng lực を hoạch đắc し, 従 lai 1 niên dĩ thượng かかっていた phục tạp なシミュレーションが sổ chu gian で hoàn liễu した[41].
  • 2007 niên 9 nguyệt 16 nhật, phân tán コンピューティング sử thượng sơ となる1P (ペタ) FLOPSに đáo đạt ( 1 miểu gian に1000 triệu hồi の diễn toán năng lực ).
  • 2007 niên 9 nguyệt 24 nhật, PS3クライアントのみの hợp kế で đương thời のスーパーコンピュータの năng lực に thất địch する1PFLOPSに đáo đạt[42].
  • 2007 niên 11 nguyệt 1 nhật, thế giới nhất cường lực な phân tán コンピューティングネットワークとしてギネス thế giới ký lụcに nhận định[43][44].
  • 2008 niên 11 nguyệt 9 nhật hiện tại, kế 4.247PFLOPS, うちGPUの処 lý năng lực は2.226PFLOPS, PS3による処 lý năng lực は1.733PFLOPS.
  • 2012 niên 3 nguyệt 23 nhật hiện tại, kế 5.427PFLOPS.
  • 2012 niên 10 nguyệt 22 nhật, PS3クライアントの chung liễu を phát biểu ( 2012 niên 11 nguyệt 6 nhật chung liễu, diên べ1500 vạn nhân のユーザーが tham gia した )[45].
  • 2015 niên 1 nguyệt 13 nhật,Android4.4 dĩ thượng đáp tái のスマートフォン/タブレットHướng けクライアントアプリをリリース. Đương sơ はXperiaシリーズのみ đối ứng, のち điều kiện を mãn たす tha cơ chủng にも đối ứng.
  • 2016 niên 1 nguyệt 6 nhật hiện tại, kế 80.79PFLOPS, うちGPUの処 lý năng lực は78PFLOPS ( 96% ). GPUはNVIDIAのFermiが8 cát を chiêm める.
  • 2020 niên 2 nguyệt 27 nhật, tân hình コロナウイルス cảm nhiễm chứng ( COVID-19 ) に đối する thủ り tổ みを phát biểu[46].
  • 2020 niên 3 nguyệt 25 nhật, phân tán コンピューティング sử thượng sơ となる1E (エクサ) FLOPS ( 1 miểu gian に100 kinh hồi の diễn toán năng lực ) に đáo đạt.
  • 2020 niên 4 nguyệt, 2.4EFLOPS ( mỗi miểu 240 kinh hồi ) đáo đạt. これは thế giới のTOP500の hợp kế を thượng hồi る năng lực.

Cước chú[Biên tập]

Chú 釈[Biên tập]

  1. ^ボーナスポイントが hữu hiệu なのかは,Folding@home Bonus Statusページでユーザー danh かパスキーを nhập lực することで xác nhận することができる.

Xuất điển[Biên tập]

  1. ^foldingathome.org (2016 niên 9 nguyệt 27 nhật ). “About Folding@home Partners”.2020 niên 4 nguyệt 4 nhậtDuyệt lãm.
  2. ^Index of /releases/public/release/fahclient/windows-10-32bit/v7.6/”.2020 niên 10 nguyệt 24 nhậtDuyệt lãm.
  3. ^Folding@Home distributed computing client”.スタンフォード đại học.2010 niên 8 nguyệt 26 nhậtDuyệt lãm.
  4. ^Tật bệnh nguyên nhân cứu minh に cống hiến するCell Broadband Engine™(Cell/B.E.) kỹ thuật”.ソニー (2010 niên 8 nguyệt 31 nhật ). 2012 niên 3 nguyệt 15 nhật thời điểm のオリジナルよりアーカイブ.2020 niên 3 nguyệt 27 nhậtDuyệt lãm.
  5. ^Tá đằng nhạc đại (2020 niên 3 nguyệt 26 nhật ). “Tân hình コロナ giải tích で phân tán 処 lý プロジェクト “Folding@home” が1EFLOPS siêu え”.PC Watch.2020 niên 4 nguyệt 4 nhậtDuyệt lãm.
  6. ^Pande lab. “Client Statistics by OS”.Archive.is. 2020 niên 4 nguyệt 12 nhật thời điểm のオリジナルよりアーカイブ.2020 niên 4 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  7. ^Trung thôn chân tư (2020 niên 4 nguyệt 14 nhật ). “Folding@homeがTOP 500の toàn スパコンを siêu える2.4EFLOPSに đáo đạt”.PC Watch.2020 niên 4 nguyệt 14 nhậtDuyệt lãm.
  8. ^Folding@home. “https://twitter.com/foldingathome/status/1249778379634675712”( anh ngữ ).Twitter.2021 niên 4 nguyệt 10 nhậtDuyệt lãm.
  9. ^Active CPUs & GPUs by OS”.Folding@home. 2020 niên 4 nguyệt 26 nhật thời điểm のオリジナルよりアーカイブ.2022 niên 1 nguyệt 29 nhậtDuyệt lãm.
  10. ^PAPERS & RESULTS”.2020 niên 8 nguyệt 11 nhậtDuyệt lãm.
  11. ^Help Cure Coronavirus with Your PC's Leftover Processing Power”.Tom's Hardware(2020 niên 3 nguyệt 3 nhật ).2020 niên 3 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  12. ^Folding@home takes up the fight against COVID-19 / 2019-nCoV”.Folding@home(2020 niên 2 nguyệt 27 nhật ).2020 niên 3 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  13. ^Folding@home Turns Its Massive Crowdsourced Computer Network Against COVID-19”(2020 niên 3 nguyệt 16 nhật ).2020 niên 7 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  14. ^Raddick, M. Jordan; Bracey, Georgia; Gay, Pamela L.; Lintott, Chris J.; Murray, Phil; Schawinski, Kevin; Szalay, Alexander S.; Vandenberg, Jan (December 2010). “Galaxy Zoo: Exploring the Motivations of Citizen Science Volunteers”.Astronomy Education Review9(1): 010103.arXiv:0909.2925.Bibcode:2010AEdRv...9a0103R.doi:10.3847/AER2009036.
  15. ^Vickie, Curtis (April 20, 2018).Online citizen science and the widening of academia: distributed engagement with research and knowledge production.Cham, Switzerland.ISBN9783319776644.OCLC1034547418
  16. ^Nov, Oded; Arazy, Ofer; Anderson, David (2011).“Dusting for science: motivation and participation of digital citizen science volunteers”.Proceedings of the 2011 IConference on - IConference '11.IConference '11 (Seattle, Washington: ACM Press): 68–74.doi:10.1145/1940761.1940771.ISBN9781450301213.http://portal.acm.org/citation.cfm?doid=1940761.1940771.
  17. ^Curtis, Vickie (December 2015).“Motivation to Participate in an Online Citizen Science Game: A Study of Foldit”.Science Communication37(6): 723–746.doi:10.1177/1075547015609322.ISSN1075-5470.http://oro.open.ac.uk/44708/1/V%20Curtis%20Foldit%20Manuscript%20Oct%202015.pdf.
  18. ^abcCurtis, Vickie (April 27, 2018). “Patterns of Participation and Motivation in Folding@home: The Contribution of Hardware Enthusiasts and Overclockers”.Citizen Science: Theory and Practice3(1): 5.doi:10.5334/cstp.109.ISSN2057-4991.
  19. ^Colwell, B. (March 2004). “The Zen of overclocking”.Computer37(3): 9–12.doi:10.1109/MC.2004.1273994.ISSN0018-9162.
  20. ^Kloetzer, Laure; Da Costa, Julien; Schneider, Daniel K. (December 31, 2016). “Not so passive: engagement and learning in Volunteer Computing projects”.Human Computation3(1).doi:10.15346/hc.v3i1.4.ISSN2330-8001.
  21. ^Darch Peter; Carusi Annamaria (September 13, 2010). “Retaining volunteers in volunteer computing projects”.Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences368(1926): 4177–4192.Bibcode:2010RSPTA.368.4177D.doi:10.1098/rsta.2010.0163.PMID20679130.
  22. ^2013 Member Study: Findings and Next Steps”.World Community Grid.2020 niên 7 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  23. ^Krebs, Viola (January 31, 2010). “Motivations of cybervolunteers in an applied distributed computing environment: MalariaControl.net as an example”.First Monday15(2).doi:10.5210/fm.v15i2.2783.
  24. ^Curtis, Vickie (2015).Online citizen science projects: an exploration of motivation, contribution and participation, PhD Thesis.United Kingdom: The Open University.http://oro.open.ac.uk/42239/1/Vickie%20Curtis%20PhD%20Thesis%20Oct%202014.pdf
  25. ^Mims 2010
  26. ^Pande 2008:"Wall clock time is in the end the only thing that matters and that's why we benchmark on wall clock (and why in our papers, we emphasize wall clock)."
  27. ^100 Petaflops nearly reached”.foldingathome.org (2016 niên 5 nguyệt 11 nhật ).2016 niên 8 nguyệt 9 nhậtDuyệt lãm.
  28. ^Folding@home stats report”(2020 niên 3 nguyệt 20 nhật ). 2020 niên 3 nguyệt 20 nhật thời điểm のオリジナルよりアーカイブ.2020 niên 3 nguyệt 20 nhậtDuyệt lãm.
  29. ^Shilov, Anton (2020 niên 3 nguyệt 25 nhật ). “Folding@Home Reaches Exascale: 1,500,000,000,000,000,000 Operations Per Second for COVID-19”.Anandtech.2020 niên 3 nguyệt 26 nhậtDuyệt lãm.
  30. ^Points - Folding@home”( anh ngữ ). Folding@home.2022 niên 8 nguyệt 27 nhậtDuyệt lãm.
  31. ^The Case of the Modified Binaries”.Leviathan Security.2020 niên 7 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  32. ^Fixing/Making Holes in ELF Binaries/Programs - Black Hat”.2020 niên 7 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  33. ^probably using tools such asERESI
  34. ^x86 - How to disassemble, modify and then reassemble a Linux executable?”.Stack Overflow.2020 niên 7 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  35. ^linux - How do I add functionality to an existing binary executable?”.Reverse Engineering Stack Exchange.2020 niên 7 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  36. ^Certificate Bypass: Hiding and Executing Malware from a Digitally Signed Executable”.BlackHat.com.Deep Instinct(2016 niên 8 nguyệt ).2020 niên 7 nguyệt 12 nhậtDuyệt lãm.
  37. ^“プレイステーション 3” での “Folding@home™” プロジェクト tham gia giả が100 vạn nhân を đột phá』 ( プレスリリース ) ソニー・コンピュータエンタテインメント, 2008 niên 2 nguyệt 5 nhật.https://www.sie.com/jp/corporate/release/2008/080205a.html.2022 niên 3 nguyệt 2 nhậtDuyệt lãm.
  38. ^“プレイステーション 3” hướng け “Folding@home™」プロジェクトへの hiệp lực が 2008 niên độ グッドデザイン kim thưởng を thụ thưởng』 ( プレスリリース ) ソニー・コンピュータエンタテインメント, 2008 niên 11 nguyệt 6 nhật.https://www.sie.com/jp/corporate/release/2008/081106d.html.2022 niên 3 nguyệt 2 nhậtDuyệt lãm.
  39. ^GOOD DESIGN AWARD Results 2008”.GOOD DESIGN AWARD.Nhật bổn デザイン chấn hưng hội (2008 niên 11 nguyệt 6 nhật ).2022 niên 3 nguyệt 2 nhậtDuyệt lãm.
  40. ^Phó らの tri らない gian にPS3が y liệu に cống hiến ―― mễ quốc スタンフォード đại học の “Folding@home” đề cung khai thủy
  41. ^“1 niên dĩ thượng かかるはずだった kế toán も sổ chu gian” --Folding@homeにPS3ユーザー25 vạn nhân dĩ thượng が đăng lục
  42. ^Tiểu quật long chi “ネットはいま đệ 2 bộ つながる――ゲーム cơ を trì ち ký る(5)” 『 triều nhật tân văn 』2009 niên 2 nguyệt 6 nhật phó tịch khan, đệ 3 bản, đệ 3 diện.
  43. ^Joshua Topolsky (2007 niên 10 nguyệt 31 nhật ). “Folding@Home recognized by Guinness World Records”.engadget.2020 niên 4 nguyệt 4 nhậtDuyệt lãm.
  44. ^“プレイステーション 3” がスタンフォード đại học の “Folding@home™” のギネス thế giới ký lục thụ lập に đại きく cống hiến ~ “Folding@home™” が thế giới で tối も cường lực な phân tán コンピューティングネットワークとして nhận định ~
  45. ^“Life with PlayStation®” chung liễu のお tri らせ
  46. ^Greg Bowman (2020 niên 2 nguyệt 27 nhật ). “Folding@home takes up the fight against COVID-19 / 2019-nCoV”.Folding@home.2020 niên 4 nguyệt 4 nhậtDuyệt lãm.

Quan liên hạng mục[Biên tập]

Ngoại bộ リンク[Biên tập]