Pasaja kā patstāvīga municipalitāte dibināta 1863. gadā. 1901. gadā Pasaju iekļāva jaunizveidotāsRisalasprovinces sastāvā. Pēc Otrā pasaules kara sākuma prezidentsKesonsizdeva ārkārtas rīkojumu par Lielās Manilas pilsētas izveidi, apvienojotManilu,Kesonsitiju,Kalookanu,Makati,Mandalujongu,Paraņaki,Pasaju unSanhuanu.Lielā Manila bija priekštecis vēlākajamgalvaspilsētas reģionam.Pēcjapāņupadzīšanas 1945. gadā Lielo Manilu izformēja pirmskara sastāvdaļās. 1947. gadā Pasajai piešķīra pilsētas statusu, pārdēvējot parRisalu(Rizal;par godu filipīniešu revolucionāramHosē Risalam), bet pēc diviem gadiem atgrieza tās vēsturisko nosaukumu. 1975. gadā izveidojaValsts galvaspilsētas reģionu,kurā iekļāva lielāko daļuManilasaglomerācijas pilsētas un municipalitātes, tajā skaitā Pasaju. 1979. gadā Pasajai piešķirts augsti urbanizētas pilsētas statuss.