Jean maakte zijn debuut in het professionele voetbal op 17 juli 2005 in een met 1–2 verloren wedstrijd tegenSantos FCin deCampeonato Brasileiro Série A.In datzelfde seizoen behaalde hij metSão Paulo FCde titel in de competitie. In zeven jaar tijd speelde hij ruim honderd wedstrijden voor zijn club. In 2006 en 2007 werd hij verhuurd aan clubs in lagere Braziliaanse voetbaldivisies. In 2008 speelde hij een seizoen lang bij de Portugese clubFC Penafiel.Hij kwam hier echter nauwelijks aan speelminuten. Vier jaar later werd hij verhuurd aanFluminense FC.Na de huurperiode tekende hij een blijvend contract. In 2012 won hij de titel van de Série A met Fluminense.