Henrique speelde vanaf zijn tiende bijCoritibain de jeugd en kwam sinds 2006 ook voor het eerste elftal uit. Met deze club werd hij in 2007 kampioen van deSérie B.Hij groeide in twee jaar uit tot een van de dragende krachten van het team, en dat bleef niet onopgemerkt. Het seizoen 2008 begon Henrique nog bij Coritiba, maar al snel werd interesse van andere clubs concreet. Coritiba had dringend geld nodig en de organisatie die een deel van zijn transferrechten bezat, zag een transfer ook wel zitten. Dit resulteerde in een transfer naarPalmeiras,waarmee de verdediger hetkampioenschap van de staat São Paulowon. Midden in het seizoen 2008 werd Henrique gekocht doorFC Barcelonavoor acht miljoen euro. Palmeiras liet hem liever niet gaan, maar wederom speelde de organisatie die de meeste transferrechten in handen had, een cruciale rol. FC Barcelona verhuurde hem voor het seizoen 2008/09 aan Bayer Leverkusen.