Junker brak door in het seizoen 2003/2004 nadat hij in de voorgaande jaren niet echt succesvol was op het hoogste niveau. Hij probeerde het bijØlstykke FCdat één divisie lager speelde in deViasat Sport Divisionen.Hier werd hij topscorer van de competitie door in 30 wedstrijden 23 maal doel te treffen.
FC Nordsjælland,die wel op het hoogste niveau speelde, bood hem een contract aan. In het seizoen daarop wist hij in deSAS Ligade eerste helft van het seizoen in 20 wedstrijden 15 doelpunten te scoren. Met het vertrek vanMatthew Amoahin de winterstop van 2005/2006 vestigde men bijVitessede aandacht op Junker, die voor ruim 2 miljoen euro werd overgenomen.
Junker stond onder contract bij Vitesse vanaf 5 januari 2006 en had een contract dat liep tot 30 juni 2010. Hij debuteerde op 15 januari 2006 in de thuiswedstrijd tegen Feyenoord (0-1). Omdat hij bij Vitesse niet doorbrak, werd hij in de zomer van 2009 overgenomen doorRoda JC.In hetseizoen 09-10groeide hij uit tot de clubtopscorer vanRoda JCmet 21 goals in 34 speelrondes. In hetseizoen 10-11scoorde hij 20 doelpunten. In het seizoen 2011/2012 scoorde hij minder, 6 goals na 31 wedstrijden, maar gaf hij wel 13 assists.
Junker enKV Mechelenkwamen op 18 juni 2012 tot een overeenkomst voor twee seizoenen. Junker wist in 59 wedstrijden 11 maal te scoren. In2014speelde hij inIndiabijDelhi Dynamos FC.In januari 2015 beëindigde hij zijn loopbaan.
Op16 augustus2006debuteerde Junker bij de Deense selectie in een vriendschappelijke wedstrijd tegen Polen. Deze wedstrijd werd gewonnen met 2-0, zonder een doelpunt van Junker. Zijn tweede interland volgde vier jaar later. Junker was eerder actief in de landelijke jeugdelftallen.
Denemarken
Vitesse
Slowakije–Denemarken
KV Mechelen
Delhi Dynamos FC
Brøndby IF