De club ontstond in 1995 als New York/New Jersey MetroStars. Het was een van de tien clubs die deelnamen aan het eerste seizoen van deMLS.In dit eerste seizoen kwamen de spelers op het veld in een uitrusting met zwart en witte verticale strepen. Vanaf het tweede seizoen veranderde dit in rood en zwart. Na het tweede seizoen werd NY/NJ uit de clubnaam verwijderd, wat het een van de weinige Amerikaanse sportclubs maakte zonder plaatsnaam in de eigen naam.
Door het aantrekken van een aantal Europese voetbalsterren zoalsRoberto DonadonienLothar Matthäus,werd verwacht dat de Metrostars de competitie zouden domineren. Het team werd echter geen groot succes, het kon geen enkele nationale prijs winnen.
ToenRed Bullde Metrostars in 2006 kocht, besloot het om het team te restylen. Zowel de naam, de kleuren en het logo werd een nieuw pakje aangemeten, met nadruk op de nieuwe investeerder. Het omvormen van de Metrostars tot Red Bull New York zorgde voor grote controverse onder de fans, net zoals in Oostenrijk, waarRed BullSV Austria Salzburg had herdoopt totRed Bull Salzburg.
Sinds het seizoen 2010-2011 speelt Red Bull New York in deRed Bull Arena.Dit stadion biedt plaats aan 25.189 toeschouwers. Op 19 september 2006 is men begonnen met de bouw van het stadion. Het stadion werd op 20 maart 2010 officieel geopend met een vriendschappelijke wedstrijd tegen hetBraziliaanseteamSantos FC.De wedstrijd eindigde met een 3-1-overwinning. De eerste competitiewedstrijd werd gehouden op 27 maart 2010 tegenChicago Fire.Ook dit leverde een overwinning op, de Red Bulls wonnen met 1-0.
Vanaf 1996 tot 2009 speelde de club in het Giants Stadium. Dit stadion had een capaciteit van 80.200 toeschouwers. Doordat het stadion eigenlijk een American Football stadion is, heeft de club op 5 augustus 2005 besloten om te gaan verhuizen naar een volwaardig voetbalstadion. Het stadion zou de werktitelRed Bull Parkmeekrijgen, later werd dit gewijzigd naarRed Bull Arena.