KEGG
KEGG(ang.Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) – zbiór dostępnych w Internecie bioinformatycznychbaz danych,które zawierają informacje nt.genomówigenów,szlaków metabolicznych(reakcji chemicznychienzymów) imetabolitów.Znajdują się one w osobnych sieciach: białkowej, genetycznej i biochemicznej.
Informacje podstawowe
[edytuj|edytuj kod]KEGG została zapoczątkowana przez japoński program ludzkiego genomu (Laboratorium Kanehisa w Instytucie Badań Chemicznych) w 1995 r.[1].Jej twórcy uważają KEGG za komputerowe odzwierciedlenie układu biologicznego[2].Baza danych KEGG ma wiele zastosowań: modelowanie, symulacja, przeglądanie i pobieranie danych.
Bazy danych
[edytuj|edytuj kod]KEGG zawiera w sobie 5 baz danych:
- KEGG Atlas
- KEGG BRITE
- KEGG Genes
- KEGG Ligand – zawiera informacje o związkach i reakcjach chemicznych, które biorą udział w zachodzących w komórce procesach; składa się z następujących części:
- Compound
- Drug
- Glycan
- Reaction
- RPAIR (Reactant pair alignments)
- Enzyme
- KEGG Pathway – zawiera informacje na temat sieci komórkowych interakcji molekularnych i ich wariantów charakterystycznych dla konkretnych organizmów; jej części to:
- Metabolism
- Genetic Information Processing
- Environmental Information Processing
- Cellular Processes
- Human Diseases
- Drug development
Zobacz też
[edytuj|edytuj kod]Przypisy
[edytuj|edytuj kod]- ↑Minoru Kanehisa.A database for post-genome analysis.„Trends in Genetics”. 13 (9), s. 375-376, wrzesień 1997.DOI:10.1016/S0168-9525(97)01223-7.ISSN0168-9525.
- ↑Kanehisa M., Goto S., Hattori M., Aoki-Kinoshita KF., Itoh M., Kawashima S., Katayama T., Araki M., Hirakawa M.From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG..„Nucleic Acids Res”. Jan 1;34. Database issue, s. D354-7, 2005.DOI:10.1093/nar/gkj102.PMID:16381885.