RT-LAMP

RT-LAMP(ang.Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification) – metoda powielania łańcuchówRNApolegająca na reakcjiodwrotnej transkrypcjiprzy jednoczesnej reakcji amplifikacjicDNAw temperaturze 60-70 °C. Metoda wykorzystywana w detekcjiwirusów RNA,m.in.COVID-19czywirusa Ebola.

Metoda RT-LAMP pozwala na wykrywanie specyficznych dla danego wirusa fragmentów sekwencji RNA (a co za tym idzie samego wirusa), co jest możliwe poprzez porównywanie fragmentów sekwencji ze zsekwencjonowaną sekwencją dostępną w odpowiednich bazach danych.

Diagnostyka COVID-19

Metoda RT-LAMP jest wykorzystywana w diagnostyce COVID-19 jako tańsza i szybsza alternatywa dla testów opartych naPCR.W przeciwieństwie do, na przykład, testów immunologicznych metoda RT-LAMP może być wykorzystywana do wczesnej diagnozy obecności wirusa w organizmie na podstawie wymazu z nosogardzieli bądź bezpośrednio ze śliny; testy oparte na metodzie RT-LAMP nie wymagają wcześniejszej izolacji odpowiednich fragmentów RNA.

Testy oparte na RT-LAMP wykorzystywane są na szerszą skalę w takich krajach jak Wielka Brytania^[1],Francja^[2]czy Paragwaj^[3].W Polsce, w listopadzie 2020 firma Inno-Gene przeprowadziła pilotażowe testowanie w zakładzie grupyPesatestami opartymi na RT-LAMP^[4].

Diagnostyka chorób zwierzęcych

Metodę RT-LAMP wykorzystano eksperymentalnie do detekcji pewnych nowych wirusów typu BYD u kaczek^[5]^[6]^[7].W 2013 metodę wykorzystano w Chinach do wyizolowania przenoszonego przez owady wirusa Akabane u płodów krowich^[8].

Przypisy

↑Rapid evaluation of OptiGene RT-LAMP assay (direct and RNA formats)[online], GOV.UK[dostęp 2024-04-03](ang.).
↑COVID-19: la HAS favorable à une utilisation plus large des tests « rapides »[online], Medscape[dostęp 2024-04-03](fr.).
↑LimL.Chang-wonLimL.,Paraguay's main gateway to set up S. Korea's fast COVID-19 screening system[online], Aju Press, 28 października 2020[dostęp 2024-04-03].
↑Inno-Gene ruszyło z testowaniem[online],Puls Biznesu,3 kwietnia 2024[dostęp 2024-04-03](pol.).
↑YasuyoshiY.MoriYasuyoshiY.,TsugunoriT.NotomiTsugunoriT.,Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a rapid, accurate, and cost-effective diagnostic method for infectious diseases,„Journal of Infection and Chemotherapy”, 15 (2), 2009, s. 62–69,DOI:10.1007/s10156-009-0669-9,PMID:19396514,PMCID:PMC7087713[dostęp 2024-04-03](ang.).
↑Naveen K.N.K.VaidyaNaveen K.N.K.i inni,Transmission Dynamics of the Recently-Identified BYD Virus Causing Duck Egg-Drop Syndrome,Andrew J.A.J.Yates(red.), „PLoS ONE”,7 (4),2012,e35161,DOI:10.1371/journal.pone.0035161,ISSN 1932-6203,PMID:22529985,PMCID:PMC3329443[dostęp 2024-04-03](ang.).
↑TaoT.JiangTaoT.i inni,Development of RT-LAMP and real-time RT-PCR assays for the rapid detection of the new duck Tembusu-like BYD virus,„Archives of Virology”, 157 (12),2012,s. 2273–2280,DOI:10.1007/s00705-012-1431-7,ISSN 0304-8608[dostęp 2024-04-03](ang.).
↑JunJ.QiaoJunJ.i inni,Rapid detection of Akabane virus by a novel reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay (RT-LAMP),„Virology Journal”, 10 (1),2013,DOI:10.1186/1743-422X-10-288,ISSN 1743-422X[dostęp 2024-04-03](ang.).

[1] Rapid evaluation of OptiGene RT-LAMP assay (direct and RNA formats)[online], GOV.UK[dostęp 2024-04-03](ang.).

[2] COVID-19: la HAS favorable à une utilisation plus large des tests « rapides »[online], Medscape[dostęp 2024-04-03](fr.).

[3] LimL.Chang-wonLimL.,Paraguay's main gateway to set up S. Korea's fast COVID-19 screening system[online], Aju Press, 28 października 2020[dostęp 2024-04-03].

[4] Inno-Gene ruszyło z testowaniem[online],Puls Biznesu,3 kwietnia 2024[dostęp 2024-04-03](pol.).

[5] YasuyoshiY.MoriYasuyoshiY.,TsugunoriT.NotomiTsugunoriT.,Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a rapid, accurate, and cost-effective diagnostic method for infectious diseases,„Journal of Infection and Chemotherapy”, 15 (2), 2009, s. 62–69,DOI:10.1007/s10156-009-0669-9,PMID:19396514,PMCID:PMC7087713[dostęp 2024-04-03](ang.).

[6] Naveen K.N.K.VaidyaNaveen K.N.K.i inni,Transmission Dynamics of the Recently-Identified BYD Virus Causing Duck Egg-Drop Syndrome,Andrew J.A.J.Yates(red.), „PLoS ONE”,7 (4),2012,e35161,DOI:10.1371/journal.pone.0035161,ISSN 1932-6203,PMID:22529985,PMCID:PMC3329443[dostęp 2024-04-03](ang.).

[7] TaoT.JiangTaoT.i inni,Development of RT-LAMP and real-time RT-PCR assays for the rapid detection of the new duck Tembusu-like BYD virus,„Archives of Virology”, 157 (12),2012,s. 2273–2280,DOI:10.1007/s00705-012-1431-7,ISSN 0304-8608[dostęp 2024-04-03](ang.).

[8] JunJ.QiaoJunJ.i inni,Rapid detection of Akabane virus by a novel reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay (RT-LAMP),„Virology Journal”, 10 (1),2013,DOI:10.1186/1743-422X-10-288,ISSN 1743-422X[dostęp 2024-04-03](ang.).

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]