Assim como nas últimas edições anteriores, os participantes foram divididos em dois grupos. Na primeira fase (Taça Guanabara), os times jogam dentro de seus grupos e o primeiro de um grupo enfrenta o segundo do outro numa semifinal. Os vencedores irão para a final do turno, o vencedor dessa final, torna-se o campeão da Taça Guanabara de 2012.
Na segunda fase (Taça Rio), os times jogam contra os do outro grupo, embora a classificação seja dentro de cada grupo. O primeiro de um grupo enfrenta o segundo do outro numa semifinal. Os vencedores se enfrentam na final do turno, o vencedor do confronto será declarado o campeão da Taça Rio de 2012.
Os vencedores de cada turno disputam entre si dois jogos finais para estabelecerem o campeão carioca. Caso a mesma equipe vença os dois turnos, será declarado campeão automaticamente. O campeão e o vice-campeão do campeonato tem o direito de disputar aCopa do Brasil de 2013.[1]
Para a definição da classificação geral, excluem-se os pontos obtidos nas fases semifinal e final de cada turno. Ao final do campeonato, o campeão e o vice-campeão ocuparão a primeira e segunda colocações independente do número de pontos.[4]
RES.^O Resende desistiu de disputar o Brasileirão 2012 - Série D por falta de patrocinador e a vaga foi repassada ao Volta Redonda
LIB.^O Fluminense se classificou para aCopa Libertadores da América de 2013e, com isso, não disputará as fases iniciais da Copa do Brasil de 2013, entrando apenas na fase final da competição
VAS.^Como oSão Paulosagrou-se campeão daCopa Sul-Americana de 2012- e disputará acompetição em 2013-, a vaga nas oitavas-de-final da Copa do Brasil de 2013 foi repassada ao Vasco da Gama. Assim, o Volta Redonda ficará com a vaga na primeira fase da competição[5]