Jmol
| |
|---|---|
 Jmol je program napisan u Javi za prikazivanje trodimenzionalnih hemijskih struktura. | |
| Izdavač: | Jmol razvojni tim |
| Vrsta: | Molekulsko modelovanje |
| Licenca: | LGPL |
| Web stranica: | jmol.orgiwiki.jmol.org |
Jmolje program otvorenog koda, napisan u Javi, za prikazivanje hemijskih struktura u3D,[1]za čiji rad nisu neophodni dodaci za 3D ubrzavanje.[2]Jmol prikazuje 3D reprezentacijumolekulakoja se može koristi u nastavi[3]i u istraživanjima, npr. u oblastimahemijeibiohemije.Ovaj besplatni softver otvorenog koda napisan uJavise može koristiti naVindousu,Mac OS X,LinuksuiJuniks.Dostupna je isamostalna aplikacija,kao i komplet alata za razvoj, koji se mogu integrisati u druge Java programe, kao što suBioclipseiTaverna.
Popularno svojstvo jeappletkoji može da bude integrisan u veb stranice radi prikazivanja molekula na razne načine. Na primer, molekuli se mogu prikazati kao modeli „lopti i štapova “, „prostorno popunjavajući “modeli, „trakasti “modeli, etc.[4]Jmol podržava širok opsegmolekularnih formata fajlova,uklučujućiProtein Data Bank(pdb),kristalografski informacioni fajl(cif),MDL molfajl(mol), iChemical Markup Language(CML).[5]
Jmol aplet, pored drugih mogućnosti, se može koristiti kao alternativuČajmpluginu,[3]čiji je razvoj zaustavljen. Mada mnoga svojatava Jmola nisu dostupna uChimepaketu, on nije zamišljen kao sveukupna zamenaChimefunkcionalnosti (pre svega, skulpturnog moda). Da bis koristioChimeneophodno je da se instalira plug-in i da se koristiInternet eksploreru6.0 iliFajerfoksu 2.0naMajkrosoft vindousu,iliNetskejp komunikatoru4.8 naMakintošOS9. Za upotrebu Jmol-a neophodana jeJavainstalacija, koja se može koristiti na mnoštvu različitih platformi. Na primer, Jmol je potpuno funkcionalan uMozilinom fajerfoksu,Internet Eksploreru,Operi,Guglovom HromuiSafariju.
-
Kristalna struktura H/ACA kutije RNP izPyrococcus furiosus. -
Prikazana su dva sona mosta hemoglobinskog tetramera (hemo grupa je dole desno). -
Fragment transkripcionog faktora TFIIIA, koji formira tri konsekutivna motiva cinkanog prsta, vezan za DNK segment. -
Eubakterijski 70S ribozom izThermus thermophilus.
- Spisak molekulskih grafičkih sistema
- Spisak softvera za molekularno mehaničko modelovanje
- Chemistry Development Kit(CDK)
- Molekulska grafika
- PyMOL
- Jmol za Medijaviki
- ↑Chen, Jim X. (2008), Springer, ur.,Guide to Graphics Software Tools,p. 471,ISBN978-1-84800-900-4
- ↑Willighagen, E.; Howard, M. (2007),„Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D”,Nature Preceedings,DOI:10.1038/npre.2007.50.1
- ↑3,03,1Herráez, A (2006),„Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue”,Biochemistry and Molecular Biology Education34(4): 7,DOI:10.1002/bmb.2006.494034042644
- ↑Herráez, A (2007), Lulu, ur.,How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1,p. 21,ISBN978-1-84799-259-8
- ↑Willighagen, E (2001),„Processing CML conventions in Java”,Internet Journal of Chemistry4(4): 1–9[mrtav link]
- Jmol official web site
- Jmol wikiwhere a list of Websites, Wikis, Moodles,... using Jmol is available