EcoRI

EcoR1är ettrestriktionsenzymsom finns i bakterienEscherichia coli.Dess funktion är att klyvaDNA-strängar vid sekvensen GAATTC. Den klyver inte rakt av utan skaparklistriga ändar,något som innebär att den ena delen skjuter ut.

EcoR1 används ofta för att öppna uppplasmidvektorerför att sedan sätta in en specifikgen. Andra restreaktionsenzymer som har liknande egenskaper är t.ex.BamHI,HindIII ochThal. Av dessa så ärThal den enda som ger ett resultat med en trubbig ända jämfört med de andra som ger klibbiga ändor.EcoR1 är bland de vanligaste restreaktionsenzymer i dagens forskning.

EcoRI

Restriktionsenzymer i allmänhet

EcoR1 är ett av de enzymer som klyver dsDNA till ssDNA vid speciella klyvningsställen.Dessa specifika klyvningsställen kallas även förpalindrom.Ett palindrom är en sekvens på DNA-strängen som har förmågan att baspara med sig själv (dvs. blida en ge upphov till hårnålsögla).Ett palindrom är viktigt förrestriktionsenzymeroch därmed även förEcoRI för att de fungerar som igenkänningssekvenser. Med hjälp av palindrom vet enzymet var den ska klyva DNA-strängen. I naturen använder sig bakterier av restriktionsenzymer för att kunna förstöra främmande DNA som kommer in i bakteriecellen, t.ex. för att förstöravirus-DNA som annars hade kunnat skadabakterien.EcoRI är ett restrektionsenzym som kommer frånorganismenEscherichia coli(E. coli).

Historia

Werner Arber

I slutet av 1960-talet utvecklades de första restriktionsenzymerna avWerner ArberochDaniel Nathans.Dessa restriktionsenzymer var av typ 1, vilket innebär att de klipper på slumpmässigt påDNA-sekvensen. Typ 1-restriktionsenzymer kräver ATP.ForskarenHamilton O. Smithupptäckte år 1970 det första typ 2-enzymet (även kallad HindII) från bakterien Haemophilus influenzae.Restriktionsenzymer av typ 2 klipper vid igenkänningssekvensen. Restriktionsenzymer av typ 2 kräver ingenATP. Robert Yoshimori isolerade ett enzym från det kliniska provet av en kvinnlig patient med en antibiotikaresistent urinvägsinfektion.Eftersom enzymet kommer från bakterienE. colifår den namnetEcoRI. Precis som alla andra restriktionsenzymer harEcoRI fått namn från den organismen som den kommer ifrån. De tre första bokstäverna anger vilken organism det rör sig om.Bokstaven som kommer efter organismförkortningen anger vilken stam det rör sig om. Den romerska siffran anger vilket restriktionsenzym i nummerordningen det rör sig om. Den amerikanska forskaren John Morrow upptäckte att enzymet är en typ 2.Morrow upptäckte även att enzymet ger klistriga ändar. Upptäckten avEcoRI gör det enklare för forskare att undersöka olika DNA-fragment.EcoRI klipper alltid på samma ställe, vilket gör det enklare att jobba med specifika DNA-sekvenser.

Användning

EcoRI är ett enzym vars främsta uppgift är att” klippa” dsDNA så att det bildas ssDNA.Enzymet fungerar på följande sätt. Först hittar den ett palindrom dvs ett specifikt klyvningsställe, därefter klipper den DNA-molekylen. DNA som från början var dsDNA blir till ssDNA. EcoRI har sitt specifika klyvningsställe på 5’-G^AATTC-3.Resultatet av klyvningen blir en klibbig ända jämfört med t.ex.ThaI som ger en trubbig ända.Precis som allt annat så kan det även bli fel. Enzymet kan klyva DNA-molekylen på ett felaktigt sätt, vilket kan leda till enmutation.EcoRI är bland de vanligaste restriktionsenzymer som används i dagens forskning.DNA-fragment somEcoRI har klippt kan väldigt enkelt baspara med ett annat fragment.Eftersom de klibbiga ändarna består av oparade kvävebaser som har en benägenhet att bilda nya vätebindningar med andra kvävebaser. Man använder resultatet frånEcoRI på många olika sätt. Man kan t.ex. använda resultatet för att identifiera DNA eller klyva upp ett helt genom i mindre, hanterbara bitar.Oftast brukar man använda sig av olikagelelektroforessom t.ex. agarosgelelektrofores för att analysera resultatet.Forskare använderEcoRI oftast för att öppna uppplasmidvektorer,därefter sätter de in en specifikgen.