河流生态修复主要遵循三大原则：自然原则、社会原则、美学原则。
(一) 自然原则
自然原则讲的是人与自然和谐，天人合一。首先从流域尺度控制着手，在制定修复计划时，必须确定修复范围，很多时候人们会选择对单独的河流(一条孤立的河)做修复，并不考虑其所在的流域范围，不考虑其周边的环境。很显然，即使这条河很好地做了处理，但是不能够阻断污水的来源，不能够消除其潜在的危机，那一切的工作都只是无用功，若干时间后我们还得重新对河道进行处理，因为它还会变成不健康的状态。流域尺度的理念在于关注与此河流相关的环境，比如产生污染的工厂、与此河流相连接的河流、河流周边的经济结构等。我们可以先采取截断污染源的方式预防水体污染，也可以与相邻的河道相连接来增加彼此的自净能力等。简单讲就是因地制宜并合理利用当地环境。
自然原则还要考虑的是河道生态系统的纵横竖及时问的四维一体，即河流在上下游、空水地、河岸带和时间上是统一协调密不可分的，必须协同考虑。相关的还有“水文-生物-生态功能-河流连续体四维模型”，所谓“水文-生物-生态功能-河流连续体四维模型”的内涵是：由河流水文水力学过程空间连续性；生物群落结构空间连续性；营养物质流和能量流空间连续性；信息流空间连续性为要素的河流连续体模型，同时，考虑水文、生物及河流生态系统演变和进化的动态特征，需要建立时间坐标和尺度。
(二) 社会原则
社会原则主要考虑了人地因素，河道生态修复。先要与社会经济发展相协调，不能超过当地的经济能力范围，也不能阻碍经济或文化发展；再则要与资源管理相统一，比如在对水量的分配上，一定要按照整个流域长远统一的发展规划要求进行本地水资源的配比，不能故意多取；还有就是要满足人类基本的物质文化需求，比如供水需求、水产需求、水景观需求及水文化需求等；最后在最可能的情况下要降低劳动量和资源占用量．即考虑修复方案的经济成本、资源成本和生态成本。
(三) 美学原则
修复后的生态系统要符合人类的基本审美理念，给周围群众一种美的享受。