明成祖是个马上皇帝，即使在定都北京之前，他也多次来北方巡狩。或是远出塞外与蒙古人作战，或是来北京经营他的新都。这样就产生了一个问题，和当年的元世祖忽必烈一样，在新都建成之前，皇帝没有一个接受群臣朝拜或议事的正式场所，十分不便。初时，永乐帝每至北京，仍御旧宫，也就是做皇帝之前的旧居燕王府，但随着新都建设日程的不断推进，终于决定要将旧宫“撤而新之”。永乐十四年（1416年）八月，“即故宫建奉天三殿”（《春明梦余录》）。
      为解决新宫建设期间的办公场所，“乃命作西宫，为视朝之所”。《明太宗实录》载：“永乐十四年（1416年）八月丁亥，作西宫”，它的位置就在元代的隆福宫旧址，亦即明代的西苑。“十五年四月癸未，西宫成。其制中为奉天殿，殿之侧为左右二殿。奉天殿之南为奉天门，左右为东西角门。奉天门之南为午门，午门之南为承天门。奉天殿之北有后殿，凉殿、暖殿，及仁寿、景福、仁和、万春、永寿、长春等宫，凡为屋千六百三十楹”（《明太祖实录》）。
      新宫建成之后，正式的朝会活动便改在大内进行了，而纵贯皇城中轴线以西的太液池及其附近地区，仍被建设成西苑。明初的燕邸重又恢复了皇家御苑的本来功能。
     然而由于城市的大规模改建，却造成了金水河上游的断流，太液池没有了水源。于是只好在积水潭的南端重开渠道，勾通太液池。同时，从太液池东北端（今北海亲蚕坛）引水，经过景山西墙外，南入紫禁城，称为内金水河。又从太液池南端新开凿的南海引水东下，经过皇城门前金水桥下，与内金水河合流，再向南注入通惠河，称为外金水河。

明代的西苑三海 2
      明代初期，除了在元代太液池以南继续开凿，形成了北、中、南三海的格局以外，对于整个西苑无大营造，大多是就原有的建筑物加以修理使用。明宣宗在《广寒殿记》一文中也说：永乐年间他随皇祖太宗文皇帝（即明成祖）来登万岁山，永乐帝曾告诫他，要以宋、金、元人为鉴，“去其汰侈而不改作，时资宴游以存监省”。即使兴工，也不过是“顾视殿宇，岁久而陁，遂命工修葺”而已。明朝对于西苑的营造，主要集中在天顺、正德和嘉靖三朝。而这些营造活动大都是分布在太液池的沿岸。
      明代自建都以后的第二个营造高潮，始自明英宗天顺年间。英宗复辟之后，首先大规模地增修和扩建了他曾经囚禁其中的南内宫殿。几乎就在同时，又开始了西苑的营造工程。“天顺四年（1460年）九月，新作西苑殿宇轩馆成”（《明英宗实录》）。
      这一次营造活动主要集中在太液池的北部（今北海公园）。与蓬莱山（即琼华岛）遥相呼应，东岸建有凝和殿，有码头，右飞香亭（后改元润亭），左拥翠亭；西岸为迎翠殿和澄波亭；北岸偏西（今五龙亭北）的太素殿，都是以茅草覆盖殿顶，白土粉刷墙壁，风格十分别致。太素殿后有一座画着松竹梅的草亭，命名岁寒亭。太素殿门前临水，有远趣轩和会景草亭（《日下旧闻考》三十五引《李贤赐游西苑记》。嘉靖二十二年更名龙泽，万历三十七更名龙湫，即今五龙亭）。在雍容华贵的皇家苑囿中，惟独这处园景一洗铅华，显得清新质朴，倒也名符其实。从太素殿循西岸南行，有保和馆，是一处饲养水鸟的地方，“皆编竹如窗，下通活水，启扉以观，鸟皆翔鸣”（《日下旧闻考》引韩雍《赐游西苑记》），宫中俗呼为天鹅房。临水有亭，题为映辉（后改腾波，又更滋祥，万历间改为香津）。
      正德一朝，工役繁兴，动辄增加赋税，且催办急迫，致使海内骚然，民怨鼎沸，时人呼为“木妖土灾”。这一期间对于西苑的营造，主要是太液池西北隅虎城附近的豹房宫殿区。

明代的西苑三海 3
      嘉靖一朝，对西苑旧构进行了大规模的修葺、添建和改建，是明代宫苑营造的极盛时期，有的学者就宫苑营造角度将嘉靖比做清代的乾隆，实不为过。
     嘉靖九年五月建成迎翠殿南织堂，十一年三月移建宝月亭。《日下旧闻考》引明《典礼志》：“嘉靖十三年九月，西苑河东亭榭成。上亲定额，天鹅房北曰飞霭（原名澄碧，后更涌福）亭，迎翠殿前曰浮香亭（三十年六月更名芙蓉亭），宝月亭前曰秋辉亭，昭和殿前曰澄渊亭，后曰趯台陂，临漪亭前曰水云榭”。其中的天鹅房、迎翠殿、宝月亭等在北海西岸；昭和殿、澄渊亭、趯台陂在南台附近，即今南海瀛台；水云榭在中海，其地即元代的犀山台。
      其后，又于十五年在北海东岸船坞水殿附近新建了金海神祠，“以祀宣灵宏济之神、水府之神、司舟之神。二十二年，改名宏济神祠”。二十二年三月，就太素殿前的会景亭更为五龙亭，中曰龙潭，左曰澄祥，曰滋香，右曰涌瑞，曰浮翠。五龙亭北二坊南曰福渚，北曰寿岳。又有隆寿、玉华、仙游上中下三洞（天启元年毁）。四月，建雩殿于太素殿前，以奉祖宗列圣神御；又建雷霆洪应殿于太液池东北隅北闸口附近（今北海幼儿园）。四十三年重建元熙殿（原名凝和殿、惠熙殿）和承华殿（原名迎翠殿）、宝月亭等；七月，更太素殿为寿源殿。
      明代沈德符的《万历野获编》说：“西苑宫殿自（嘉靖）十年辛卯渐兴，以至壬戌，凡三十余年，其间创造不辍，名号已不胜书”。尤其是嘉靖二十一年（1542年）壬寅宫变以后，嘉靖帝移出大内，躲入后宫园囿数十年，从此不朝，而对于西苑的营造和修葺却更趋频繁。太液池西岸，府右街以东集灵囿一带，亦即元代的隆福宫旧地，当年是一个密度很大的宫殿群，其中心建筑初名永寿宫，后曾改名仁寿宫。嘉靖四年毁于火，五年重建。嘉靖十九年重修。嘉靖四十年再度毁于大火，四十一年重建后，更名万寿宫。嘉靖四十二年，更名恩寿宫。四十四年春，又更为百禄宫。
      此外，又修建了太液池东岸的大高玄殿（今存），和西岸的清馥殿（清代的宏仁寺）、玉熙宫（今北京图书馆旧馆地），以及位于西内的大光明殿（今光明胡同以东，惜薪胡同以西，西红门胡同以北）等建筑群。