Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
SOX17
Ідентифікатори
Символи
SOX17 ,VUR3, SRY-box 17, SRY-box transcription factor 17
Зовнішні ІД
OMIM :610928 MGI: 107543 HomoloGene: 7948 GeneCards: SOX17
Онтологія гена
Молекулярна функція
• sequence-specific DNA binding • DNA binding • beta-catenin binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001105 transcription coactivator activity • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• transcription regulator complex • нуклеоплазма • клітинне ядро
Біологічний процес
• renal system development • endoderm development • regulation of embryonic development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1903364 positive regulation of protein catabolic process • stem cell fate specification • positive regulation of skeletal muscle tissue development • embryonic foregut morphogenesis • embryonic organ development • endodermal digestive tract morphogenesis • negative regulation of mesodermal cell fate specification • inner cell mass cellular morphogenesis • negative regulation of Wnt signaling pathway • protein stabilization • endocardium formation • outflow tract morphogenesis • signal transduction involved in regulation of gene expression • endodermal cell fate determination • mRNA transcription by RNA polymerase II • regulation of mesodermal cell fate specification • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • Wnt signaling pathway • endocardial cell differentiation • regulation of cardiac cell fate specification • transcription, DNA-templated • stem cell differentiation • embryonic heart tube development • васкулогенез • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • heart looping • cardiac cell fate determination • common bile duct development • negative regulation of Wnt signaling pathway involved in heart development • rostrocaudal neural tube patterning • GO:1901313 positive regulation of gene expression • cardiogenic plate morphogenesis • heart formation • embryonic heart tube morphogenesis • negative regulation of cell growth • protein destabilization • Ангіогенез • Сперматогенез • positive regulation of cell differentiation • regulation of stem cell division • гаструляція • gall bladder development • canonical Wnt signaling pathway • регуляція диференціювання клітин • cell migration involved in gastrulation • endoderm formation • regulation of stem cell proliferation • negative regulation of canonical Wnt signaling pathway • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • cellular response to leukemia inhibitory factor • диференціація клітин
Джерела:Amigo /QuickGO
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 8: 54.46 – 54.46 Mb
Хр. 1: 4.56 – 4.57 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
SOX17 (англ. SRY-box 17 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 414амінокислот ,амолекулярна маса — 44 117[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MSSPDAGYAS DDQSQTQSAL PAVMAGLGPC PWAESLSPIG DMKVKGEAPA
NSGAPAGAAG RAKGESRIRR PMNAFMVWAK DERKRLAQQN PDLHNAELSK
MLGKSWKALT LAEKRPFVEE AERLRVQHMQ DHPNYKYRPR RRKQVKRLKR
VEGGFLHGLA EPQAAALGPE GGRVAMDGLG LQFPEQGFPA GPPLLPPHMG
GHYRDCQSLG APPLDGYPLP TPDTSPLDGV DPDPAFFAAP MPGDCPAAGT
YSYAQVSDYA GPPEPPAGPM HPRLGPEPAG PSIPGLLAPP SALHVYYGAM
GSPGAGGGRG FQMQPQHQHQ HQHQHHPPGP GQPSPPPEAL PCRDGTDPSQ
PAELLGEVDR TEFEQYLHFV CKPEMGLPYQ GHDSGVNLPD SHGAISSVVS
DASSAVYYCN YPDV
Кодований геном білок за функцією належить доактиваторів .
Задіяний у таких біологічних процесах, яктранскрипція ,регуляціятранскрипції ,сигнальний шлях Wnt.
Білок має сайт для зв'язування зДНК .
Локалізований уядрі .
Katoh M. (2002). Molecular cloning and characterization of human SOX17.Int. J. Mol. Med .9 :153—157. PMID 11786926
(1) Основні домени
(1.1)Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями(Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4)Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші